| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,293,015 | IS1 (–) +8 bp | 7.5% | intergenic (‑93/‑505) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | 14 (0.070) | 14/298 | NT | 8.6% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 1293022 | 141 (0.780) | intergenic (‑100/‑505) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 258675 | NA (NA) | 9 (0.050) | 9/298 | NT | 5.7% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1293015 = | 141 (0.780) | intergenic (‑93/‑512) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CAGTTTACGAGTGCGCTCTTCAACTTCAGCAGCAGCCGCGCTTTCTTCTTCGCGACGTTCGTTAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACT > NC_000913/1292749‑1293268 | cgggctgttgcccggcatccaacgccattcatggccatatcaatgattttctggtgcgtaccgggttgagaagcggtgtaagtgaactgcagttgccatgttttacggcagggagagcagaaatagcgctgatgtccggcggtgcttttcccgttaagcaccaccccgtaagtagcggaacaggagggacagctggtaaaaacgaaacccactggagcaccccaaaaaccccatccaacactaaaacattaatttggcagcacacccaacccaaa > 4:228852‑M2/267‑269 (MQ=255) tACGAGTGCGCGCTTCAACTTCAGCAGCAGCCGCGCTTTCTTCTTCGCGACATTCGTTAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTGCAGTTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGCAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTACTCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTACTAATAGAGCCTTAAATTCCGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAACTTattatt > 1:161357/1‑274 (MQ=255) cgcTCTTCAACTTCAGCAGCAGCCGCGCTTTCTTCTTCGCGACGTTCGTTAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTAAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTtgt > 4:432165/1‑274 (MQ=255) cgttcgttAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGAcg < 4:133629/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |