| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 570701 | 129 (0.950) | 22 (0.180) | 7/164 | NT | 15.8% | intergenic (+273/‑192) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/inactive polymorphonuclear leukocyte migration suppressor; DLP12 prophage; UPF0098 family secreted protein |
| ? | NC_000913 | = 570711 | 116 (0.930) | intergenic (+283/‑182) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/inactive polymorphonuclear leukocyte migration suppressor; DLP12 prophage; UPF0098 family secreted protein | |||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTG > NC_000913/570602‑570800 | ctctTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACC > 1:1462703‑M1/1‑100 (MQ=255) ctTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGa > 1:3083995/1‑100 (MQ=255) ggTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACtt > 2:3276947/1‑100 (MQ=255) ggTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACtt > 2:100984/1‑100 (MQ=255) gTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACttt > 2:3641474/1‑100 (MQ=255) cGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCg > 2:819962/1‑100 (MQ=255) cGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCg > 2:2325922/1‑100 (MQ=255) cAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTa < 1:1096592/100‑1 (MQ=255) aGATTCAAATACTGAAAATACGTGTCAAATTATTATGAGCAAAATGGGGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAg > 2:952896‑M2/1‑99 (MQ=255) gATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAgg > 2:1248450‑M2/1‑98 (MQ=255) ttCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAggtg > 2:3785012‑M2/1‑96 (MQ=255) gtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagTAACACCGACTTTCGTAGGTGtt > 2:37625‑M1/78‑100 (MQ=255) cAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAggtgtt < 2:2390015‑M2/100‑7 (MQ=255) cAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAggtgtt < 1:743795‑M2/100‑7 (MQ=255) cAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAggtgtt > 2:371528‑M2/1‑94 (MQ=255) acccccaactcaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactctctaaaaactctgctttattattagTAACACCGACTTTCGTAGGTGTTAc > 1:1704692‑M1/76‑100 (MQ=255) aaTTCTGAAAATACGTAACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCTACTTTCGTAGGTGTTAc < 1:722537/100‑1 (MQ=255) aaTACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTAc < 1:827368/100‑1 (MQ=255) cccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagTAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACt > 2:3666974‑M1/75‑100 (MQ=255) aTACTGAAATTACTTTACAAATTATTATAATCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTATGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttatt < 1:3055068‑M1/100‑20 (MQ=255) aTACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttatt < 1:2017826‑M1/100‑20 (MQ=255) aTACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACt < 2:2477444/100‑1 (MQ=255) tACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttattt < 2:677403‑M1/100‑21 (MQ=255) tACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACta > 2:2218274/1‑100 (MQ=255) tACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACta > 2:2182046/1‑100 (MQ=255) tACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACta > 2:443349/1‑100 (MQ=255) aCTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACtaa > 1:1304518/1‑100 (MQ=255) ccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagTAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACtaat > 2:934362‑M1/72‑100 (MQ=255) cTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttattttt < 2:3373438‑M1/100‑23 (MQ=255) cTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttattttt < 1:1816558‑M1/100‑23 (MQ=255) cTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttattttt < 1:3327326‑M1/100‑23 (MQ=255) cTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACAACGACTTTTGTAGGTGTTACtaat > 1:2303890/1‑100 (MQ=255) cTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATAGTGTATGGCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttattttt < 1:2671037‑M1/100‑23 (MQ=255) tGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttatttttt < 2:2109674‑M1/100‑24 (MQ=255) tGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACtaata > 1:2870403/1‑100 (MQ=255) tGAAAATACGTGACAAATTATTATGACCAAAATGGTCTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttatttttt < 2:341389‑M1/100‑24 (MQ=255) gAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttatttttta < 2:1576127‑M1/100‑25 (MQ=255) gAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACtaataa > 1:3687305/1‑100 (MQ=255) aaaTACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttattttttaac < 2:2853043‑M1/100‑27 (MQ=255) aaaTACGTGACAAATTATTATAAGCAAAAAGGTATATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaatgtcggtgttattttttaac < 1:1296047‑M1/100‑27 (MQ=255) aaTACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACtaataataa > 1:801482/1‑100 (MQ=255) aaTACGTAACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCtacgaaagtcggtgttatttttta < 1:1831767‑M1/97‑25 (MQ=255) aTACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATaaa < 2:1242627/100‑1 (MQ=255) aCGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGc < 1:1845102/100‑1 (MQ=255) gACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCagag > 2:1118382/1‑100 (MQ=255) aCAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGTATGGTAGGTTAAAAAATAGTACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCag > 1:1663152/1‑97 (MQ=255) cAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAGTGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGtt > 1:2073302/1‑100 (MQ=255) cAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGtt > 1:1263302/1‑100 (MQ=255) aaTTATTATGAGCAAAATGGTGGATGTCACGTATTTTTAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTGCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGATtttt > 1:2219860/1‑100 (MQ=255) attattATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGttttt > 1:916053/1‑100 (MQ=255) atGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTGCTAATAATAAAGCAGAGTTTTTaatt > 1:655230/1‑95 (MQ=255) aGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTAt > 1:2173788/1‑100 (MQ=255) gCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATc > 2:2868874/1‑100 (MQ=255) aaaaTGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCaa > 1:2925141/1‑100 (MQ=255) aaaaTGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCaa > 2:2060075/1‑100 (MQ=255) aaTGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAAtg < 2:1352942/100‑1 (MQ=255) 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aaaTAACACCGACTTTCGTAggtgttattttttaacctaccattcaaaatacgtgccatacaccattttgctcataataatttgtcacgtattttaagta < 1:3465637‑M2/100‑81 (MQ=255) aaaTAACACCGACTTTCGTAggtgttattttttaacctaccattcaaaatacgtgacatacaccattttgctcataataatttgtcacgtattttcagta < 2:3009940‑M2/100‑81 (MQ=255) aaTAACACCGACTTTCGTAggtgttattttttaacctaccattaaaaatacgtgacatacaccattttgctcataataatttgtcacctattttcagtat < 1:3148553‑M2/100‑82 (MQ=255) aaTAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGTCGATGTTTCGGGTAGTATCAATGTGCTTTGTGTATAATGTGGTAAACAAGTGGGTTgtggg < 1:1175490/100‑1 (MQ=255) aaTAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTggggg < 1:1381125/100‑1 (MQ=255) aTAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGt < 2:2756008/100‑1 (MQ=255) tAACACCtacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcaaaatacgtgacatacaccattttgctcataataatttgtcacgtattttcagtattt < 1:3339960‑M1/100‑94 (MQ=255) cacCtacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcaaaatacgtgacatacaccattttgctcataataatttgtcacgtattttcagtatttgaa > 2:575032‑M1/1‑4 (MQ=255) cacCtacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcaaaatacgtgacatacaccattttgctcataataatttgtcacgtattttcagtatttgaa > 2:3433471‑M1/1‑4 (MQ=255) cacCtacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcaaaatacgtgacatacaccattttgctcataataatttgtcacgtattttcagtatttgaa > 2:3084012‑M1/1‑4 (MQ=255) ACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAAt > 1:499729‑M1/1‑100 (MQ=255) cctacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcaaaatacgtgacatacaccattttgctcataataatttgtcacgtattttcagtatttgaatc < 2:802168‑M1/100‑99 (MQ=255) ctacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcaaaatacgtgacatacaccattttgctcataataatttgtcacgtattttcagtatttgaatct > 1:137025‑M1/1‑1 (MQ=255) CGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTg > 1:404052‑M1/1‑100 (MQ=255) | CTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTG > NC_000913/570602‑570800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |