| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3313257 = | NA (NA) | 8 (0.060) | 6/166 | NT | NA | noncoding (6/77 nt) | REP242 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP242 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 3313287 = | NA (NA) | noncoding (36/77 nt) | REP242 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP242 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTACG > NC_000913/3313158‑3313356 | tcgaagtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgc < 1:2331135‑M1/1‑1 (MQ=255) cgaagtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgcc < 2:3581001‑M1/2‑1 (MQ=255) gaagtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCt < 1:603898‑M1/3‑1 (MQ=255) gaagtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCt < 2:1235380‑M1/3‑1 (MQ=255) gACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCt < 1:1906471/100‑1 (MQ=255) aCCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTg < 2:3451502/100‑1 (MQ=255) ccAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGa > 1:2232783/1‑100 (MQ=255) agtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGa > 1:3030172‑M1/96‑100 (MQ=255) gtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGAt > 1:17726‑M1/95‑100 (MQ=255) gtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtgtttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGAt > 2:958866‑M1/95‑100 (MQ=255) cAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGAt < 1:33236/100‑1 (MQ=255) aaaTTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTGATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATa < 1:2912607/100‑1 (MQ=255) aaaTTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATa < 1:3433775/100‑1 (MQ=255) aTTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAg < 1:863813/100‑1 (MQ=255) cTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAcg > 1:1238840/1‑100 (MQ=255) ttCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAcgcg < 1:1669380/100‑1 (MQ=255) ttCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAcgcg < 1:3843158/100‑1 (MQ=255) cGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGcc > 2:2422471/1‑100 (MQ=255) cGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGcc < 2:506648/100‑1 (MQ=255) cGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGcc < 2:861438/100‑1 (MQ=255) gCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCa > 2:140215/1‑100 (MQ=255) ccATAATAAATTCTCCTGACAACGAAGGCGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTCATTTCAGGTGCAAGGCCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCa < 2:2936375/99‑1 (MQ=255) cgatctaaTTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCg < 2:3060660/94‑1 (MQ=255) ataataAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCTCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACTCGCCAGCg < 2:1836466/100‑1 (MQ=255) ataataAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCg > 2:943680/1‑100 (MQ=255) aataaATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTc > 1:730001/1‑100 (MQ=255) ataaATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTca < 2:2707913/100‑1 (MQ=255) taaATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcac < 2:277851/100‑1 (MQ=255) aaaTTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca < 1:1006754/100‑1 (MQ=255) aaTTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCgagatcg > 1:3060679/1‑94 (MQ=255) ttaattttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc > 1:3581024/9‑100 (MQ=37) tcCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc < 2:3973848/100‑1 (MQ=255) tcCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc < 1:1585679/100‑1 (MQ=255) tcCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc < 2:2740672/100‑1 (MQ=255) tcCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc < 1:4055612/100‑1 (MQ=255) tcCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc < 1:2372445/100‑1 (MQ=255) gtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc > 2:1243305‑M1/70‑100 (MQ=255) gtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc > 2:2348964‑M1/70‑100 (MQ=255) cTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCaa > 1:3906217/1‑100 (MQ=255) accattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCaa > 1:199720‑M1/68‑100 (MQ=255) tGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGATCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAAt > 2:657688/1‑100 (MQ=255) attttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAAt > 1:1099491/6‑100 (MQ=38) ttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 1:2099226/3‑100 (MQ=38) cAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 1:373607/1‑100 (MQ=255) cAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 1:2865127/1‑100 (MQ=255) cAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 1:3968302/1‑100 (MQ=255) cAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa < 1:1811005/100‑1 (MQ=255) cAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 2:3602899/1‑100 (MQ=255) cAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 1:1165511/1‑100 (MQ=255) cAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAAGTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa < 1:1047577/100‑1 (MQ=255) taaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCAt > 1:3138628/2‑100 (MQ=38) aaaaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATGTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACACCAGGCAAccc < 2:2838211/98‑1 (MQ=255) aaaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATg > 1:2425199/1‑100 (MQ=255) aaaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATg < 2:3310672/100‑1 (MQ=255) aaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGc > 1:672767/1‑100 (MQ=255) aaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGc > 1:2180365/1‑100 (MQ=255) aaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAACATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCATCGTCACATCAGGCAATCCATGcc < 2:595705/100‑1 (MQ=255) ggggCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGGTCACGTTGACCTGATAAAACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGATCCATGCCGGa > 2:746442/1‑100 (MQ=38) 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2:2394498/100‑1 (MQ=255) tGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGt > 1:1234624/1‑100 (MQ=255) gACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCATTCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCGTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTa < 2:1029026/100‑1 (MQ=255) CCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTACg < 1:3279774‑M1/100‑1 (MQ=255) CCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATAGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATAGTa < 1:2558945‑M1/98‑1 (MQ=255) | GCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTACG > NC_000913/3313158‑3313356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |