| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2405625 | 81 (0.750) | 14 (0.140) | 8/164 | NT | 15.8% | intergenic (‑553/+78) | nuoA/lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit A/transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
| ? | NC_000913 | = 2405660 | 75 (0.750) | intergenic (‑588/+43) | nuoA/lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit A/transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGG > NC_000913/2405566‑2405759 | ttGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGttttt < 2:807873‑M2/100‑6 (MQ=255)ttGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGttttt > 1:2667280‑M2/1‑95 (MQ=255)ttGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGttttt > 2:712078‑M2/1‑95 (MQ=255) tGAATAATGAATATTTTTGTAATTTCTGCACTATGTGATTAAGGTTTTTTACTAAAAAAAAGTCGCTGTGGTTTAAAACACCTCCAGCGACTCGtttttt < 2:2798343/100‑1 (MQ=255) tGAAAAATGAACAGTTTTGTACTTTCTGCATTATGCGATGAAGTTTTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGTGTTTAAATCACCTCCAGCGGCTCGtttttt < 2:2377222/100‑1 (MQ=255) gAAAAATGAACAGTTTTTTACGTTCTGTACTATGCTATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGtttttta > 1:2078612‑M2/1‑93 (MQ=255) gAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGtttttta > 1:1707196‑M2/1‑93 (MQ=255) aaaaaTGAACAGTTTTGTACGTTCTGCATTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTac < 1:533766/100‑1 (MQ=255) atcaaCAGATTTTTACGTTCTGCAACACCAGATAAAGGAACATTACCCAAAAAAAGCCGCTGGGATTAAACACACCAACAGCGCCTAGTTATTTAAACt > 2:466967/4‑99 (MQ=255) aaCAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTg < 2:682589/100‑1 (MQ=255) aGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtct < 1:651770/100‑1 (MQ=255) gTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtctc < 1:1859398/100‑1 (MQ=255) gTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGACTCGTTTTTTACACTATTGtctc > 1:1997027/1‑100 (MQ=255) gTTTTGTACGTTCAGCACTATGCGATGAAGGGTTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtctc > 1:2041518/1‑100 (MQ=255) ttGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAgg > 2:1775101/1‑100 (MQ=255) gTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGaa < 2:244327/100‑1 (MQ=255) gTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGaa < 2:1145488/100‑1 (MQ=255) cGTTCTGCACTATGCGATTAAGGATTTTTTCTAAAAAAAAGCCTCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATta < 1:1194082/100‑1 (MQ=255) cGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTCCTAAACAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCAAGCGGCACGttttttagtaaaaatccttcatcgcat < 1:792687‑M2/100‑28 (MQ=255) ttttGCACTATGCGATGAAGGATTTTTATTTAAAAAAATACGCTGGTGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatc < 1:242804/97‑1 (MQ=255) ttCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatc < 1:2705397/100‑1 (MQ=255) cTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatcta > 2:2844175/1‑100 (MQ=255) tGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatctat > 1:1459117/1‑100 (MQ=255) gtaCTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatctatc > 2:1370153/3‑100 (MQ=255) gCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAACAAGCCACTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatctatc < 2:2041495/100‑1 (MQ=255) gCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatctatc > 1:1856644/1‑100 (MQ=255) gCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTAGTTTTTTACACTATTATCTCAGGAATtatctatc > 1:347753/1‑100 (MQ=255) gCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACACCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatctatc > 2:2908623/1‑100 (MQ=255) cTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATcgtc > 1:717332/1‑100 (MQ=255) cTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATcgtc > 1:1721215/1‑100 (MQ=255) tGCGATGAAGGATTTTTACGAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATcgtc < 2:887672/97‑1 (MQ=255) cGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCg > 2:2188267/1‑100 (MQ=255) gATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCAGCTGGGGTTTAAAACACCACCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATcgtccg > 2:1291644/1‑96 (MQ=255) aTGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGAt < 2:2596468/100‑1 (MQ=255) gAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTa > 1:842738/1‑100 (MQ=255) aaGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTAc > 2:328288/1‑100 (MQ=255) nggATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTAACGTCCGTCGATTAc > 1:2419434/2‑99 (MQ=255) aGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCATGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACt < 2:202332/100‑1 (MQ=255) gATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCg < 1:328291/100‑1 (MQ=255) gATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAAAACCCCCAGCGGCTCGttttttagtaaaaatccttcatcgcatagtgcagaacgtacaaaactg < 2:759386‑M2/99‑49 (MQ=255) aTTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGttttttaataaaaatccttaatcacaaagtgcagaacataaaaaactgtt < 1:2621440‑M2/100‑51 (MQ=255) aTTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGa > 1:2006225/1‑100 (MQ=255) aTTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGa > 1:1957911/1‑100 (MQ=255) aTTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGa > 1:585931/1‑100 (MQ=255) aTTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGa < 2:2987553/100‑1 (MQ=255) ttttACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGata > 2:2793513/1‑100 (MQ=255) cgatcTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGatat < 2:40910/96‑1 (MQ=255) aCTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACTCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATccc < 2:1296547/100‑1 (MQ=255) aCTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGttttttagtaaaaatcctaaaacacatagtgcagaacgtacaaaactgttcatttt < 1:1100305‑M2/100‑57 (MQ=255) cTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTTtttttagtaaaaatccttcatcgcatagtgcagaacgtacaaaactgttcatttttc < 1:1912760‑M2/100‑58 (MQ=255) cTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCt > 2:320050/1‑100 (MQ=255) cTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCt > 2:2544154/1‑100 (MQ=255) cTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCt > 1:279060/1‑100 (MQ=255) cTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCAat > 1:2445113/1‑94 (MQ=255) tAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCtt > 1:1903214/1‑100 (MQ=255) tAAAAAAAAGCCGCTAGGGTTTAAAACGCCCCCAGCGGCTTGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCTGTCGATTACTCGATATCCCt < 2:576576/99‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTCCGCTGGTGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCtt < 2:2717305/99‑1 (MQ=255) aaaaaaaaGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGatatagatcg > 1:40910/1‑94 (MQ=255) aaaaaaaaGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCttt > 2:2544602/1‑100 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2:2576252/1‑100 (MQ=255) ggTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAatc > 2:173220/1‑100 (MQ=255) ggTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAatc > 1:2225228/1‑100 (MQ=255) gTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAatca > 2:1902253/1‑100 (MQ=255) gTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAatca > 1:2897370/1‑100 (MQ=255) gTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAatca > 1:1092147/1‑100 (MQ=255) aaaaCACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATccc < 1:28304/100‑1 (MQ=255) acacCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCtt > 1:15112/1‑100 (MQ=255) cacCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTc > 2:584680/1‑100 (MQ=255) cacCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTc < 1:1867029/100‑1 (MQ=255) acCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTcc > 2:372918/1‑100 (MQ=255) cccccAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCg > 2:445333/1‑100 (MQ=255) cccAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGa > 2:1215959/1‑100 (MQ=255) ccAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAg < 2:1084658/100‑1 (MQ=255) aGCGGCTCTTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAg < 1:2924178/98‑1 (MQ=255) aGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCa < 1:1902276/100‑1 (MQ=255) gCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACa > 1:588085/1‑100 (MQ=255) tCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGTAATTATTTATCGTCCGTTGATTACTCGATATCTCTTTCAATCTACAATGTATCATCTCATTCCGGAGCAgg < 2:1843115/96‑2 (MQ=255) cGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTg < 2:1721195/100‑1 (MQ=255) gTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTgg < 2:1466574/100‑1 (MQ=255) | TTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGG > NC_000913/2405566‑2405759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |