| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3217434 = | NA (NA) | 7 (0.080) | 7/164 | NT | NA | noncoding (1/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 3217467 = | NA (NA) | noncoding (34/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
ATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCA > NC_000913/3217335‑3217533 | aTGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTg < 2:1089620/100‑1 (MQ=255) tGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGc < 2:68693/100‑1 (MQ=255) tgcattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGcc > 1:1876136‑M1/98‑100 (MQ=255) tgcattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcacatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGcc < 2:2702890‑M1/3‑1 (MQ=255) gCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCCCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGcc < 1:644652/100‑1 (MQ=255) gcattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCg < 1:627704‑M1/4‑1 (MQ=255) gcattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCg < 2:885628‑M1/4‑1 (MQ=255) gcattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCg < 2:870583‑M1/4‑1 (MQ=255) cacaAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCg > 1:1463710/1‑100 (MQ=255) cacaAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCg > 1:1751031/1‑100 (MQ=255) cacaAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTACCg > 2:2482125/1‑100 (MQ=255) cattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggtgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCgg < 1:1946335‑M1/5‑1 (MQ=255) cattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCgg < 2:216085‑M1/5‑1 (MQ=255) caAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGa > 1:420003/1‑100 (MQ=255) caAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGa < 2:2413834/100‑1 (MQ=255) attaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCGGa > 2:2515090‑M1/95‑100 (MQ=255) attaatcggtatgccggagccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCGGa > 2:2730992‑M1/95‑100 (MQ=255) aaaTAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGAt > 1:98179/1‑100 (MQ=255) aaaTAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGAt > 1:1097713/1‑100 (MQ=255) aaaGAAGAAAGATCATTTCGGTGAGCGACCGCGCCTCTTTTGATATGACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGa < 2:902423/99‑1 (MQ=37) aTAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGc < 2:2306608/100‑1 (MQ=255) tAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCg > 1:827561/1‑100 (MQ=255) aaaaaaGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGa > 2:2669663/1‑100 (MQ=255) aaaaGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACg < 2:524528/100‑1 (MQ=255) gatctCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCt < 1:1495725/96‑1 (MQ=255) aaGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCt < 1:1238951/100‑1 (MQ=255) gATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTg < 2:1989898/100‑1 (MQ=255) gATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTg > 1:101698/1‑100 (MQ=255) gATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTg > 1:766746/1‑100 (MQ=255) tCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGAc < 2:240345/100‑1 (MQ=255) cATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCtagatc > 2:1495719/1‑95 (MQ=255) cATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGAcg < 2:2451842/100‑1 (MQ=255) aTTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGAcgc > 1:1016516/1‑100 (MQ=255) tGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACgcgc > 2:1828645/1‑100 (MQ=255) gCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGcc < 1:2538308/100‑1 (MQ=255) gCGGTCATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCCACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCGGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGcc < 2:1362628/100‑1 (MQ=255) cGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCt < 2:978613/100‑1 (MQ=255) cGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCt < 1:2251922/100‑1 (MQ=255) ggTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCtt > 2:620503/1‑100 (MQ=255) ggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTa > 2:116658‑M1/74‑100 (MQ=255) gATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATc > 2:2212533/1‑100 (MQ=255) tCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATcc < 1:141782/99‑1 (MQ=255) ttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCgg > 2:567814‑M1/69‑100 (MQ=255) cGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCgg > 1:938851/1‑100 (MQ=255) tggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGc > 2:302257‑M1/68‑100 (MQ=255) gACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATTCGGc > 1:1388566/1‑100 (MQ=255) aCCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGcc < 1:784207/100‑1 (MQ=255) aCCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGcc > 1:1362645/1‑100 (MQ=255) ccGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCt < 1:2084471/100‑1 (MQ=255) ccGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCt > 1:245409/1‑100 (MQ=255) cgcgCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTa < 1:495246/100‑1 (MQ=255) gccgcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGGCGGATGCGACGCTTGGCGCGCCTTATCCGGCCTacac < 2:1465794/100‑1 (MQ=255) gccgaTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATGCGCCAGTGGCGCGGTGCAAGTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCGTATCCGGCCTac > 2:42954/1‑98 (MQ=25) ccgcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACAcc > 2:482808/1‑100 (MQ=255) ccgcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACAcc > 1:756989/1‑100 (MQ=255) cgcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACAccc < 1:2533448/100‑1 (MQ=255) cTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGc < 1:295302/100‑1 (MQ=255) tttGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTa > 1:2490147/1‑100 (MQ=255) ttGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTac > 1:2101278/1‑100 (MQ=255) tGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTaca > 1:2368008/1‑100 (MQ=255) ntatTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTacaca > 2:737341/2‑100 (MQ=255) atatTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTacaca > 2:1786830/1‑100 (MQ=255) cGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACACTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGc > 1:1549949/1‑100 (MQ=255) gCAGCTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGTTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCa < 1:1048300/100‑1 (MQ=255) cAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAg < 1:2071877/100‑1 (MQ=255) cAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGAGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAg > 1:1938336/1‑100 (MQ=255) 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cGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcat > 1:865183/1‑100 (MQ=255) cGCCAGTGGCGCAGTGCAATTGCCGGACGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGCTAAGCTGCGCCCgc > 2:1888110/1‑98 (MQ=37) ccAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatcg > 1:1056190/1‑100 (MQ=255) cAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatcgc < 1:989956/100‑1 (MQ=255) ggCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCa > 2:1113849/1‑100 (MQ=255) gcgcGGTACAAGTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCGGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCACATCAg > 2:1443390/1‑100 (MQ=38) cgcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAgg > 1:1802877/1‑100 (MQ=255) cgcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAgg < 1:2590496/100‑1 (MQ=255) gcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGc < 2:2113897/100‑1 (MQ=255) ggTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCa < 2:2630349/99‑1 (MQ=255) gTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCAtt < 2:1390574/100‑1 (MQ=255) gCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGCTCAGAAGCGCCAGCATCGCATCAGGCATtgt > 2:707556/1‑100 (MQ=255) gCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCACAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATtg > 2:825293/1‑99 (MQ=255) aaTTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGc < 2:1132920/100‑1 (MQ=255) aaTTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGc < 1:1128474/100‑1 (MQ=255) ttGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCTCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATtgtgn < 2:1488266/98‑2 (MQ=255) ttGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTc < 1:2123659/100‑1 (MQ=255) tGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTcc < 2:1628576/100‑1 (MQ=255) GCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCa > 1:1309379‑M1/1‑100 (MQ=255) | ATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCA > NC_000913/3217335‑3217533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |