| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,293,033 | IS1 (+) +9 bp | 100% | intergenic (‑111/‑486) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1050545 | NA (NA) | 110 (0.810) | 73/178 | NT | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1293033 = | 0 (0.000) | intergenic (‑111/‑494) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1293041 | 0 (0.000) | 110 (0.810) | 71/178 | NT | 100% | intergenic (‑119/‑486) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| ? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1292944‑1293041‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA < NC_000913/1979270‑1979172 TTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGACCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGG < 2:340274/100‑1 TGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGT < 2:216256/100‑1 TGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGT < 1:2795950/100‑1 TGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGT > 1:3412358/1‑100 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AGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGT < 2:2755497/100‑1 GAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG > 2:3395820/1‑100 GAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTGGATCTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATCTAGTG > 1:366440/1‑100 AGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 1:800352/100‑1 GCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTA < 1:304707/100‑1 GCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTA < 1:3348956/100‑1 GCCTTAAATTCAGTTGTCCAATAGCCCGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT > 1:2217991/1‑99 CCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTAT < 2:2823834/100‑1 CCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTAT > 2:393033/1‑100 CCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTAT > 2:693915/1‑100 TTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCTTAATTATTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTTATGCTGCCGACTTACTGATTTAGTGTATGA < 1:3457189/100‑1 TAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 2:3473446/1‑100 TAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:3696504/1‑100 AATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGG > 2:2014647/1‑100 CAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTT > 1:376460/1‑100 GTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTT < 1:727357/100‑1 TTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTT < 2:1911800/100‑1 TGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTAAGATcggaagagcg > 1:2895167/1‑90 GTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 1:2975963/100‑1 GTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 2:1062618/100‑1 TGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG > 2:2988240/1‑100 TGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG < 2:2201688/100‑1 TGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG < 1:3393770/100‑1 GCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGG < 1:3719409/100‑1 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TTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1292944‑1293041‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA < NC_000913/1979270‑1979172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |