| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 216059 = | NA (NA) | 26 (0.200) | 9/164 | NT | 17.4% | noncoding (33/111 nt) | RIP16 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP16 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | NC_000913 | 216089 = | 123 (0.950) | noncoding (63/111 nt) | RIP16 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP16 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
TATCCGCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/216164‑216059‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atccggcAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACTTTATCACCGGGT > NC_000913/216089‑216187 ttccgatCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTA < 1:3750478/93‑1 ATCCGCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAT > 1:1205338/1‑100 ATCCGCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAT > 1:2736627/1‑100 ATCCGCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAT > 1:2735969/1‑100 CCGCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCC < 1:1169345/100‑1 CCGCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCC > 1:2941766/1‑100 CGCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCG > 1:509816/1‑100 CGCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCG > 1:2420298/1‑100 GCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGG > 2:2384903/1‑100 GCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGG > 2:2674912/1‑100 GCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGG < 1:2185822/100‑1 CCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGC < 2:3786341/100‑1 CCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGG > 2:2261382/1‑99 CCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGC < 2:1557576/100‑1 CTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGC < 1:3927958/99‑1 TAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAagatcggaa > 2:3750450/1‑91 TAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAT < 2:558804/100‑1 TAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAT < 1:3819374/100‑1 GGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGA > 1:2761579/1‑100 GACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCAATGGTGCTCAACGCCTGAAGCGACGCTGGCGC > 2:2852393/1‑99 GCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATA > 1:1620772/1‑100 CACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATAC > 1:1811717/1‑100 CACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATAC > 1:1415632/1‑100 cgatcTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACC < 1:1564088/95‑1 ATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTA > 1:2619890/1‑100 ATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTA > 1:628617/1‑100 ATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTA > 2:2214735/1‑100 ATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTA > 2:2736499/1‑100 ATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGGCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTA > 1:452867/1‑100 GCCGGATGCGGCGTAATCGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGACTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATTCCTTAAG > 2:32558/1‑99 GCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTGAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATTCCTCCAACCCCCCTCATACCTTATGG > 2:3243239/1‑100 GCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCagatcg > 2:1564079/1‑94 GCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGG > 2:1656325/1‑100 GCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGG > 2:91936/1‑100 GCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGG > 2:1007817/1‑100 GCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGG > 1:1048921/1‑100 GCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGG > 1:1899922/1‑100 GCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGG > 1:2091956/1‑100 CCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGC > 1:755029/1‑100 CCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGC > 1:3322443/1‑100 CCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGC > 1:3265057/1‑100 CCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGC > 1:2289311/1‑100 TGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATA > 1:1683665/1‑100 CGCCTTATCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACT < 1:1007823/100‑1 TCCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACTTTATCAC < 1:3935012/100‑1 CCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACTTTATCACC > 1:3649216/1‑100 CCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACTTTATCACC < 1:1326699/100‑1 CCGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACTTTATCACC > 2:134531/1‑100 CGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACTTTATCACCG > 2:3212900/1‑100 CGGCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACTTTATCACCG > 1:280215/1‑100 GCAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACTTTATCACCGGG < 2:3181073/100‑1 CAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACTTTATCACCGGGT > 2:517555/1‑100 TATCCGCCTTAAGGTATGAGGGGGGTTGTAGGCATGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAGCACCATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/216164‑216059‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atccggcAATGGTGCTCAACGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACAACCCCCCTCATACCTTAAGGCGGATAAGGCATTTACTTTATCACCGGGT > NC_000913/216089‑216187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |