| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 4338982 | 142 (0.980) | 4 (0.030) | 4/498 | 12.7 | 2.7% | coding (1540/2268 nt) | adiA | arginine decarboxylase |
| ? | NC_000913 | 4338986 = | 142 (0.980) | coding (1536/2268 nt) | adiA | arginine decarboxylase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GCGTTTGAAGGAGCAAAGGGTGTTAACCAGAGTTCCCCATTTCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCGGTTTGTGGGTCGGTGACGACTTCTTTGTTCCACGGTTTGAAGAACCAGCTACCGTCAGCGGTGAACTCTTTATATAGCCGCGCCATCGCCTGACGGAAATCAACCGCTTCGTCAATCACTTCCTGTGTCAGTGACAGGCCGCTGTTGCCGTCCATCATCGACACCGCCACGTCGTTGGATGCGCAGATGGCATACAGCGGGG > NC_000913/4338713‑4339257 | gCGTTTGAAGGAGCAAAGGGTGTTAACCAGAGTTCCCCATTTCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATTCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGTATACCTTTGACACCGTGCCAGCTTTCGCCCGGCTGc > 2:33822/1‑274 (MQ=255) tttGAAGGAGCAAAGGGTGTTAACCAGAGTTCCCCATTTCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCTGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTAc > 2:540603/1‑276 (MQ=255) ttgaaaggggacaaGGGGGTAAACAAGAATTCCCCACTTCCCAGGGGTTACGCCCATCGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGTGGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCCCCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTa < 4:750091/263‑1 (MQ=255) aGGAGCAAAGGGTGGTAACCAGAGTTCCCCATTTCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCcag < 1:321654/275‑1 (MQ=255) ggAGCAAAGGGTGTTAACCAGAGTTCCCCATTTCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCTGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCcagca < 4:540603/276‑1 (MQ=255) gagtgtaCCAGGGGTCCTCATTTCCAACGGGGTACGCGCCAAGAGAAGAGGAAAATAAGTAGGAAGTCAGTGGGGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTTACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACg < 4:534197/270‑1 (MQ=255) ttAACCAGAGTTCCCCATTTCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTAc > 1:350283/1‑257 (MQ=255) aCCAGAGTTCCCCATTTCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACggtggt > 3:506353/1‑275 (MQ=255) ccAGAGTTCCCCATTTCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCcag < 3:350282/257‑1 (MQ=255) ccAGACTTCCCCAGTGCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGTGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAGCACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACggtggt < 1:505322/274‑1 (MQ=255) agcgTTCCCCATTTCCAACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGTAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAACCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGATATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTcagc < 4:460875/273‑1 (MQ=255) agTTCCCCATTTCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACGAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACGCCGGTTTCGTACAGTTAACCATCATAACCTATTCCCGGAGCAAGGATGATGACTTTAATCGGTCCGAGCATACGACAGTTATACCGAATATGTTTTAAGTAGTGCCTGCTTGCGCCTGGAAGCATCACCGACCAGCC‑CTGTAccggtgtcttc > 4:483626/1‑264 (MQ=255) agTTCCCCATTTCCCACGGGTTACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGCGTCGAGCATACTCCCGTTATCCGGACTATCTTTGAAGCCGTGCCACCTTTCGCCCTGATGCACTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGTTcttccg > 2:590208/1‑271 (MQ=255) ggtACGCCCATAGAGAACAGGAACATAATCTGGAAGTGCGTGGTTCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCa < 4:253673/274‑1 (MQ=255) tgaCGCCCATAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCa < 1:536227/273‑1 (MQ=255) tAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCTAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑ATGAACGGTGGTAAGAAGTTTCGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAgg > 2:539805/1‑276 (MQ=255) tAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCCGCTTTCGCCCGGATGCCTTACCCAGCAGTC‑CTGACCGGTTGGCCGCAGTTGGGTTGGTTCGTCCGCAAAGttctatg > 4:204519/1‑270 (MQ=255) tAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGccacggtatggg > 2:191588/1‑265 (MQ=255) tAGAGAACAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGCCAGCAAGGTCATAg > 3:128687/1‑275 (MQ=255) aaCAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGtttt > 1:470270/1‑275 (MQ=255) aCAGGAACAGAATGTGGAAGTCAGTGGTGCGAGTAGGTACAAATCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGACGGAAAAACGGTGTCTTCCAGTGCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATAGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAGGCCGTGCCAGGTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTAAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGc < 4:269328/276‑1 (MQ=255) cAGGAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGc > 1:531836/1‑275 (MQ=255) gAACATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCgg > 3:72084/1‑275 (MQ=255) cATAATTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCGGTTtg > 2:6734/1‑276 (MQ=255) aaTTTGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTCACTGAACGGTGGTCAGCCGTTTGGTTGGTGCGTCGGCAAAGCCATAGGTTTTCCCGGttt > 3:384724/1‑273 (MQ=255) tttGGAAGTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTTAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCCACGTCATAGGTTTTGCCGGCTTGTgg > 4:151978/1‑274 (MQ=255) ttggggaGTCAGTGGTGCGGGTTGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTACCCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCAGCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCAAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCGGTTTGTggg < 1:101211/269‑1 (MQ=255) tggcAGGGGGGCGGGGAGGGCCAATGCCGGCGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTGCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCGGTTTGTGGGTCGGt < 4:138453/271‑1 (MQ=255) gacggtggggCGGGTAGGGACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCTGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCGGTTTGTGGGTCGGTgac < 2:331970/272‑1 (MQ=255) gTCAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCGGTTTGTGGGTCGGt < 1:72085/273‑1 (MQ=255) cAGTGGTGCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCGGTTTGTGGGTCGGTgacga < 2:727797/276‑1 (MQ=255) gtgCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCGGTTTGTGGGTCGGTGACGActtct < 2:694789/276‑1 (MQ=255) gtgCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCGGATGCATTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCGGTTTGTGGGTCGGTGACGActtct < 2:248284/276‑1 (MQ=255) tgCGGGTAGGTACAATGCCGTGGCGACCAAGCCAGGCAGTGACCAGCGCCGCCGGAACACCGGTTTCTTCCAGTTCACCATCTTCACCCATTCCCGGAGCAAGGATGCTGACTTTAATCGGGTCGAGCATACTCCAGTTATCCGGAATATCTTTGAAGCCGTGCCAGCTTTCGCCCG‑‑‑GCCTTACCCAGCAGTC‑CTGAACGGTGGTCAGCAGTTTGGTTGGTGCGTCAGCAAAGTCATAGGTTTTGCCGGTTTGTGGGTTGGGTACGACTTCTTTg > 3:327816/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |