Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NC_000913	583490	583581	92	14 [8]	[12] 16	tfaX/appY	pseudogene, DLP12 prophage;Phage or Prophage Related/global transcriptional activator; DLP12 prophage

TAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGT  >  NC_000913/583541‑583691                                          |                                                                                                              tAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATtgt                                                                          >  1:144699/1‑79 (MQ=255) tAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATtgt                                                                          <  2:144699/79‑1 (MQ=255)           ttattaAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGa                                                   >  3:573177/1‑92 (MQ=255)           ttattaAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGa                                                   <  4:573177/92‑1 (MQ=255)               taAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGa        >  1:1121348/1‑131 (MQ=255)               taAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGa        <  2:1121348/131‑1 (MQ=255)                         aaaCTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCa                                          >  1:859891/1‑87 (MQ=255)                         aaaCTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCa                                          <  2:859891/87‑1 (MQ=255)                                aaTTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGt  >  1:820930/1‑120 (MQ=255)                                aaTTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGt  <  2:820930/120‑1 (MQ=255)                                        gtATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTa                          <  3:428509/88‑1 (MQ=255)                                        gtATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTa                          >  4:428509/1‑88 (MQ=255)                                          ataAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGactac                                               <  1:569065/65‑1 (MQ=255)                                          ataAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGactac                                               >  2:569065/1‑65 (MQ=255)                                          ataAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAgg                   >  1:951233/1‑93 (MQ=255)                                          ataAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAgg                   <  2:951233/93‑1 (MQ=255)                                          |                                                                                                              TAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGT  >  NC_000913/583541‑583691

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑