| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4546905 = | 126 (1.350) | 6 (0.070) | 6/186 | NT | 4.3% | coding (1810/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| ? | NC_000913 | 4546951 = | 150 (1.730) | coding (1856/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTA > NC_000913/4546804‑4547098 | cAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGc > 1:416121/1‑148 (MQ=255) aaCTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCa < 2:416121/148‑1 (MQ=255) aGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCAt < 1:291357/137‑1 (MQ=255) tGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGa > 4:898311/1‑136 (MQ=255) aaaaaCGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCaa > 1:353870/1‑137 (MQ=255) aaaaCGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACAtgccagtgcca < 3:919599/111‑1 (MQ=255) aCGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCaa < 3:363228/148‑1 (MQ=255) ggCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGAt > 4:1018384/1‑136 (MQ=255) aaaaGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGa > 2:539567/1‑131 (MQ=255) aaaaGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGa < 1:539567/131‑1 (MQ=255) aaaGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCa < 4:371194/121‑1 (MQ=255) aaGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGt > 2:122455/1‑125 (MQ=255) ggACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAAt > 2:614098/1‑135 (MQ=255) ggACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAAt < 1:614098/135‑1 (MQ=255) cGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACg > 2:288508/1‑148 (MQ=255) gATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGt < 1:728475/117‑1 (MQ=255) tCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACg > 2:1002927/1‑148 (MQ=255) cAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCaa < 4:861804/110‑1 (MQ=255) cAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCaa > 3:861804/1‑110 (MQ=255) cAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCaa > 1:112001/1‑110 (MQ=255) aTGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGc < 3:659318/148‑1 (MQ=255) tGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATctggct > 3:580208/1‑128 (MQ=255) tAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGTTGTATACGGTACGTTGCTGGa > 4:264612/1‑148 (MQ=255) tAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGa < 4:1112632/148‑1 (MQ=255) tAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGa < 1:288508/148‑1 (MQ=255) tAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGa > 2:908776/1‑148 (MQ=255) cgcTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCgg < 4:606974/107‑1 (MQ=255) tAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAAt < 1:813203/112‑1 (MQ=255) tAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAAt > 2:813203/1‑112 (MQ=255) cGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGaca < 1:165248/143‑1 (MQ=255) cGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGaca < 1:647584/143‑1 (MQ=255) tCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATctggc > 2:1104656/1‑112 (MQ=255) tCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATctggc < 1:1104656/112‑1 (MQ=255) tCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCt < 4:1097320/133‑1 (MQ=255) tCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCt > 4:645619/1‑148 (MQ=255) atatTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGGCAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTc > 2:160425/1‑146 (MQ=255) atatTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAg > 4:955280/1‑148 (MQ=255) tCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATc > 4:560694/1‑101 (MQ=255) tCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATc > 1:156737/1‑101 (MQ=255) ttCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGa > 1:469066/1‑88 (MQ=255) ttCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGa > 3:1100850/1‑88 (MQ=255) ttCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATctggctg < 4:693488/103‑1 (MQ=255) ttCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGtat < 3:555457/109‑1 (MQ=255) ttCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGtat > 4:555457/1‑109 (MQ=255) ttCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATCCGGTACGTTGCTGGAAGAcaacaa > 3:689723/1‑134 (MQ=255) ttCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACg > 3:230132/1‑117 (MQ=255) ttCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGaca > 1:721142/1‑130 (MQ=255) 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2:354954/100‑1 (MQ=255) tctcAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCgg > 2:353018/1‑137 (MQ=255) ctcAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATctggctg < 2:25274/72‑1 (MQ=255) ctcAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATctggctg > 1:25274/1‑72 (MQ=255) cAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACgg > 1:386970/1‑80 (MQ=255) cAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACgg < 2:386970/80‑1 (MQ=255) cAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAg < 2:695821/107‑1 (MQ=255) tGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGAt > 2:750072/1‑141 (MQ=255) tGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGAt < 1:750072/141‑1 (MQ=255) gCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATctggc > 2:440648/1‑63 (MQ=255) cGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCggggg < 3:448316/131‑1 (MQ=255) cGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCggggg > 4:448316/1‑131 (MQ=255) aCATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAg > 3:412561/1‑99 (MQ=255) cagtgCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGacaaca < 2:1108184‑M2/81‑1 (MQ=255) agtgCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGa > 4:693852‑M2/5‑77 (MQ=255) agtgCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGa < 3:693852‑M2/73‑1 (MQ=255) gtgCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATg < 4:61481‑M2/111‑1 (MQ=255) ccagCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTa < 3:613383/148‑1 (MQ=255) | TCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTA > NC_000913/4546804‑4547098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |