| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4539648 = | 140 (1.150) | 11 (0.100) | 8/162 | NT | 8.2% | intergenic (‑147/‑1309) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| ? | NC_000913 | 4539669 = | 119 (1.080) | intergenic (‑168/‑1288) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA | |||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
ATAGCTTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTTCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/4539754‑4539648‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttttcacaTTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCA > NC_000913/4539669‑4539766 ATAGCTTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑T > 2:1401892/1‑100ATAGCTTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑T < 1:451268/100‑1 TAGCTTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TT > 1:3035166/1‑100 AGCTTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTT > 1:1070752/1‑100 GCTTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTT > 2:1043402/1‑100 GCTTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTT < 2:406526/100‑1 CTTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTTC > 2:2142436/1‑100 TTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTTCA > 2:3081713/1‑100 TTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTTCA > 1:3143765/1‑100 TACGAACATTCAAATCAATTTAATATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTT < 2:2644626/96‑1 TACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTTC < 2:3065944/98‑1 TACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATCTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTTCAC > 1:2309028/1‑100 ACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTTCACA < 2:1824507/100‑1 TTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAA‑ATCTCTTTTCACATTATTTA < 2:884146/100‑1 TTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAA‑ATCTCTTTTCACATTATTTA < 1:562511/100‑1 AAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAATCTC‑TTTTCACATTATTTAAAT < 2:1018920/100‑1 AAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAA‑ATCTCTTTTCACATTATTTAAAT < 1:1835680/100‑1 AATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAATCTC‑TTTTCACATTATTTAAATA < 2:826383/100‑1 AATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAA‑ATCTCTTTTCACATTATTTAAATA < 1:1854325/100‑1 CAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAA‑ATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAAC < 1:250098/100‑1 TAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAATCTC‑TTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCT < 2:1536889/99‑1 GGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAATCTC‑TTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATG < 1:1053591/100‑1 TTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACTAGAGTATAAAATATCTTCTGATGTTTAATTGATTTG > 2:1271276/1‑99 AATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATG > 1:1716999/1‑100 TTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACT > 1:2919972/1‑100 TTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACT > 2:3231101/1‑100 TTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTT < 2:2396688/100‑1 TTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTA < 1:110786/100‑1 TTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGAGGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTA > 2:148309/1‑100 TCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTAC < 2:938289/100‑1 TCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTAC > 1:1000311/1‑100 TCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTAC < 2:3170165/100‑1 CACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACT > 1:600971/1‑100 CACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACT > 2:2170805/1‑100 CACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACT > 1:1749139/1‑100 CACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTAC > 2:1266438/1‑99 CACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTA > 1:1908530/1‑98 ACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTC < 2:3019083/100‑1 ACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTC > 1:2364483/1‑100 ACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTC < 2:2364473/100‑1 CATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCA > 1:2677519/1‑100 ATAGCTTACGAACATTCAAATCAATTAAACATCAGAAGAGATTTTATACTCAGGTATTTAATCTGGATCTCTGTTTATTTAAATAATGTGAAAAGAGAT‑TTTTCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/4539754‑4539648‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttttcacaTTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCA > NC_000913/4539669‑4539766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |