| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3800688 | 712 (3.520) | 4 (0.020) | 4/516 | 17.3 | 0.56% | coding (278/699 nt) | waaY | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| ? | NC_000913 | 3800693 = | 707 (3.510) | coding (273/699 nt) | waaY | lipopolysaccharide core biosynthesis protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 716 total aligned reads displayed.
TGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAACAGAGACTTAAAGAAACGTTCGTTACGCTTAACTTTCGGAGAAAAAACCTTAAGAATCAATTTACCGTAATCGGTATCAATAAGCATAACTTTTGTATCATCAATAGAACGAAAAACCTTGATGATATTTATATTATAAGACAAGAAGTCATTTAATACATTGAGGTACTTTGAATTGTTTTCATCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAAT > NC_000913/3800414‑3800962 | aaGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTa < 4:144533/276‑1 (MQ=255) cGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGTCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAAACCTTCATTTCGTAAtttt > 4:475341/1‑276 (MQ=255) gtagagaTCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTTCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACAAAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGttt < 1:400356/273‑1 (MQ=255) tAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGc < 2:68249/276‑1 (MQ=255) aTTCGAAACTCAACATTTTTTGAACTGAAGTTAACACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAANCGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGt < 4:570610/276‑1 (MQ=255) gAACCTAACCATTTTTTATAACAAAGTTTCCACGATGCGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAAGCATTAATTGATTGCTTAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCAAACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATAATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCg < 2:456532/275‑1 (MQ=255) cACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTaataat < 4:1005460/276‑1 (MQ=255) aCCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATc > 4:229356/1‑276 (MQ=255) ccATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCa < 4:176033/276‑1 (MQ=255) ccATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAAGTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTaataat < 3:580124/274‑1 (MQ=255) ataATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAAc > 2:800377/1‑276 (MQ=255) tGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAACAGAGACTTAAAGAAAc > 1:165250/1‑274 (MQ=255) tGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTATTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTTTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAATGCGTTCGGAAATATCACTTTTAAACAGAAACTTAAAGAAAct > 3:10053/1‑274 (MQ=255) 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tAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAACAGAGACTTAAAGAAACGTTCGTTACGCTTAACTTTCGGAGAAAAAACCTTAAGAATc > 1:282153/1‑275 (MQ=255) aaTTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAACAGAGACTTAAAGAAACGTTCGTTACGCTTAACTTTCGGAGAAAAAACCTTAAGAATCa > 1:506639/1‑275 (MQ=255) attgCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGtaat > 2:968316/1‑198 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |