| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3280885 = | 30 (0.320) | 8 (0.090) | 7/190 | NT | 19.9% | pseudogene (185/375 nt) | agaW | pseudogene, N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS;enzyme; Central intermediary metabolism: Amino sugars; PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| ? | NC_000913 | 3280913 = | 36 (0.410) | pseudogene (213/375 nt) | agaW | pseudogene, N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS;enzyme; Central intermediary metabolism: Amino sugars; PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 | |||||
GTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTC > NC_000913/3280766‑3281053 | gTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAgccg < 3:51150/148‑1 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGt < 2:39572/148‑1 (MQ=255) cGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTAt > 4:902701/1‑137 (MQ=255) cGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTAt < 3:902701/137‑1 (MQ=255) ccTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTAt < 2:223358/135‑1 (MQ=255) ccTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTAt > 1:223358/1‑135 (MQ=255) cGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGttt > 1:1091134/1‑148 (MQ=255) cGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTg > 2:64761/1‑113 (MQ=255) cGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTg < 1:64761/113‑1 (MQ=255) gTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt < 2:1091134/148‑1 (MQ=255) cATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGtt < 3:193533/113‑1 (MQ=255) cATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGtt > 4:193533/1‑113 (MQ=255) aCCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATc < 3:127778/87‑1 (MQ=255) aCCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATc > 4:127778/1‑87 (MQ=255) ggAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGc > 1:893848/1‑140 (MQ=255) ggAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGc < 2:893848/140‑1 (MQ=255) tttAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGcc < 1:667170/106‑1 (MQ=255) tttAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGcc > 2:667170/1‑106 (MQ=255) tttAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCg > 1:969/1‑119 (MQ=255) tttAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCg < 2:969/119‑1 (MQ=255) ggcggTACGCTGGAACTGGTGTGGATCGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCtt > 2:245943/1‑148 (MQ=255) aCGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATtac > 2:420806/1‑98 (MQ=255) aCGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATtac < 1:420806/98‑1 (MQ=255) gCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATTGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTc < 1:245943/148‑1 (MQ=255) tgtgGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt < 4:701074/83‑1 (MQ=255) tgtgGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt > 3:701074/1‑83 (MQ=255) aTGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGa < 4:1034959/98‑1 (MQ=255) aTGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGa > 3:1034959/1‑98 (MQ=255) tGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGAt > 3:597930/1‑148 (MQ=255) gctgtgcgcccgccagtggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATg < 3:743770‑M2/112‑1 (MQ=255) gctgtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGc < 3:278562‑M2/96‑1 (MQ=255) gctgtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGc > 4:278562‑M2/28‑123 (MQ=255) gctgtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATg > 4:743770‑M2/28‑139 (MQ=255) GCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCg < 2:583741‑M1/83‑1 (MQ=255) GCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCg > 1:583741‑M1/1‑83 (MQ=255) ctgtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGc > 2:824651‑M2/27‑81 (MQ=255) ctgtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGc < 1:824651‑M2/55‑1 (MQ=255) TGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCtt > 4:597930‑M1/1‑148 (MQ=255) gtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGAt < 1:171066‑M2/12‑1 (MQ=255) gtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGAt > 2:171066‑M2/25‑36 (MQ=255) ccccGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCg < 1:932155/87‑1 (MQ=255) ccccGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCg > 2:932155/1‑87 (MQ=255) ccGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGt > 2:388893/1‑148 (MQ=255) ccGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGt > 1:579160/1‑148 (MQ=255) cGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGc < 2:702254/103‑1 (MQ=255) cGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGc > 1:702254/1‑103 (MQ=255) tGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTtctc < 1:388893/148‑1 (MQ=255) ggcgggcgCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCg < 2:579160/148‑1 (MQ=255) gcgcACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGa < 3:212990/126‑1 (MQ=255) gcgcACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGa > 4:212990/1‑126 (MQ=255) cacaGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTc > 3:356061/1‑148 (MQ=255) cagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGt > 3:423241‑M2/6‑133 (MQ=255) cagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGt < 4:423241‑M2/128‑1 (MQ=255) gccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt < 2:843620‑M2/46‑1 (MQ=255) gccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt > 1:843620‑M2/4‑49 (MQ=255) cGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGc < 3:516321‑M2/72‑1 (MQ=255) cGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGc > 4:516321‑M2/2‑73 (MQ=255) | GTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTC > NC_000913/3280766‑3281053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |