New junction evidence
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*	?	NC_000913	= 2304590	109 (0.880)	20 (0.180)	9/164	NT	16.6%	noncoding (174/655 nt)	REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences	REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences
	?	NC_000913	= 2304721	NA (NA)					noncoding (305/655 nt)	REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences	REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences

AAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCG  >  NC_000913/2304688‑2304819                                  |                                                                                                   aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCg                                  >  2:1109491/1‑100 (MQ=11) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCg                                  >  1:316934/1‑100 (MQ=11) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCg                                  <  2:2396289/100‑1 (MQ=11)   gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc                                >  2:3307752/1‑100 (MQ=32)   gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc                                <  2:955999/100‑1 (MQ=17)    ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAcn                               <  1:528135/100‑2 (MQ=17)       gTTGCCTGGTGCTACGCTGGCGCGTCGTATGAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAt                              <  1:1066474/98‑1 (MQ=11)       gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc                            <  2:3380113/100‑1 (MQ=33)       gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc                             >  2:1441187/1‑99 (MQ=32)         tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCaa                          <  1:3366911/100‑1 (MQ=35) 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          ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACg                        <  1:2503656/100‑1 (MQ=38)           ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACg                        >  2:1968617/1‑100 (MQ=35)           ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACg                        >  2:347413/1‑100 (MQ=38)             tGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTc                      <  2:1219204/100‑1 (MQ=40)             tGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTc                      >  2:1546928/1‑100 (MQ=38)             tGATGCGACGCTGGCGCGTCCTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAGGCCGCATCCGACATCTAACGTc                      >  1:1677581/1‑100 (MQ=255)              gATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTcc                     <  2:2726456/100‑1 (MQ=40)              gATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTcc                     <  2:2796874/100‑1 (MQ=255)               aTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCg                    <  2:1391487/100‑1 (MQ=255)                tGCGACGGTGACCCGTCTGATCAGGCCTAGACGGCTGTGAAGCGCTCCACGCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGa                   <  1:1851405/100‑1 (MQ=14)                tGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTCAAGTGCTTCACCCCGTTGGTTGGATAAGGCGGCTACGCCGCATCCGACTTCCATCGCCCg                    >  2:915789/1‑99 (MQ=11)                 gCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAg                  >  2:2511615/1‑100 (MQ=255) 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                         gcgcGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGcc                <  1:2972286/93‑1 (MQ=255)                          gcgcGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGcc         <  2:85992/100‑1 (MQ=255)                          gcgcGTCTTATCACGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTAGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGcc         <  1:1622282/100‑1 (MQ=255)                             cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGa      >  1:175277/1‑100 (MQ=17)                             cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGa      <  2:3290870/100‑1 (MQ=255)                              gTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGAt     <  2:124609/100‑1 (MQ=255)                               ttttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTACGTTGGATAAGGCCGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGa      <  1:2140954/96‑1 (MQ=14)                               tCTTTTCAGGCCCCCCCCGCTGTGAGATGCTCCCCCCCGTAGGTTGTATACGGCCGCTACGCCCCATCCGTCATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCtn       <  1:1617727/97‑2 (MQ=255)                               tCTTATCAGGCATACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATg    >  1:1769355/1‑100 (MQ=12)                                cTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTCCGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGc   <  1:1115741/100‑1 (MQ=255)                                cTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGc   <  1:2540506/100‑1 (MQ=255)                                cTTACCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATg    <  1:1958792/99‑1 (MQ=255)                                  tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTGCGCCGCCTCCGACATCCGACGTACGGGCCGGTTGCCTGATGCg  >  1:1345824/1‑99 (MQ=14)                                  |                                                                                                   AAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCG  >  NC_000913/2304688‑2304819

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.