| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | 3854222 = | 227 (3.410) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 1.4% | coding (301/1185 nt) | emrD | multidrug efflux system protein |
| ? | NC_000913 | 3854264 = | 197 (3.130) | coding (343/1185 nt) | emrD | multidrug efflux system protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCT > NC_000913/3854074‑3854370 | ttATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTg > 3:404605/1‑149 (MQ=255)aggcgcgccagttccacatcgtatccagcagaccgccgattagcggtgcgagcaacggactgacgagaatccccatgtttaacaggctgttagcatggcgcaactgtgtccgttcatataaatctcgcggtaaagtacgcgccattacg > 2:62706‑M1/149‑149 (MQ=255) gcgcgccagttccacatcgtatccagcagaccgccgattagcggtgcgagcaacggactgacgagaatccccatgtttaacaggctgttagcatggcgcaactgtgtccgttcatataaatctcgcggtaaagtacgcgccattacgcc < 3:522206‑M1/3‑1 (MQ=255) aTCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTgcc < 3:318082/149‑1 (MQ=255) gcgccagttccacatcgtatccagcagaccgccgattagcggtgcgagcaacggactgacgagaatccccatgtttaacaggctgttagcatggcgcaactgtgtccgttcatataaatctcgcggtaaagtacgcgccattacgccgc < 1:26619‑M1/5‑1 (MQ=255) ctgctgACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTgccgc > 3:220446/1‑149 (MQ=255) ctgctgACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTgccgc > 4:123750/1‑149 (MQ=255) gctgACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCa < 4:143837/149‑1 (MQ=255) ctgACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAg < 3:395299/149‑1 (MQ=255) gACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAgcg < 4:131848/149‑1 (MQ=255) gACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAgcg > 3:461625/1‑149 (MQ=255) gACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAgcg < 3:137186/149‑1 (MQ=255) ttccacatcgtatccagcagaccgccgattagcggtgcgagcaacggactgacgagaatccccatgtttaacaggctgttagcatggcgcaactgtgtccgttcatataaatctcgcggtaaagtacgcgccattacgccgc < 4:482957‑M1/5‑1 (MQ=255) ttccacatcgtatccagcagaccgccgattagcggtgcgagcaacggactgacgagaatccccatgtttaacaggctgttagcatggcgcaactgtgtccgttcatataaatctcgcggtaaagtacgcgccattacgccgc > 3:482957‑M1/138‑142 (MQ=255) ttACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGa > 2:8745/1‑149 (MQ=255) ctcACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGa > 2:5466/1‑149 (MQ=255) tcACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGAt > 3:177429/1‑149 (MQ=255) tcACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGAt > 1:164754/1‑149 (MQ=255) 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1:393224/1‑149 (MQ=255) ccTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATtctc < 4:542670/149‑1 (MQ=255) tCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCt > 3:171029/1‑128 (MQ=255) tCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATg > 1:317163/1‑138 (MQ=255) tCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGt < 2:413960/149‑1 (MQ=255) tCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGt > 3:527361/1‑149 (MQ=255) cAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCga < 2:320438/85‑1 (MQ=255) cAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCa > 2:122974/1‑149 (MQ=255) cAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCa < 4:404605/149‑1 (MQ=255) aGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAg > 4:609341/1‑149 (MQ=255) tttGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTc < 2:448902/149‑1 (MQ=255) ttGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTcc > 4:167941/1‑149 (MQ=255) gACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATGTGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGt < 1:565095/149‑1 (MQ=255) gACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGt < 4:527361/149‑1 (MQ=255) aCGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGtt < 3:124997/149‑1 (MQ=255) cGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGTATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGAGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGTATTCTCGTCAGTCCGTTg < 4:14936/149‑1 (MQ=255) tgtTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTc < 1:179197/149‑1 (MQ=255) gATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCAc > 4:494075/1‑149 (MQ=255) gATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCAc < 2:392190/149‑1 (MQ=255) aTTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCAcc > 1:330826/1‑149 (MQ=255) | TTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCT > NC_000913/3854074‑3854370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |