| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2304696 | NA (NA) | 12 (0.090) | 5/164 | NT | 17.1% | noncoding (280/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 2304728 | 63 (0.450) | noncoding (312/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
GCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAA > NC_000913/2304623‑2304795 | gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACCTCTAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA < 1:3467824‑M2/100‑1 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTACCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA < 1:656524‑M2/100‑1 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA < 1:825046‑M2/100‑1 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > 2:2542948‑M2/1‑100 (MQ=255) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT > 2:2222889‑M2/1‑100 (MQ=255) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT > 2:2321685‑M2/1‑100 (MQ=255) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT > 2:3068669‑M2/1‑100 (MQ=255) tgtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > 2:1522577‑M2/1‑100 (MQ=255) tgtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > 1:2996302‑M2/1‑100 (MQ=255) tgtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGAGAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGTCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > 1:3420690‑M2/1‑100 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTCTCA < 1:2465963‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:59031‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:1277830‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA > 1:3386389‑M2/1‑100 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG > 1:2772271‑M2/1‑100 (MQ=255) tgAAGTGCGCCTCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG > 2:3203812‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 1:2791666‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:526320‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 2:3111172‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:603976‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 2:2382580‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:3531781‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:2996321‑M2/100‑1 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 1:1871147‑M2/100‑1 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:228519‑M2/1‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:3720021‑M2/1‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 1:3662044‑M2/1‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:3720068‑M2/1‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 1:3271404‑M2/100‑1 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:2130955‑M2/1‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:3160348‑M2/1‑100 (MQ=255) aGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGcc < 1:3172878‑M2/99‑3 (MQ=255) aGTGCTACACCCCGGAGGTCGGATAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 1:1784844‑M2/1‑99 (MQ=255) gCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCtta < 1:265152‑M2/99‑4 (MQ=255) gCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCcgac < 2:2512098‑M2/100‑5 (MQ=255) gCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTCGCCCTGCTTATCAGGCgt < 1:3112794‑M2/98‑3 (MQ=255) cTCCACCCCGTCGGTCCGCTAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 1:1030236‑M2/1‑95 (MQ=255) cTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 2:2182832‑M2/93‑1 (MQ=255) cTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 1:430765‑M2/93‑1 (MQ=255) ccACCCCGTAGGTGGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTCATGCGACGCTGGCGCGTCTTATaagc < 1:2353376‑M2/92‑5 (MQ=255) cACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 1:514941‑M2/90‑1 (MQ=255) gCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 2:709362‑M2/1‑99 (MQ=255) gCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa < 2:2540618‑M2/100‑2 (MQ=255) gCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 2:1189534‑M2/1‑99 (MQ=255) gCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 2:2247491‑M2/1‑99 (MQ=255) gCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa < 2:887298‑M2/100‑2 (MQ=255) nccaAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCat < 2:1786407‑M2/99‑3 (MQ=255) cccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCat > 2:635972‑M2/1‑98 (MQ=255) ccAGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatc > 2:3324947‑M2/1‑97 (MQ=255) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCTGCGACGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTCACGCCGCatc < 1:3334950‑M2/100‑4 (MQ=255) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatc > 2:3660856‑M2/1‑97 (MQ=255) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatc < 1:1933246‑M2/100‑4 (MQ=255) cgagcCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatcc > 1:120745‑M2/3‑96 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatcc > 2:404289‑M2/1‑96 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatcc < 2:289281‑M2/100‑5 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatcc < 1:3426235‑M2/100‑5 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatc > 1:1496950‑M2/1‑96 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTACACCCCGTAGGGTGGATAAGGCGGTTACGCCGAatcc < 1:766694‑M2/100‑5 (MQ=255) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatccg > 2:325416‑M2/1‑95 (MQ=255) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatccgac < 1:1174670‑M2/100‑8 (MQ=255) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatccgac > 2:2337811‑M2/1‑93 (MQ=255) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa > 2:2040663/1‑100 (MQ=33) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACGGCTGTGAAGTCCTCCACACCGTAGGTTGGAGAAGGCGGTTACGCCCGatccgtcct < 2:1693789‑M2/100‑10 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacgggggggagc < 1:3094677‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagc < 1:2429546‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagc < 2:2974004‑M2/100‑65 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagca < 2:3262393‑M2/100‑66 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgtcagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagca < 2:3329295‑M2/100‑66 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATct > 1:462034/1‑99 (MQ=14) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc > 2:970885/1‑100 (MQ=35) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc > 2:691730/1‑100 (MQ=35) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGGTACGGAGCatccgagagca < 1:293595‑M2/100‑12 (MQ=255) ttGCCTGATGCGACGCTGGCGGGTCTTATCAGGCGTACACCGCTGTGCAGCGCTCCGCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatccgac > 1:3606245‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa < 2:2180659/100‑1 (MQ=35) ttGCCCGATGCGACGCTGGCGCGCCTTATCAGTCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc < 1:765478/98‑1 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGGTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa < 2:2804566/99‑1 (MQ=25) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCaa > 2:510117/1‑100 (MQ=38) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCaa < 2:196591/100‑1 (MQ=38) | GCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAA > NC_000913/2304623‑2304795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |