| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2539608 = | NA (NA) | 12 (0.090) | 7/166 | NT | NA | noncoding (2/36 nt) | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 2539638 = | NA (NA) | noncoding (32/36 nt) | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTC > NC_000913/2539510‑2539706 | ctctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagac > 1:1082861‑M1/100‑100 (MQ=255)cTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGcc > 1:648914/1‑100 (MQ=255) gCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATA‑TCTATCCATAAGTGGTGTTGCCTg > 1:941931/1‑100 (MQ=255) ccGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGa > 1:3360957/1‑100 (MQ=255) ccGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACAATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGa > 1:406189/1‑100 (MQ=255) cGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGAt < 1:3829646/100‑1 (MQ=255) cGTTATCCGG‑CCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATg < 2:1556486/100‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGc < 2:3470839/100‑1 (MQ=255) tATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCATAGTCGTATTGTCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCg < 1:1848309/100‑1 (MQ=255) tATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCg > 2:2108888/1‑100 (MQ=255) tCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTgttgatat > 2:2353809/1‑93 (MQ=255) tCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGAc > 1:3737451/1‑100 (MQ=255) ccGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCCTACGTGGTGTTGCCTGATGCGAc > 2:82625/1‑99 (MQ=255) ggCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCt > 1:931397/1‑100 (MQ=255) ggCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGACTGATGCGACGc < 2:1330442/99‑1 (MQ=255) gCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCtt > 2:2880067/1‑100 (MQ=255) ccccATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTg < 2:54099/100‑1 (MQ=255) cATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTgcgc > 1:1018729/1‑100 (MQ=255) aTTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGcgcg > 2:835990/1‑100 (MQ=255) cGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCt > 1:2368837/1‑100 (MQ=255) cGCTGCAACTTCACCAGAGGAGTATTGACTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCAATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTgcgc > 2:3422110/1‑96 (MQ=255) gCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCtt > 1:1570919/1‑100 (MQ=255) cAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCa < 2:1363584/100‑1 (MQ=255) cAACTTCACCAGAAGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTACCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCa > 2:2409276/1‑100 (MQ=255) agtgaatgttaaacgcccggagtcgcttcccgctatccgtgttttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCa > 1:1975005‑M1/73‑100 (MQ=255) gtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatcccggctttttaatggcaaggtttttaacctgtagaCCTGATGCTTCTCTTGCGCGTCTTATCa > 2:471775‑M1/72‑99 (MQ=255) aCTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAgg > 1:908767/1‑100 (MQ=255) tgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAgg > 2:1156445‑M1/71‑100 (MQ=255) cTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGt > 1:229034/1‑100 (MQ=255) ttCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTc < 1:2399628/100‑1 (MQ=255) ttCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTc > 1:589520/1‑100 (MQ=255) gaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgtgatccggtttttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGt > 1:1350479‑M1/70‑100 (MQ=255) gaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGt > 1:3803874‑M1/70‑100 (MQ=255) cACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTa > 1:1000351/1‑100 (MQ=255) atgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCt > 1:2624611‑M1/68‑100 (MQ=255) aCCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTAc < 1:836000/100‑1 (MQ=255) ccAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACa > 1:2674181/1‑100 (MQ=255) agagGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAgg > 2:1459888/1‑100 (MQ=255) gCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTAc < 1:2536367/100‑1 (MQ=255) cGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCCCTATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTTATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTAc < 2:1719860/99‑1 (MQ=255) aTTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAAc > 2:747180/1‑100 (MQ=255) gCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCtt > 1:3467677/1‑100 (MQ=255) cTATTGTGTGTGCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCCACGCTTGGCCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTAAAAACCttac > 2:2047131/1‑98 (MQ=255) tATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGcc > 2:3132333/1‑100 (MQ=255) tATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCACGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGcc > 1:1500751/1‑100 (MQ=255) aTTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCa < 1:1707870/100‑1 (MQ=255) aTTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCa > 1:2253308/1‑100 (MQ=255) aTTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCa > 2:2970765/1‑100 (MQ=255) ttgtttgtTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCAt < 1:1299433/100‑1 (MQ=255) ttgttCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGATCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTaaa > 1:2796642/1‑100 (MQ=255) tgttCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTaaaa < 1:1529486/100‑1 (MQ=255) ttCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAG < 1:3251537‑M1/100‑1 (MQ=255) tCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGC < 1:1758792‑M1/100‑1 (MQ=255) tCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGC < 2:3669115‑M1/100‑1 (MQ=255) tCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGC < 1:2470001‑M1/100‑1 (MQ=255) tCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCACGTCTACAGTTTACACACCTTGCCATTAAACAGC > 2:302164‑M1/1‑100 (MQ=255) cTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCC > 1:3401667‑M1/1‑100 (MQ=255) cTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCC > 2:3737979‑M1/1‑100 (MQ=255) cTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCC > 1:1047556‑M1/1‑100 (MQ=255) aaTGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCG > 1:332530‑M1/1‑100 (MQ=255) aaTGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCG > 1:1937934‑M1/1‑100 (MQ=255) tgctcttccgatcttctATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGG < 1:1140241‑M1/92‑1 (MQ=255) cTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgc > 2:3838431/1‑100 (MQ=255) cTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgc > 1:2192762/1‑100 (MQ=255) tCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgcg < 1:1459903/100‑1 (MQ=255) cACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg < 2:2465680/100‑1 (MQ=255) cACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg > 2:2458678/1‑100 (MQ=255) cACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg < 1:1398739/100‑1 (MQ=255) cGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGCCGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGa > 1:3456677/1‑100 (MQ=255) cGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCggg < 1:3105179/99‑1 (MQ=255) c‑tctATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGTAgc > 2:12216/1‑99 (MQ=255) tctATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAgcg < 2:3049171/99‑1 (MQ=255) tctATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAgcg > 2:666722/1‑99 (MQ=255) cATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCtccgg < 1:2201011‑M2/100‑6 (MQ=255) aTACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGTGTTTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccggg < 1:54849‑M1/100‑21 (MQ=255) aTACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccggg < 2:1268804‑M1/100‑21 (MQ=255) tACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAACCCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCtccgggc < 2:1580235‑M2/100‑8 (MQ=255) tACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCtccgggc < 2:3383647‑M2/100‑8 (MQ=255) tACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAAACTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGcc > 2:2750575/1‑93 (MQ=255) 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ttGCCTGATGCGACGATTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggctttttaatg < 1:3865060‑M1/100‑31 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggctttttaatgg < 1:959682‑M1/100‑32 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggctttttaatgg < 2:3305317‑M1/100‑32 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggctttttaatgg < 2:2674157‑M1/100‑32 (MQ=255) gCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTc > 1:2974721/1‑100 (MQ=255) CCTGCTGCGACGCTTCCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGCGACGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTc < 2:1822153‑M1/99‑1 (MQ=255) | CTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATC‑TCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTC > NC_000913/2539510‑2539706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |