| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4554508 | NA (NA) | 11 (0.080) | 9/164 | NT | NA | noncoding (4/34 nt) | REP346 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP346 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 4554538 | NA (NA) | noncoding (34/34 nt) | REP346 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP346 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTA > NC_000913/4554409‑4554607 | gTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAg > 2:3720668/1‑100 (MQ=255) tGACCAGTTTTCGTTTTTTTGTCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgc < 1:321158‑M1/100‑3 (MQ=255) gACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCCCCTGTACGTGCCAAATTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTACAATTGCCCGTTGTAGgcc > 2:1579841‑M1/1‑97 (MQ=255) gACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgcc < 2:1777132‑M1/100‑4 (MQ=255) tttCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCCAATGGTATAGTCTGAGATTAACGGGGGCCGTCAAATTGCCCGCTGTACGCCCGATaa > 1:1831799/1‑99 (MQ=255) cGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGc < 1:1416423/99‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCg > 1:3588583/1‑100 (MQ=255) cGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCg > 1:597631/1‑100 (MQ=255) gTTTTTTTGTTCATTTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATGGTTTGAGATTAACGGGGGCGGTAAAATTGCCCGTTGTAGGTCGGATAAgg > 2:2732678/1‑97 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCGGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCg > 1:2099728/1‑99 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGt > 1:3417161/1‑100 (MQ=255) tttttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGtt > 1:2181424/1‑100 (MQ=255) ttttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTc < 2:1027807/100‑1 (MQ=255) ttttttCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTCCTAATGGTATAGTTTGTGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCTGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTc < 1:4103068/99‑1 (MQ=255) tttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGtgaa < 2:2834344/100‑4 (MQ=255) ttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgc < 1:2382148/100‑1 (MQ=255) tGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgcc < 1:2737029/100‑1 (MQ=255) cccACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgcctt > 2:1828536‑M1/1‑77 (MQ=255) cccACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccgc > 2:2111446/1‑100 (MQ=255) cccACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccgc > 2:3950383/1‑100 (MQ=255) cccACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccgc > 1:473402/1‑100 (MQ=255) cccACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccgc > 1:2311844/1‑100 (MQ=255) ccTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatcc < 2:2327998‑M1/100‑28 (MQ=255) ccTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCC > 1:2986587‑M2/1‑100 (MQ=255) tGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatccgg < 1:1438755‑M1/100‑30 (MQ=255) tGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGG > 1:68162‑M2/1‑100 (MQ=255) tGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGG < 2:1070590‑M2/100‑1 (MQ=255) tGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGG > 2:1729408‑M2/1‑100 (MQ=255) tGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGG < 1:311732‑M2/100‑1 (MQ=255) gTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGAATCCGGC > 1:3744329‑M2/1‑100 (MQ=255) gTACGTGCCAACGTCCAGTGCGAATTGTATAGTTTGAGATTAACGGTGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatccggc < 2:1666730‑M1/100‑31 (MQ=255) tACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCc > 2:439526‑M2/1‑99 (MQ=255) tACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCa > 1:1959015/1‑100 (MQ=255) gTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaaaa > 2:815278/1‑100 (MQ=255) gTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaaaa > 1:1785036/1‑100 (MQ=255) tGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaaaaa > 2:861663/1‑100 (MQ=255) tGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaaaaa > 1:120204/1‑100 (MQ=255) tGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGAGAAGGCGTGCACGCCGCATCCGGCaaaaa > 2:3086229/1‑100 (MQ=255) tGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGATTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaaaaa > 2:1615689/1‑100 (MQ=255) gCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAAt > 1:2525383/1‑100 (MQ=255) ccAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAAtt > 2:789299/1‑100 (MQ=255) ccAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAAGTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAAtt < 2:1013418/100‑1 (MQ=255) cAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAAttt < 2:162767/100‑1 (MQ=255) cAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGGTCACGCCGCATCCGGCAAAAAtt > 2:3889768/1‑99 (MQ=255) aCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTg > 2:3513994/1‑99 (MQ=255) aCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGa < 1:409428/100‑1 (MQ=255) aCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGa < 1:503442/100‑1 (MQ=255) ttCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGAtt < 2:3763832/100‑1 (MQ=255) tCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTa > 1:2934223/1‑100 (MQ=255) cAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAAc > 2:2575204/1‑100 (MQ=255) cAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAAc > 1:2039628/1‑100 (MQ=255) aGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAAcc < 2:297268/100‑1 (MQ=255) aGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGACCTGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTCATTAAcc < 2:5753/100‑1 (MQ=255) tGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGc < 1:3720692/100‑1 (MQ=255) tGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGc < 1:778533/100‑1 (MQ=255) gCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCa > 1:3936137/1‑100 (MQ=255) gCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCa > 1:1739180/1‑100 (MQ=255) gCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCa < 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taTTAATGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGACCGGATAAGGCTTTTACGCCGCATCCGGCAAAAAATTGATTAACCGCAATTAACGaacacaacac > 2:490255/2‑99 (MQ=25) aTTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCa < 1:1936985/100‑1 (MQ=255) aTTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCa > 2:2492551/1‑100 (MQ=255) aTTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCa < 1:1320837/100‑1 (MQ=255) aaCGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGa > 2:326001/1‑100 (MQ=255) cGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGaaa < 1:3314105/100‑1 (MQ=255) gggggCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAAt < 1:1666480/100‑1 (MQ=255) ggggCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATc < 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aaaaTTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCAcc < 2:3457461/99‑1 (MQ=255) aTTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCctacaacgggcaattttacggcccccgttaatctcaaactataccattagcactgg < 2:1834073‑M2/100‑57 (MQ=255) tGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTgcg < 1:905133/100‑1 (MQ=255) gCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTgcgc > 1:1130126/1‑100 (MQ=255) gCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTgcgc > 1:2856511/1‑100 (MQ=255) gCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTgcgc > 1:1594949/1‑100 (MQ=255) cccGTTGTAGgccggataaggcgttcacgccgcatccggcctacaacgggcaattttacggcccccgttaatctcaaactataccattagcactggaagt > 2:889048‑M1/1‑10 (MQ=255) ccGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCaa < 1:2226622/100‑1 (MQ=255) cGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCaaa > 2:1399742/1‑100 (MQ=255) gTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAg < 1:118560/100‑1 (MQ=255) ttGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGa < 1:2267962/100‑1 (MQ=255) ttGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGa > 1:1230362/1‑100 (MQ=255) ttGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGa > 2:629507/1‑100 (MQ=255) tGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGAc > 1:1268170/1‑100 (MQ=255) tAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCt > 1:4110996/1‑100 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCtt < 2:2436734/100‑1 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCtt < 1:2499015/100‑1 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCtt > 2:2157707/1‑100 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCctacaacgggcaattttacggcccccgttaatctcaaactataccattagcactggaagttggcacgta < 2:870797‑M2/100‑70 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTa > 1:345273/1‑100 (MQ=255) | GTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTA > NC_000913/4554409‑4554607 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |