| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2539608 = | NA (NA) | 9 (0.070) | 6/166 | NT | NA | noncoding (2/36 nt) | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 2539638 = | NA (NA) | noncoding (32/36 nt) | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
ACTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCA > NC_000913/2539509‑2539707 | ctctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagac < 2:2165814‑M1/1‑1 (MQ=255)ctctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagac > 2:1258200‑M1/100‑100 (MQ=255) tctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagacc > 1:2083976‑M1/99‑100 (MQ=255) cTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGcc < 1:669779/100‑1 (MQ=255) tGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCt < 2:1110159/100‑1 (MQ=255) tcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTg > 2:1058993‑M1/97‑100 (MQ=255) gCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTg < 1:2639116/100‑1 (MQ=255) gCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTg < 2:353862/100‑1 (MQ=255) ccGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGa > 2:1517035/1‑100 (MQ=255) gcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGAt < 1:1593368‑M1/6‑1 (MQ=255) gcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGAt < 1:1807158‑M1/6‑1 (MQ=255) gcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGAt > 2:2414112‑M1/95‑100 (MQ=255) cGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGAt < 1:1369440/100‑1 (MQ=255) gTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATg > 1:618860/1‑100 (MQ=255) ttATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGc < 1:1660223/100‑1 (MQ=255) aTCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGa > 1:1514593/1‑100 (MQ=255) ggCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCt > 1:385468/1‑100 (MQ=255) ggCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCt > 2:2292138/1‑100 (MQ=255) gCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTCTCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCtt > 2:442509/1‑100 (MQ=255) gCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCtt > 1:1375227/1‑100 (MQ=255) ccccATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTg < 1:1760173/100‑1 (MQ=255) ccATTCGCTGCAACTTCACCGGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTgcg > 1:1604776/1‑100 (MQ=255) caaTTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTgcg > 1:1572583/3‑100 (MQ=255) aTTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGcgcg < 2:2846205/100‑1 (MQ=255) aTTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGcgcg > 2:313164/1‑100 (MQ=255) aTTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGcgcg > 1:2971807/1‑100 (MQ=255) cGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCt < 2:761140/100‑1 (MQ=255) tGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTAt > 2:2632223/1‑100 (MQ=255) tGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTAt > 2:3158374/1‑100 (MQ=255) gCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATc > 1:3377967/1‑100 (MQ=255) cAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCa < 1:950296/100‑1 (MQ=255) cAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCa < 1:313162/100‑1 (MQ=255) agtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCa > 2:1864559‑M1/73‑100 (MQ=255) tgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAgg > 2:534982‑M1/71‑100 (MQ=255) cTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAgg > 2:662261/1‑99 (MQ=255) cTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGt > 2:969842/1‑100 (MQ=255) aatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTc > 2:1180988‑M1/69‑100 (MQ=255) tCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGt < 2:2966269/98‑1 (MQ=255) cACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTa > 1:3266474/1‑100 (MQ=255) cACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTa > 1:2851977/1‑100 (MQ=255) ccAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACa > 1:2194796/1‑100 (MQ=255) ccAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACa > 2:2069414/1‑100 (MQ=255) ccAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACa > 2:2236386/1‑100 (MQ=255) ccAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACa < 2:281859/100‑1 (MQ=255) ccAGAGGCGTATAGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACa > 2:2463533/1‑100 (MQ=255) gagGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCATGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAgg > 1:2648861/1‑99 (MQ=255) aacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGt > 2:1071172‑M1/62‑100 (MQ=255) ggCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTAATCTCGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGGCTACAGGtt > 1:2458470/1‑99 (MQ=255) gCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTAc < 2:124618/100‑1 (MQ=255) aTTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAAc > 1:1887993/1‑100 (MQ=255) tGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCt > 1:1859210/1‑100 (MQ=255) ccTATTTGTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCtt < 1:3142802/99‑1 (MQ=255) ccTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTg > 1:3516318/1‑100 (MQ=255) ccTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTg > 2:1283320/1‑100 (MQ=255) cTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGc < 1:1706219/100‑1 (MQ=255) cTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGc > 1:272048/1‑100 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa > 1:2282273/1‑100 (MQ=255) ttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTaaa < 1:576229/100‑1 (MQ=255) tgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTaaaa < 2:2664470/100‑1 (MQ=255) ttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAg > 2:2942958/1‑100 (MQ=255) ttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAg > 2:586427/1‑100 (MQ=255) tCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGc < 1:1314224/100‑1 (MQ=255) aTGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCgg < 1:1094892/100‑1 (MQ=255) tGTACTCACGATCTCTGTCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACTGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGa < 2:3489490/100‑1 (MQ=255) tACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATc > 2:1633251/1‑100 (MQ=255) tACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATc < 2:3454430/100‑1 (MQ=255) aCTCCCGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAACGCCCGGaggc < 1:122724/100‑4 (MQ=255) aCTCACGCACTCTAGACAGACTAGGTTTTTCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGccc > 1:2176089/1‑94 (MQ=21) aCTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcg > 2:251499/1‑100 (MQ=255) aCTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcg < 2:1859220/100‑1 (MQ=255) cTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgc > 1:3424918/1‑100 (MQ=255) cTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgc > 2:1905778/1‑100 (MQ=255) tCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgcg > 2:2108879/1‑100 (MQ=255) 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1:3499396/100‑1 (MQ=255) aTACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCggg < 1:3453886/100‑1 (MQ=255) tACGTGGTGTTGCCTGATGCGAAGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGc > 1:2165804/1‑100 (MQ=255) aCGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCg > 2:391780/1‑100 (MQ=255) cGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCTGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGt > 1:1996354/1‑100 (MQ=255) cGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGt > 2:3335100/1‑100 (MQ=255) tggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGttt > 1:2480489/1‑100 (MQ=255) tggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGttt > 1:3435147/1‑100 (MQ=255) 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1:3540812/100‑2 (MQ=255) gCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTc > 2:2708043/1‑100 (MQ=255) gCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTc < 1:3371742/100‑1 (MQ=255) CCTTATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCa < 1:3332431‑M1/100‑1 (MQ=255) CCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCa < 2:3393018‑M1/100‑1 (MQ=255) | ACTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCA > NC_000913/2539509‑2539707 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |