| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 699505 | NA (NA) | 9 (0.060) | 5/162 | NT | NA | noncoding (81/98 nt) | RIP61 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP61 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | NC_000913 | 4441401 = | NA (NA) | noncoding (9/98 nt) | RIP335 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP335 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
TGAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGACAAAG > NC_000913/4441304‑4441500 | gAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCt > 1:2587808/1‑100 (MQ=255) gAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCt < 2:176597/100‑1 (MQ=255) gAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCt < 1:2307837/100‑1 (MQ=255) gAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCt > 2:1837166/1‑100 (MQ=255) gAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGCACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCt > 1:2628988/1‑100 (MQ=255) aaCCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTa < 2:2247083/100‑1 (MQ=255) aaCCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTa < 2:3912466/100‑1 (MQ=255) aCCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTAt < 2:1309480/100‑1 (MQ=255) ccGGCATGTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATg > 2:2299423/1‑100 (MQ=255) ggCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGcc > 2:766468/1‑100 (MQ=255) ggCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGcc > 2:1520475/1‑100 (MQ=255) ggCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGcc < 2:4110498/100‑1 (MQ=255) aTTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGAt > 1:1444376/1‑100 (MQ=255) ttttCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATc > 2:2548187/1‑100 (MQ=255) ttttCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATc > 1:625673/1‑100 (MQ=255) ttCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCa < 1:4204379/99‑1 (MQ=255) ttCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAg < 1:2102262/100‑1 (MQ=255) tCAGTGGCGAGTATAGCGTAAGGTACGGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAg < 1:581446/99‑1 (MQ=255) cAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGc < 1:1255945/100‑1 (MQ=255) cAGTGGCGAGTATAGCGTAAAGTACTGGAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATTCGCTATGCCGATCAGGc < 1:2688407/100‑1 (MQ=255) tgcctgatgcggcgtaaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGcc > 1:1971042‑M1/75‑100 (MQ=255) tgcctgatgcggcgtaaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGcc > 1:200328‑M1/75‑100 (MQ=255) tgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaaaagcatgaaaattcaatatattgcaggagctgcgtaggcctgatgCGCTACGCTTATCAGGcc < 2:2085865‑M2/18‑1 (MQ=255) aGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGc < 1:682428/99‑1 (MQ=255) cctgatgcggcgtaaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTa > 2:2391243‑M1/73‑100 (MQ=255) ggCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTAc < 1:1531967/100‑1 (MQ=255) ggCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTAc < 2:2457871/100‑1 (MQ=255) ggatgcggagtgaacgccttatccggcctacaaaagcacgcaaattcaatatattgcagagattgcgtaggcctgatgCGCTACGCTTATCAGGCCt < 2:3938252‑M2/19‑1 (MQ=255) gatgcggcgttaacgccttatccggcctacaaagtcctgcagattcaatatattgcaggtactgcgtaggcctgatgCGCTACGCTTATCAGGCCTACGc < 2:3639432‑M2/23‑1 (MQ=255) gatgcggcgtgaacgacttatccggcctacaaaagcatgaaaattcaatatattgcaggagctgcgtaggcctgatgCGCTACGCTTATCAGGCCTACGc < 1:664238‑M2/23‑1 (MQ=255) cTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGc < 2:2724201/100‑1 (MQ=255) cTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGc > 1:33166/1‑100 (MQ=255) tgcggcgtaaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAg > 2:1022200‑M1/68‑100 (MQ=255) aGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAg > 2:431631/1‑100 (MQ=255) gTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGt > 2:3816783/1‑100 (MQ=255) gTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGt < 2:3296732/100‑1 (MQ=255) ataGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAATTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTcc < 1:2346889/100‑1 (MQ=255) aGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCtt > 1:400420/1‑100 (MQ=255) gCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGCGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAGTGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTg < 1:1643889/100‑1 (MQ=255) gCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTg > 1:2169368/1‑100 (MQ=255) gCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTg < 1:1332814/100‑1 (MQ=255) gCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACCGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTg > 1:1489515/1‑100 (MQ=255) cGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGc < 1:3238510/100‑1 (MQ=255) cGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGc < 2:3962662/100‑1 (MQ=255) cGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGc > 2:1105583/1‑100 (MQ=255) cGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGc < 2:1555588/100‑1 (MQ=255) tAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCaa > 1:4399572/1‑100 (MQ=255) aaGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAat < 2:3771971/100‑1 (MQ=255) aaGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAat < 2:163156/100‑1 (MQ=255) aGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAata > 1:536938/1‑100 (MQ=255) ggTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAatat > 2:425799/1‑100 (MQ=255) ggTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAatat < 2:599089/100‑1 (MQ=255) ggTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAatat > 1:1077646/1‑100 (MQ=255) cTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTg < 1:97402/100‑1 (MQ=255) cTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTg > 1:735944/1‑100 (MQ=255) tGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCACGCCTACGCAGTCATTGCAATATAtt > 1:3143176/1‑98 (MQ=255) gTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGaa > 2:1261945/1‑100 (MQ=255) gTAAAGCCGCCAGAGGGCTAAAATTCACACAGCTGAAACATGCAAAACTGCCTGATACACTATGCCGACCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGaa > 1:370665/1‑100 (MQ=38) 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1:474145‑M1/1‑100 (MQ=255) tACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTCGCGGTATCTTGACTTTGGCCGGTTACGTAGGCCTGGTAATACGTTTACGCCTCATCAGGCATAGACa > 1:100848/1‑99 (MQ=255) TACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGACaa > 2:719470‑M1/1‑100 (MQ=255) aCGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGACaaa < 1:1837160‑M2/99‑1 (MQ=255) cGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGACACag > 1:1562441/1‑100 (MQ=255) | TGAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGACAAAG > NC_000913/4441304‑4441500 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |