New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_000913 | 4543430 = | 274 (1.060) | 3 (0.010) | 3/272 | NT | 1.3% | coding (316/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
? | NC_000913 | 4543484 = | 217 (0.900) | coding (370/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
CCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCC > NC_000913/4543158‑4543703 | ctaatagaaataatctcttccttttcatcggtatttttatcgcaccagggttggcaaccctgcccgtaaagacctccctgaaactgggtagggtattggtactgaaccttggaggtcgcctccgcattagcaacacccggggttgcggccccggttgcaaaataacgcgcctggaacggaatggtattggttccgttattcagggttgtttctgaactaaatgtcgcaccatccagcgtcagcgcagcacccgttctgtccaggatctgcacAcc > 2:704536‑M1/273‑275 (MQ=255) cccTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATAcc < 2:197387/275‑1 (MQ=255) gCCACGACGGTTAATGGTGTGACCGTTCACTTGAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCGTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTGCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCggg < 1:128535/278‑1 (MQ=255) attgtggGCACGTTAGCTTTAAAGTGGAAGTTGTTAACGCCCGTTGTGCAGTTGATGCAGGATCTGTTATTCAAACGGTTGCGTTAGGACAGGTTCATACCGCAGCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGGTACCAATGTAGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGGTTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGaaac < 4:505088/271‑1 (MQ=255) aacGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTGGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTg < 2:552287/272‑1 (MQ=255) gTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACAGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAg > 2:41906/1‑257 (MQ=255) aCTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACAGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGca < 4:41906/257‑1 (MQ=255) 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ggtgatttGATGCAGGCCCTGTTTGTCAACACGTTCAGTTATGACAGGTTCTGACCCCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCGGAATGATGGCGATTCCAATGTTGTATCTAAAGCCGCTGTGGCCTTTTTAGGTATGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTTGTGTGCAGATCCTGGACAGAGCGGGTGCTGCGCTGACg < 4:581142/269‑1 (MQ=255) ctctGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTTGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTGGCGGAACAAACGTTGGTGTTACGATCCTGGCCAGAACNNNGGCTGCGCTGACGCGGGATGGTGCGACGttgaa > 3:292779/1‑276 (MQ=255) cAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTATAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTTATACCAACGTTCTTGCTCTGCAAAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCCACAAACGTTGGTGTGCAGATCATGGTCAGAACGGGTGCTGCGCTGACGc > 2:478786/1‑250 (MQ=255) 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cAATGTTGCACCTAAGGCCGCTGTTTCCTTTTGAGGAACGGGGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCGCTGCAGAGTTCGGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCa < 4:285998/275‑1 (MQ=255) aaTGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCt > 8:273297/1‑149 (MQ=255) aTGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGgt < 7:494186/110‑1 (MQ=255) gTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGa < 6:783855/149‑1 (MQ=255) gtGCATCTAAATGCCCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGGGATTGTGGCAGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGtt < 4:214955/274‑1 (MQ=255) tGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATg < 8:1396100/149‑1 (MQ=255) cATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGt < 7:1073134/149‑1 (MQ=255) tCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGc < 5:151201/149‑1 (MQ=255) tCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGc > 7:883940/1‑149 (MQ=255) cTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTgcgc < 7:1457259/132‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACAtt < 5:1223959/149‑1 (MQ=255) ccGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACAttt > 8:1123682/1‑149 (MQ=255) cGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAg < 8:908087/78‑1 (MQ=255) gCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAg < 7:1497110/149‑1 (MQ=255) tGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGtt > 5:1268167/1‑149 (MQ=255) tGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGtt > 5:1503284/1‑149 (MQ=255) tGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGtt < 5:1592785/149‑1 (MQ=255) ttGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTAAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCa > 6:303501/1‑149 (MQ=255) gCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGa > 5:350789/1‑149 (MQ=255) ttttAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAaaca > 8:197217/1‑149 (MQ=255) tttAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAaacaa < 6:396908/149‑1 (MQ=255) tttAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAaacaa < 5:1633933/149‑1 (MQ=255) aGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGca < 1:264591/67‑1 (MQ=255) ggTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCt < 8:163653/149‑1 (MQ=255) gTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTg < 8:1199520/149‑1 (MQ=255) aCGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGaa < 8:1282032/149‑1 (MQ=255) ggCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCACAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATa > 5:129064/1‑149 (MQ=255) gCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATaa < 6:1268167/149‑1 (MQ=255) tGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGaa < 7:197217/149‑1 (MQ=255) tGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGaa < 6:1503284/149‑1 (MQ=255) gggTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATa > 8:616916/1‑149 (MQ=255) gggTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTACGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAGCAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGACCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGAGCAg < 2:458036/274‑1 (MQ=255) ggTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATAc > 5:660368/1‑149 (MQ=255) tCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCa > 8:926353/1‑149 (MQ=255) ACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGGTCAGCTGCGGGTAGTGCAAAAAGAGGTGGTGTGCAGAGCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGTTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCGGAATAGCGGAGCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACTCCGGATGCTGCGAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGcc > 4:447633‑M1/1‑274 (MQ=255) | CCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCC > NC_000913/4543158‑4543703 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |