New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4359852 = | 152 (1.100) | 31 (0.220) | 24/178 | NT | 17.4% | coding (180/1335 nt) | cadB | putative lysine/cadaverine transporter |
? | NC_000913 | = 4375338 | 143 (1.030) | coding (320/1029 nt) | epmB | EF‑P‑Lys34 lysylation protein; weak lysine 2,3‑aminomutase |
TTACCTGCGAACCTAGCAAGTATCGGTGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/4359950‑4359852 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTTCCCCTATGCCGAAAATCAGGGC < NC_000913/4375338‑4375241 TTACCTGCGAACCTAGCAAGTATCGGTGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGA > 1:123642/1‑100 CGAACCTAGCAAGTATCGGTGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCAC < 1:706138/100‑1 CGAACCTAGCAAGTATCGGTGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCAC > 1:3813359/1‑100 ACCTAGCAAGTATCGGTGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAAC < 2:1350008/100‑1 AGCAAGTATCGGTGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGG > 1:1456880/1‑100 GGTGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCT > 2:568974/1‑100 GGTGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCT > 2:54686/1‑100 TGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGG < 1:2883509/100‑1 TGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGG < 2:123645/100‑1 TATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCA < 1:2262094/100‑1 TATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCA < 1:1971024/100‑1 CTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCT > 1:3808349/1‑100 TGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTG > 2:3322763/1‑100 GGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGC > 2:2722535/1‑100 TTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGG < 2:3201457/100‑1 TTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGG < 1:182898/100‑1 GGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGn < 1:2968089/98‑2 TCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCG < 2:1117742/100‑1 CTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGC < 1:54685/100‑1 CTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGC < 2:426110/100‑1 TATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCT > 2:1760714/1‑100 GGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTT > 2:2657349/1‑100 GTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTC < 2:2979985/100‑1 GTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTC < 2:989119/100‑1 GTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTC < 1:2657328/100‑1 TCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCA < 1:568967/100‑1 CGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCAC < 1:771285/100‑1 CTGGCGTATGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTT > 1:2000524/1‑100 tcTGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTTC < 1:317571/93‑1 TGTATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTTCCCCTATG > 2:3317959/1‑100 TATATGCCCGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTTCCCCTATGCC > 1:2288017/1‑100 CGACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGGGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTTCCCCTATGCCGAAAATCA > 1:2144897/1‑100 ACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTTCCCCTATGCCGAAAATCAGG < 1:3196620/100‑1 ACTGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTTCCCCTATGCCGAAAATCAGG < 1:3080822/100‑1 TGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTTCCCCTATGCCGAAAATCAGGGC < 2:3191970/100‑1 TGAATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTTCCCCTATGCCGAAAATCAGGG < 1:80374/99‑1 TTACCTGCGAACCTAGCAAGTATCGGTGGTATTGCTATCTGGGGTTGGATTATCTCTATTATTGGTGCAATGTCGCTGGCGTATGTATATGCCCGACTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/4359950‑4359852 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATACCACAACCGGGCGCTTTTGCTGGTCAAAGGCGGCTGCGCGGTAAATTGCCGCTATTGCTTCCGTCGTCACTTCCCCTATGCCGAAAATCAGGGC < NC_000913/4375338‑4375241 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |