| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 59 [0] | [0] 59 | insB1–insA | insB1,insA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 58 (0.440) | 45/502 | 1.6 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
GGGCTGTTGCCCGGCATCCAACGCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATA > NC_000913/1979005‑1979545 | tatgcggtttcaccgcaccccgtgatgtcgccgggaagcaccggtaaaaaataattagcattagaatagttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgt < 2:608698‑M2/1‑1 (MQ=255)tatgcagtttcaccacaccccgtgatgtccacgggaagcccccgtaaaaaataattagcattagaatagttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgtgtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgt < 3:797237‑M2/1‑1 (MQ=255) ccccgtgatgtcgccgggaagccccggtaaaaaataattagcattagaatagttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaactgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactatacgcatatacaacggaggggcgctgcgatttttaagaatgcgtgatgcagacgaaaaaaaacactcaattacttaacaacaacgTATAAGTCATacttttca > 4:563751‑M2/258‑273 (MQ=255) gtgatgtcgccgggaagccccggtaaaaaataattagcataagaatagttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacagatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtttt < 1:249337‑M2/21‑1 (MQ=255) gtgatgtcgccgggaagacccggtaaaaaataattagcattagaatagttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtttt < 2:387288‑M2/21‑1 (MQ=255) atgtcgccgggaagccccggtaaaaaataattagcattagaatagttgcgataagctgcaataatcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt < 1:203414‑M2/25‑1 (MQ=255) atgtcgccgggaagccccggtaaaaaataattagcattacactagtttcgatacacttcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaatatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt < 2:351428‑M2/25‑1 (MQ=255) ccgggaagccccggtaaaaaataattagcattagaatagttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcttcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtcatgcagaccacccaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATActtttt > 3:716907‑M2/245‑260 (MQ=255) gaagccccggtaaaaaataattagcattagaatagttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtttt < 1:716907‑M2/21‑1 (MQ=255) aataattagcattagaatagttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa > 3:730498‑M2/226‑230 (MQ=255) aattagaattagaatagtttagataagctgcaataagcagaaccaccttttttgtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg < 2:203234‑M2/53‑1 (MQ=255) attagcatttgaatagttgccataagattcaataagaagaaccaccttcttgggttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttccttaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttaaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg < 3:712716‑M2/53‑1 (MQ=255) attagcattagaatagttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCa < 1:730498‑M2/9‑1 (MQ=255) gttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtccctacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcaaatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTAATACTTTTGTTTTTGTTTTTTTTCAATCTTTTAAAAATTTTTTTGCTATGCTAgtaagcaa > 3:745227‑M2/207‑275 (MQ=255) ttgcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgctgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATCCTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTCAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGAAAGCaaa > 2:198369‑M2/206‑275 (MQ=255) gcgataagctgcaataagcagaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTAAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTATGAAGCaaaaa > 2:150102‑M2/204‑275 (MQ=255) agaaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacactcatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggcggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATACGTAATACTTTTGTTTTTGGTGTATTTCAATATGTTAAAAAGTTTTTTGCTACGATAGCAAGCAAATATTAAACAGGaataat > 4:554922‑M2/185‑271 (MQ=255) gaaccaccttttttgtttaatatgtccttacaaatagaaattggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgaacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGaaa < 1:745227‑M2/92‑1 (MQ=255) aaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcctcactacacgcacatacaacggcggggggctgcgatttccaataatgcgtgaggcagataacacaaaacactcaattactaaacataaatgTATAAGTCATAATTTTGTTTCGGGTGTATCTAAATTTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGATTAAACGAAAt > 4:380464‑M2/183‑275 (MQ=255) ccacctttttggtttaaaatgtccttacaaatagaaatgggtctttacactcatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcaatacacgcacatacaacggagggaggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacaaaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGaa < 2:554922‑M2/91‑1 (MQ=255) caccttgttagtttaataagtccttacaaatagaaatgggtcgttacacttatctaagaattttcctaaatcgacgcaactatactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactaaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATggg < 2:563751‑M2/96‑1 (MQ=255) ttaatatgtccttacaaaaaagaatgtgtcattacacttatctaagaattttccgaaagcgacgcaactgtactcgtaaatacacggacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTATGTTTTGGGTGTAGTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGGAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGcaca < 1:323967‑M2/108‑1 (MQ=255) taatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatataagcttttccctaaaacgacgcaactgtactcgtcactacacgcacataccacgtaggggggccgcgattttcaataatgcgtggtgcagaccacacaacgcaatcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTGTGGCTGTATTCACATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTCGCAAGCAAAAATTAAAAAGGAATAAtcgaaatgggattgttggcaaat > 3:511680‑M2/167‑264 (MQ=255) aatttgtccttacaaatacaaatgggtatttacacctatctaagaattttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttaaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGt < 4:456146‑M2/110‑1 (MQ=255) atgtccttacaaataagaatggttctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt < 1:101120‑M2/25‑1 (MQ=255) acaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAACCAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAACATaacca > 1:4597‑M2/155‑273 (MQ=255) caaatagaaatgggtcgttacacttatataagatatttccgaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggatgcgattttcaataaggcgtgatgcagatcacacaaaacactcaagtacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCa < 1:5892‑M2/122‑1 (MQ=255) tatttacacttatctaaaatttttccgaaatcgacgcaactgtacacgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAatcat < 3:124166‑M2/136‑1 (MQ=255) ttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGtt > 1:24418‑M2/131‑231 (MQ=255) ttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAaataa > 1:124166‑M2/131‑262 (MQ=255) ctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTgcgc < 3:24418‑M2/105‑1 (MQ=255) atgttccaaaatcgaaagaaatgtacacgtcaatacaagcaaagacaacggaggagtgctgagattttcaataatgcgtgctgcaaatcacaaaaaacaatcaattaattaacataaaagTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCANGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTAACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACtt < 4:359736‑M2/155‑1 (MQ=255) ttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTagcaagca > 3:754283‑M2/118‑185 (MQ=255) taaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCaaaaa < 1:754283‑M2/72‑1 (MQ=255) tactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTTGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATAGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTAACCGTAAATAATAATCTGCTAAAAATAATAAAGTtcatgcaatacctgtctattat > 4:605563‑M2/98‑264 (MQ=255) cgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttaaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTTAGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACtt < 2:605563‑M2/155‑1 (MQ=255) gtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATc > 3:19440‑M2/93‑243 (MQ=255) cactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTAtttt > 3:107244‑M2/91‑271 (MQ=255) actacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGAt > 2:19730‑M2/90‑260 (MQ=255) ctacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACtt < 1:19440‑M2/155‑1 (MQ=255) acacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTaaa < 1:107244‑M2/185‑1 (MQ=255) gcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGAt > 1:677778‑M2/83‑253 (MQ=255) ataaaacggaggggggatgctattttcaataatgcgtgattaagatcacaaaaaacactaaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGc < 3:677778‑M2/175‑1 (MQ=255) tacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGAt > 3:52434‑M2/78‑248 (MQ=255) acggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGc < 1:52434‑M2/175‑1 (MQ=255) cggagagtagctgcgattttcaataattcgtgatacagatcacacaaaacactcaattacttaaattaaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTAGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCacaa < 3:740740‑M2/203‑1 (MQ=255) ggggggctgcgattttcaataatgcgtgattcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAATTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGc < 1:192045‑M2/175‑1 (MQ=255) ggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtat < 4:315343‑M2/3‑1 (MQ=255) ggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTaa > 3:442681‑M2/65‑275 (MQ=255) atgcgtgatgcagatcacacaaacagctcatttacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAAACTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGTAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCATAAATAATCATCTGCTATAAATAGTCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAgg < 2:380464‑M2/228‑1 (MQ=255) tgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgctacg > 4:166923‑M2/47‑104 (MQ=255) agtgatgaagatcacaaaaaactattaaatacataacataaaagTAAAAGTCATAATTTTGTTTTTAGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTATTAGCTACGCTAACAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCAGGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGcaa < 4:407007‑M2/231‑1 (MQ=255) tgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTag < 2:166923‑M2/62‑1 (MQ=255) cacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACCAATTAAAAACAAAAAAAGGCAAAAATCAACttaa > 4:27587‑M2/33‑275 (MQ=255) actcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGaa < 1:442681‑M2/253‑1 (MQ=255) actcaaatactgaacagaaaatTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAGTGCAATCTGATAAAAAGGTCTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACAATTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGaa < 3:4597‑M2/253‑1 (MQ=255) aataaattacttaacataaatgTAGAAGTCATACTTTAGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTAAAAAAGTTATTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGaa < 2:27587‑M2/253‑1 (MQ=255) tcaattacttaccataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTACATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAACTGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAACTAATCATCTGATATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAAACACTTACCGCACAACAAACCAATTAAATACAAAAAAAGGAAACAATCAACTTAATGTTAATGAAAt > 2:561852‑M2/21‑275 (MQ=255) cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACatata > 1:506412‑M2/9‑275 (MQ=255) | GGGCTGTTGCCCGGCATCCAACGCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATA > NC_000913/1979005‑1979545 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |