| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2304696 | NA (NA) | 12 (0.090) | 5/164 | NT | 17.1% | noncoding (280/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 2304728 | 63 (0.450) | noncoding (312/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
AAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGC > NC_000913/2304629‑2304827 | aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 1:1871147‑M2/100‑1 (MQ=255)aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 1:3662044‑M2/1‑100 (MQ=255)aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:228519‑M2/1‑100 (MQ=255)aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:3720021‑M2/1‑100 (MQ=255)aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:3160348‑M2/1‑100 (MQ=255) aGTGCTACACCCCGGAGGTCGGATAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 1:1784844‑M2/1‑99 (MQ=255) gCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCtta < 1:265152‑M2/99‑4 (MQ=255) gCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTCGCCCTGCTTATCAGGCgt < 1:3112794‑M2/98‑3 (MQ=255) cTCCACCCCGTCGGTCCGCTAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 1:1030236‑M2/1‑95 (MQ=255) gCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 2:709362‑M2/1‑99 (MQ=255) gCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 2:1189534‑M2/1‑99 (MQ=255) gCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa < 2:887298‑M2/100‑2 (MQ=255) gCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 2:2247491‑M2/1‑99 (MQ=255) gCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa < 2:2540618‑M2/100‑2 (MQ=255) cccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCat > 2:635972‑M2/1‑98 (MQ=255) ccAGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatc > 2:3324947‑M2/1‑97 (MQ=255) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCTGCGACGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTCACGCCGCatc < 1:3334950‑M2/100‑4 (MQ=255) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatc < 1:1933246‑M2/100‑4 (MQ=255) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatc > 2:3660856‑M2/1‑97 (MQ=255) cgagcCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatcc > 1:120745‑M2/3‑96 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatcc < 2:289281‑M2/100‑5 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatcc > 2:404289‑M2/1‑96 (MQ=255) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatccg > 2:325416‑M2/1‑95 (MQ=255) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa > 2:2040663/1‑100 (MQ=33) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagc < 1:2429546‑M2/100‑65 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGGTACGGAGCatccgagagca < 1:293595‑M2/100‑12 (MQ=255) ttGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa < 2:2180659/100‑1 (MQ=35) ttGCCCGATGCGACGCTGGCGCGCCTTATCAGTCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc < 1:765478/98‑1 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCaa < 2:196591/100‑1 (MQ=38) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCaa > 2:510117/1‑100 (MQ=38) gCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcactt < 2:2435047‑M2/100‑69 (MQ=255) ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttc < 2:452593‑M2/100‑70 (MQ=255) ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttc < 2:1757141‑M2/100‑70 (MQ=255) ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACg > 2:1339865/1‑100 (MQ=35) ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACg < 2:2505602/100‑1 (MQ=38) ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGAGACGCCGCgtccgtcgtctagcg < 1:3767580‑M2/100‑16 (MQ=255) ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTCCTTCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa < 1:814384/97‑1 (MQ=255) cTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACg > 2:2694112/1‑99 (MQ=38) cTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACg > 2:228038/1‑99 (MQ=35) gATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTcc > 2:1497085/1‑100 (MQ=255) aTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTcc < 2:1097556/99‑1 (MQ=40) tGCGACGCTGGCGAGTCTGATCAGGCCTACGCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGa < 1:1403868/100‑1 (MQ=255) gCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTGCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTCACGCCGCatccgacctgcaacgc < 1:3660828‑M2/95‑17 (MQ=255) gCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAg < 2:456103/100‑1 (MQ=255) gCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAg < 2:2678782/100‑1 (MQ=255) gCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCAAg > 1:2130947/1‑100 (MQ=25) cGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGc > 1:3071045/1‑100 (MQ=40) gACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGcc > 2:1800124/1‑100 (MQ=40) aCGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCg < 2:733738/100‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCGTCTTATCACGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGGTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCg < 1:1676368/99‑1 (MQ=255) tGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTg < 2:3253544/100‑1 (MQ=255) tGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTg > 2:2112918/1‑100 (MQ=255) ggCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaagc < 1:2362859‑M2/100‑84 (MQ=255) gcgcGTGTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGGAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGcc < 2:3558290/100‑1 (MQ=255) cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGa > 2:1585437/1‑100 (MQ=40) cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGa > 1:922730/1‑100 (MQ=40) tcggctcaggcagccggcttggccgttggatgtcggatgcggcgtagccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgat > 1:3407197‑M2/6‑11 (MQ=255) tCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATg > 2:3720130/1‑100 (MQ=40) cTTATCAGGCCTACAGCGCTGTGAATTGCTCCCCCCCGTAGGTTGTATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGc < 1:595811/100‑1 (MQ=14) cTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGc > 1:2982514/1‑100 (MQ=40) cTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGc < 2:1781247/100‑1 (MQ=255) ttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCg > 1:2726114/1‑100 (MQ=17) tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGCTGCGa > 2:3420715/1‑100 (MQ=12) tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGa > 2:1013291/1‑100 (MQ=255) aTCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagac < 2:1737001‑M2/100‑94 (MQ=255) aTCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagac > 2:2103896‑M2/1‑7 (MQ=255) aTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGAc > 2:215345/1‑100 (MQ=40) aTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGAc > 2:3365650/1‑100 (MQ=255) tCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacg < 2:277012‑M2/100‑95 (MQ=255) cAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatctgacctacggggtgccgcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgc > 1:3102707‑M2/1‑5 (MQ=255) cAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgc < 2:651006‑M2/100‑96 (MQ=255) cAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataaga < 1:2235208‑M2/97‑93 (MQ=255) cAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGc > 2:1660269/1‑100 (MQ=40) cAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTACACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCGGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGc > 2:2528160/1‑100 (MQ=255) aGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcg > 1:2188555‑M2/1‑4 (MQ=255) aGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcg < 2:3275339‑M2/100‑97 (MQ=255) aGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcg < 2:2870834‑M2/100‑97 (MQ=255) aGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcg < 2:1933253‑M2/100‑97 (MQ=255) aGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcg < 1:3573837‑M2/100‑97 (MQ=255) 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1:368784/1‑99 (MQ=17) ccTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatccaacctacggggtggggcacttcacagcggtgtaggcctgat < 1:37511‑M2/100‑46 (MQ=255) ccTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc > 2:342829/1‑100 (MQ=40) caaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggcgcacttcacagcggtgtaggcctggtaagacgcg < 1:1077423‑M2/97‑97 (MQ=255) caaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgcca < 2:2515043‑M2/100‑100 (MQ=255) caaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgcc < 2:3643650‑M2/99‑99 (MQ=255) caaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcatgataagacgcgcc < 1:1825619‑M2/99‑99 (MQ=255) | AAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGC > NC_000913/2304629‑2304827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |