| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3280885 = | 30 (0.320) | 8 (0.090) | 7/190 | NT | 19.9% | pseudogene (185/375 nt) | agaW | pseudogene, N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS;enzyme; Central intermediary metabolism: Amino sugars; PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| ? | NC_000913 | 3280913 = | 36 (0.410) | pseudogene (213/375 nt) | agaW | pseudogene, N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS;enzyme; Central intermediary metabolism: Amino sugars; PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 | |||||
TCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGAT > NC_000913/3280741‑3281029 | tCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGc > 3:658539/1‑147 (MQ=255)tCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGc < 4:658539/147‑1 (MQ=255) ttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGcccc > 4:51150/1‑148 (MQ=255) tGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTggcg < 4:109618/148‑1 (MQ=255) acaggaaggtaatccccatctgtactgcgacagcgaaaggtacggcgacacctactgcgacatcgggtttcacgccagtagtaatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcGGCTg > 3:423241‑M1/129‑133 (MQ=255) acaggaaggtaatccccatctgtactgcgacagcgaaaggtacggcgacacctactgcgacatcgggtttcacgccagtagtaatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcGGCTg < 4:423241‑M1/5‑1 (MQ=255) gTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAgccg < 3:51150/148‑1 (MQ=255) catctgtactgcgacagcgaaaggtacggcgacacctactgcgacatcgggtttcacgccagtagtaatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAgc > 4:743770‑M1/113‑139 (MQ=255) catctgtactgcgacagcgaaaggtacggcgacacctactgcgacatcgggtttcacgccagtagtaatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcGGCTGGCCCCACTGGCGGGCGCACAgc < 3:743770‑M1/27‑1 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCt > 4:696036/1‑105 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCt < 3:696036/105‑1 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGt < 2:39572/148‑1 (MQ=255) gcgaaaggtacggcgacacctactgcgacatcgggtttcacgccagtagtaatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAgc < 3:278562‑M1/27‑1 (MQ=255) gcgaaaggtacggcgacacctactgcgacatcgggtttcacgccagtagtaatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAgc > 4:278562‑M1/97‑123 (MQ=255) cGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTAt > 4:902701/1‑137 (MQ=255) cGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTAt < 3:902701/137‑1 (MQ=255) ccTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTAt < 2:223358/135‑1 (MQ=255) ccTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTAt > 1:223358/1‑135 (MQ=255) cGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGttt > 1:1091134/1‑148 (MQ=255) cGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGca > 2:359924/1‑98 (MQ=255) cGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGca < 1:359924/98‑1 (MQ=255) cGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTg > 2:64761/1‑113 (MQ=255) cGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTg < 1:64761/113‑1 (MQ=255) gTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt < 2:1091134/148‑1 (MQ=255) gcgacatcgggtttcacgccagtagtaatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcg < 3:516321‑M1/1‑1 (MQ=255) gcgacatcgggtttcacgccagtagtaatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcg > 4:516321‑M1/73‑73 (MQ=255) gccagtagtaatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAg > 2:824651‑M1/56‑81 (MQ=255) gccagtagtaatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAg < 1:824651‑M1/26‑1 (MQ=255) cATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGtt < 3:193533/113‑1 (MQ=255) cATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGtt > 4:193533/1‑113 (MQ=255) aatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcggc < 2:843620‑M1/3‑1 (MQ=255) aatggcaaacgccgtgccgacgatagtaccgataatcacgttaggcggc > 1:843620‑M1/47‑49 (MQ=255) aCCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATc > 4:127778/1‑87 (MQ=255) aCCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATc < 3:127778/87‑1 (MQ=255) ggAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGc > 1:893848/1‑140 (MQ=255) ggAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGc < 2:893848/140‑1 (MQ=255) gAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAAGTGGTGTGGATggg < 1:845601/40‑1 (MQ=255) gAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATggg > 2:845601/1‑40 (MQ=255) tttAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGcc < 1:667170/106‑1 (MQ=255) tttAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGcc > 2:667170/1‑106 (MQ=255) tttAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCg < 2:969/119‑1 (MQ=255) tttAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCg > 1:969/1‑119 (MQ=255) ggcggTACGCTGGAACTGGTGTGGATCGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCtt > 2:245943/1‑148 (MQ=255) aCGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATtac > 2:420806/1‑98 (MQ=255) aCGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATtac < 1:420806/98‑1 (MQ=255) gCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATTGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTc < 1:245943/148‑1 (MQ=255) atcacgttaggcGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGcac > 2:171066‑M1/13‑36 (MQ=255) atcacgttaggcGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGcac < 1:171066‑M1/24‑1 (MQ=255) tgtgGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt > 3:701074/1‑83 (MQ=255) tgtgGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt < 4:701074/83‑1 (MQ=255) aTGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGa < 4:1034959/98‑1 (MQ=255) aTGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGa > 3:1034959/1‑98 (MQ=255) tGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGAt > 3:597930/1‑148 (MQ=255) | TCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGAT > NC_000913/3280741‑3281029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |