| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3800688 | 712 (3.520) | 4 (0.020) | 4/516 | 17.3 | 0.56% | coding (278/699 nt) | waaY | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| ? | NC_000913 | 3800693 = | 707 (3.510) | coding (273/699 nt) | waaY | lipopolysaccharide core biosynthesis protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 710 total aligned reads displayed.
CGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAACAGAGACTT‑AAAGAAACGTTCGTTACGCTTAACTTTCGGAGAAAAAACCTTAAGAATCAATTTACCGTAATCGGTATCAATAAGCATAACTTTTGTATCATCAATAGAACGAAAAACCTTGATGATATTTATATTATAAGACAAGAAGTCATTTAATACATTGAGGTACTTTGAATTGTTTTCATCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCAT > NC_000913/3800421‑3800965 | cGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTTACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACAATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATAATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTCTCCGTTCAGCCAATAAATAACATTA‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCAATTCGTACtttt > 2:825046/1‑276 (MQ=255)cGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCTGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTATATTTAACCCTTCATTTCTTCCtttt > 2:1006977/1‑276 (MQ=255)cGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACttt > 1:306336/1‑275 (MQ=255) gaTCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCa > 3:799076/1‑275 (MQ=255) aTTCGAAACTCAACATTTTTTGAACTGAAGTTAACACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAANCGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGt < 4:570610/276‑1 (MQ=255) gAACCTAACCATTTTTTATAACAAAGTTTCCACGATGCGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAAGCATTAATTGATTGCTTAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCAAACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATAATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCg < 2:456532/275‑1 (MQ=255) aCCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATc > 4:229356/1‑276 (MQ=255) ccATTTTTTTTAAAGAAGTTACCACAATGGGTGTCGGCAGAAACCATGCCATATTGATGTAAGGAAAGAATTGATTGATAAATTTTATTTTTTAGCGGATCATCAATATCGGGAATATCACACAAGTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAAGCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTaataat < 3:416871/274‑1 (MQ=255) ccATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCa < 4:176033/276‑1 (MQ=255) ccATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAAGTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTaataat < 3:580124/274‑1 (MQ=255) ataATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAAc > 2:800377/1‑276 (MQ=255) aaGTTACCAAGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAACAGAGAc < 4:867226/276‑1 (MQ=255) tGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTATTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTTTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAATGCGTTCGGAAATATCACTTTTAAACAGAAACTT‑AAAGAAAct > 3:10053/1‑274 (MQ=255) 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aGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAA‑GTTTTCCGTTTCGCACATAAATAAAAGTCAATTGA‑TGTATTTTAACCTTCCTTTCGTACTTTTTTGGTTTTGTTAAAAAAGCGTTTGTTATTATTCACTTTTAACAGAAACTTAAAAGAAAGTTTCGTACCGC‑TAAATTTCGTCGAAAAAAACTTaaa > 4:422953/1‑275 (MQ=255) tAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGtaat > 2:754351/1‑204 (MQ=255) aaTTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTC‑ATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAACAGAGACTT‑AAAGAAACGTTCGTTACGCTTAACTTTCGGAGAAAAAACCTTAAGAATCa > 1:506639/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |