| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 3854264 = | 197 (3.130) | coding (343/1185 nt) | emrD | multidrug efflux system protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCT > NC_000913/3854116‑3854411 | gATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGgcggcg > 1:393856/1‑149 (MQ=255) ttCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTaa < 4:617777/149‑1 (MQ=255) ttCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTaa < 1:328973/149‑1 (MQ=255) tCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAAt > 1:448902/1‑149 (MQ=255) gACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGgc > 4:218740/1‑149 (MQ=255) gcaacggactgacgagaatccccatgtttaacaggctgttagcatggcgcaactgtgtccgttcatataaatctcgcggtaaagtacgcgccattacGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATg < 3:299341‑M1/48‑1 (MQ=255) ccGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGgcgc > 1:370001/1‑149 (MQ=255) gccgccGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTa > 3:148109/1‑149 (MQ=255) gACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCga > 4:581896/1‑149 (MQ=255) aCCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCgag > 3:59190/1‑149 (MQ=255) ccGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCgaga < 3:353739/149‑1 (MQ=255) cGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGt < 1:85972/124‑1 (MQ=255) tGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTta > 3:511385/1‑149 (MQ=255) 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ttGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCg > 4:498279/1‑149 (MQ=255) tGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGc < 4:456814/149‑1 (MQ=255) GCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCt > 2:495923‑M1/1‑149 (MQ=255) AGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCgg > 3:97142‑M1/1‑149 (MQ=255) gATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATgg < 4:144670/107‑1 (MQ=255) gATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTc < 3:341890/149‑1 (MQ=255) gCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTctgc < 1:260308/149‑1 (MQ=255) cAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTctgct < 3:56071/149‑1 (MQ=255) aGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATgg > 3:212127/1‑102 (MQ=255) aGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATgg < 4:212127/102‑1 (MQ=255) ggggATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTgg > 2:26619/1‑149 (MQ=255) gggATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGa > 1:33503/1‑149 (MQ=255) gATGGGCACCGGCGTTGGCGGTGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATa < 2:3519/149‑1 (MQ=255) gATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGATATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATa < 1:183639/149‑1 (MQ=255) gATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATa > 2:337565/1‑149 (MQ=255) gggCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATtctc > 1:24647/1‑103 (MQ=255) gggCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGa > 3:460877/1‑149 (MQ=255) gggCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGa > 4:524650/1‑149 (MQ=255) ccGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTgg < 4:326964/149‑1 (MQ=255) gCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAAc > 3:79037/1‑149 (MQ=255) cGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACt < 3:167941/149‑1 (MQ=255) ttGGCGGCGTAATTGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTgg < 4:392500/149‑1 (MQ=255) ggcggcGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGgcg < 1:305322‑M2/143‑1 (MQ=255) gcggcGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGaa > 3:482957‑M2/6‑142 (MQ=255) cGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCt > 2:62706‑M2/2‑149 (MQ=255) | GATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCT > NC_000913/3854116‑3854411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |