| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2568139 = | NA (NA) | 7 (0.050) | 4/164 | NT | NA | noncoding (1/183 nt) | REP178 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 4 REP sequences | REP178 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 4 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 3231282 = | NA (NA) | noncoding (31/283 nt) | REP231 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 6 REP sequences | REP231 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 6 REP sequences | |||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
ATCCTGTCTACGGCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAATTGCACCGCGCCAC > NC_000913/2568040‑2568237 | aTCCTGTCGACGGCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAACTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTATTTGTTATTTATTg < 2:2567166/100‑1 (MQ=255) tCCTGTATACGGCCGCTATCAGCATAAAGACCATCATGATGTACATGATGATTTCGTTACTTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTg < 1:3322328/99‑1 (MQ=255) cggataaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtaggg > 1:2492565‑M1/99‑100 (MQ=255) ggataaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcaattgccggatgcgacgcttgccgcgtcttatccagcctacgggattgcacatgtagGGc < 1:264664‑M1/3‑1 (MQ=255) ccTGTCTACGGCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGc < 1:615969/100‑1 (MQ=255) gataaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtagGGCg > 1:3776315‑M1/97‑100 (MQ=255) cTGTCTACGGCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCTATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCg < 2:2214364/100‑1 (MQ=255) cTGTCTACGGCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCg < 1:57146/100‑1 (MQ=255) ataaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtagGGCgg < 2:1636628‑M1/5‑1 (MQ=255) ataaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcaattgccggatgcgacgcttgccgcgtcttatccagcctacgggattgcacatgtagGGCgg < 2:353950‑M1/5‑1 (MQ=255) ataaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcaattgccggatgcgacgcttgccgcgtcttatccagcctacgggattgcacatgtagGGCgg < 1:3098516‑M1/5‑1 (MQ=255) ataaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcaattgccggatgcgacgcttgccgcgtcttatccagcctacgggattgcacatgtagGGCgg < 1:1122397‑M1/5‑1 (MQ=255) taaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtagGGCgg > 2:2127242‑M1/95‑99 (MQ=255) taaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtagGGCGGa < 1:3407817‑M1/6‑1 (MQ=255) taaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtagGGCGGa < 2:707419‑M1/6‑1 (MQ=255) taaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcggtttatccggccaggaggcttgcacatgtagGGCGGa < 2:3815476‑M1/6‑1 (MQ=255) aaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtagGGCGGa < 2:3385865‑M1/6‑1 (MQ=255) aaggcgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcaattgccggatgcgacgcttgccgcgtcttatccagcctacgggattgcacatgtagGGCGGAt > 1:2057046‑M1/94‑100 (MQ=255) aagccgttcacgccgcatccgccagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtagGGCGGa > 2:1717179‑M1/94‑99 (MQ=255) cTACGTCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTATTTGTTATTTATTGGCGGATg < 2:3980736/100‑1 (MQ=255) tACGGCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATgc > 1:12139/1‑100 (MQ=255) tACGGCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATgc > 1:1243611/1‑100 (MQ=255) tACGGCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATAGCCTTTACTCCATGTTAGTTGTTATTTATTCGCGGATg > 2:3759067/1‑99 (MQ=255) ncGGCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGGACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCGCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATgcg > 2:2501662/2‑100 (MQ=255) gCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTa > 1:1128186/1‑99 (MQ=255) tATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAAc > 1:2359625/1‑100 (MQ=255) tATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAAc > 1:1344036/1‑100 (MQ=255) cAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:1038206/100‑1 (MQ=255) catccgccagtggcgcggtgcaattgccggatgcgacgcttgccgcgtcttatccagcctacgggattgcacatgtagGGCGGATGCGGCGTAAACGCCt > 2:302815‑M1/79‑100 (MQ=255) aGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCt < 2:11488/100‑1 (MQ=255) aGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCt > 2:2948483/1‑100 (MQ=255) gCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 1:3462086/1‑100 (MQ=255) aTAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 2:1169780/100‑1 (MQ=255) tAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:2859360/1‑100 (MQ=255) cgccagtggcgcggtgcaattgccggatgcgacgcttgccgcgtcttatccagcctacgggattgcacatgtagGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:2538490‑M1/75‑100 (MQ=255) gccagtggcgcggtgcaattgccggatgcgacgcttgccgcgtcttatccagcctacgggattgcacatgtagGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:21535‑M1/74‑100 (MQ=255) gccagtggcgcggtgcaattgccggatgcgacgcttgccgcgtcttatccagcctacgggattgcacatgtagGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:3988133‑M1/74‑100 (MQ=255) aaaGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:3245049/1‑100 (MQ=255) aaaGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:1686179/1‑100 (MQ=255) ccagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtagGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 1:47467‑M1/73‑100 (MQ=255) aaGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:3208043/100‑1 (MQ=255) cagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgtcgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtagGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGc > 1:1696789‑M1/72‑100 (MQ=255) cagtggcgcggtgcagttgccggatgcaacgcttgccgcgttttatccggccaggaggattgcacatgtagGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGc > 1:2035798‑M1/72‑100 (MQ=255) gAACATCATGATTTACATGATGATTTCGTTAATTACCATCACCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTTACGGATGCGGCGTAATCGCCTTAt > 2:2041521/1‑95 (MQ=255) gAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGcc < 1:926236/100‑1 (MQ=255) gAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGcc > 2:539639/1‑100 (MQ=255) gAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGcc < 1:1528885/100‑1 (MQ=37) aaCATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGccc < 2:233609/100‑1 (MQ=255) aaCATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGccc < 2:950965/100‑1 (MQ=255) atcatGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTAc < 1:3182950/100‑1 (MQ=255) atcatGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTAc > 1:247775/1‑100 (MQ=255) tcatGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCTTTATCCGCCCTACa > 1:1591832/1‑100 (MQ=255) tcatGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACa < 1:1297186/100‑1 (MQ=255) catGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCGCTGTTAGTTGTTATTTCTTGGCGGATGCTGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTAcct > 2:506652/1‑98 (MQ=38) catGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCAGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGccaataaa < 2:854034/100‑7 (MQ=25) tgatgTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACAtgt > 1:3455185/1‑100 (MQ=255) tgatgTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACAtgt > 1:974504/1‑100 (MQ=255) 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2:2330569/1‑100 (MQ=255) tgTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCa < 1:2092044/100‑1 (MQ=255) tgatgaTTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCg > 2:1852656/1‑100 (MQ=255) gatgatTTCGTTCATTCCCATCGCCTTTACTCTCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGTCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCg < 2:1648685/99‑1 (MQ=255) tttCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCt > 2:44672/1‑100 (MQ=255) tttCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCAGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCt > 2:3108486/1‑100 (MQ=255) ttCGTTAATTCTCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTg > 2:2179362/1‑100 (MQ=255) ttCGTTAATTCCCATCGCCTTCCCTCCCTGTTACTTGTTATTTCTTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTg < 2:343405/100‑1 (MQ=21) 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1:3051775/100‑1 (MQ=255) aCTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGc > 2:515362/1‑100 (MQ=255) aCTCCCTGTTAGTCGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGc > 1:2803975/1‑100 (MQ=255) tCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCa > 2:1575051/1‑99 (MQ=255) cccTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATc > 1:720100/1‑100 (MQ=255) accTGTTAGATGTGATTTATTGGCGGATGCGGCTTAAACGCCTTATTCGCCCTACATGTGCAACCCCGTAGGCTTGATAAGACGCGACAAGCAGCGCATc > 2:3476770/2‑100 (MQ=17) ccTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATcc > 2:3539360/1‑100 (MQ=255) aGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAAt < 2:231058/100‑1 (MQ=255) aGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAAt > 1:4117999/1‑100 (MQ=255) ttgttATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAAtt < 2:2683471/99‑1 (MQ=255) ttgttATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAATTg > 1:1677384/1‑100 (MQ=255) tgttATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGATGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCatttat > 2:4085318/1‑95 (MQ=255) tgttATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCa > 2:1520000/1‑95 (MQ=255) tgttATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAATTGc < 2:3185839/100‑1 (MQ=255) gttATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCTCCCTACATGTGGAAACGCGTAGGCCGGATAAGACGCGGCAAGGGTCGGCTCCGGCAATTGc > 2:4144857/1‑99 (MQ=17) gttATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAATTGCa > 2:1921110/1‑100 (MQ=255) tatttattGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAATTGCAcc > 2:2365990/1‑100 (MQ=255) tatttattGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAATTGCAcc > 1:1288244/1‑100 (MQ=255) tatttattGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAATTGCAcc > 2:1350598/1‑100 (MQ=255) tttattGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAATTGCACcgc > 1:427717/1‑100 (MQ=255) tGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAATTGCACCGCGCCAc < 1:1420248/100‑1 (MQ=255) | ATCCTGTCTACGGCAGCTATCAGCATAAAGAACATCATGATGTACATGATGATTTCGTTAATTCCCATCGCCTTTACTCCCTGTTAGTTGTTATTTATTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACATGTGCAATCCCGTAGGCTGGATAAGACGCGGCAAGCGTCGCATCCGGCAATTGCACCGCGCCAC > NC_000913/2568040‑2568237 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |