| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2232735 | NA (NA) | 8 (0.060) | 7/166 | NT | NA | intergenic (+7/‑143) | cdd/sanA | cytidine/deoxycytidine deaminase/DUF218 superfamily vancomycin high temperature exclusion protein |
| ? | NC_000913 | = 2232765 | NA (NA) | noncoding (30/34 nt) | REP155 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP155 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
AAAGCCGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGG > NC_000913/2232636‑2232834 | aaGCCTATGCGGCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTTTCGGCTGTCACAGTATCGAGCGAGGGCTTCCCGCTTAAGCCAGGTg < 1:1749082‑M1/100‑2 (MQ=255) gCCGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTgcc > 2:3748390‑M1/1‑97 (MQ=255) ccGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTgccg < 2:1470115‑M1/100‑5 (MQ=255) cGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTgccgg < 1:1632372‑M1/100‑6 (MQ=255) gATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTgccgga < 2:1684455‑M1/100‑7 (MQ=255) aTGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGAt < 1:1240950/100‑1 (MQ=255) cgcCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATgcg > 1:1392160/1‑100 (MQ=255) cgcCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATgcg > 1:3358303/1‑100 (MQ=255) cgcCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATgcg > 1:2939101/1‑100 (MQ=255) gcCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATgcgg < 1:3606536/100‑1 (MQ=255) ccGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATgcggc < 2:898182/100‑1 (MQ=255) ccGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATgcggc < 2:2175664/100‑1 (MQ=255) ccGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATgcggc < 2:1554186/100‑1 (MQ=255) cGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTAGCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATgcggcg < 1:1478458/100‑1 (MQ=255) gTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCAGAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGt < 1:990686/100‑1 (MQ=255) gTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGt > 1:1854284/1‑100 (MQ=255) gATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGaa > 2:2931998/1‑100 (MQ=255) aTTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAAc < 2:3747899/100‑1 (MQ=255) aTTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAAc > 2:2112288/1‑100 (MQ=255) ttCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACCGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAATCCTGGTCCCGGATGCGGCGTGAAc > 1:1384357/1‑99 (MQ=255) ttCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACg < 2:2674220/100‑1 (MQ=255) ttCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACg > 1:772534/1‑100 (MQ=255) cAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGcc < 2:3214167/100‑1 (MQ=255) cAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGcc < 2:3214189/100‑1 (MQ=255) aGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCt < 1:3167201/100‑1 (MQ=255) ggATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTC > 1:3469593‑M2/1‑100 (MQ=255) ggATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTC > 1:3195630‑M2/1‑100 (MQ=255) gATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCATAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTC > 2:101406‑M2/1‑99 (MQ=255) aTGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCG < 2:3640169‑M2/100‑1 (MQ=255) gCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTgccggacaaggcgttcacgccgcatccggc < 1:1831128‑M1/100‑31 (MQ=255) gCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGC > 2:2820670‑M2/1‑100 (MQ=255) ccACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTgccggacaaggcgttcacgccgcatccggca < 2:3630485‑M1/100‑32 (MQ=255) ccACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTgccggacaaggcgttcacgccgcatccggca < 1:447471‑M1/100‑32 (MQ=255) ccACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCt > 1:1721305/1‑100 (MQ=255) cTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTgccggacaaggcgttcacgccgcatccggcaccag < 2:2565687‑M1/100‑36 (MQ=255) cTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGcc < 2:2014931/100‑1 (MQ=255) cTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGcc < 1:2615786/100‑1 (MQ=255) tCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTgccggacaaggcgttcacgccgcatccggcaccagg < 1:3807645‑M1/100‑37 (MQ=255) cGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGc < 1:545034/100‑1 (MQ=255) gCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGcc < 2:2351543/100‑1 (MQ=255) gatctcTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGccc < 1:488615/95‑1 (MQ=255) aCGCCGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTTCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGccc < 1:3443338/98‑1 (MQ=255) cTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGcccagatc > 2:488622/1‑95 (MQ=255) tGAAAGCTCGCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTcc < 1:513419/99‑1 (MQ=255) gAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTg < 2:1955623/100‑1 (MQ=255) gAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTg < 1:2779947/100‑1 (MQ=255) gAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTg > 1:302977/1‑100 (MQ=255) aaaGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTgg < 2:2106685/100‑1 (MQ=255) aaaGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTgg < 2:3763552/100‑1 (MQ=255) aaGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGgt > 2:1366112/1‑100 (MQ=255) aGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGgtg < 2:2636736/100‑1 (MQ=255) ctcGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGa < 2:381418/100‑1 (MQ=255) tcGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGaa < 2:3140859/100‑1 (MQ=255) tcGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAAAGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGaa < 1:2057679/100‑1 (MQ=255) cggcggTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGCTGCCTGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCg < 1:1062458/97‑1 (MQ=255) gCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAAtt > 1:325027/1‑100 (MQ=255) gCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAAtt > 2:2993701/1‑100 (MQ=255) cTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTc > 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2:2523361/1‑100 (MQ=255) gTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGt < 1:2981145/100‑1 (MQ=255) gTGCGTCTCGCTTATGCCTTGTTCCTGATGCGGCGTGACCGGCTTGTCCGGCTTGTCAGCTCTCTCCTTGTGTCGAAATTCCCGGCAAACCGTTTGCCgg < 1:3840059/100‑2 (MQ=255) tGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACTGTTTGCCggg < 2:2311515/100‑3 (MQ=255) tGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACTGTTTGCCggg < 2:740593/100‑3 (MQ=255) gCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACTGTTTGCCggga < 2:490535/100‑4 (MQ=255) gCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGttt < 2:2409984/100‑1 (MQ=255) ttCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCt < 2:1806395/100‑1 (MQ=255) 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1:242797/98‑1 (MQ=255) cTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCa > 1:3416920/1‑100 (MQ=255) aGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAAc < 2:621954/100‑1 (MQ=255) aGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAAc > 2:1197299/1‑100 (MQ=255) gCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAAcc > 1:1081764/1‑100 (MQ=255) cTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCaccaggcttaagcgagaagcactcggtcgatactgtgacagccgagagctttcagcgttgcggag < 2:2565687‑M2/100‑66 (MQ=255) cTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAg > 1:307777/1‑100 (MQ=255) ggTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCaccaggcttaagcgagaagcactcggtcgatactgtgacagccgagagctttcagcgttgcggaggt < 1:2453091‑M2/100‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |