| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1203950 | 79 (0.570) | 20 (0.160) | 9/160 | NT | 20.5% | coding (129/339 nt) | ymfM | e14 prophage; uncharacterized protein |
| ? | NC_000913 | = 1203962 | 84 (0.670) | coding (141/339 nt) | ymfM | e14 prophage; uncharacterized protein | |||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
GCGCTTCCTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTT > NC_000913/1203864‑1204061 | gcgcTTCCTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGg < 1:3025772‑M2/100‑2 (MQ=255) cgcTTCCTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgc > 2:3722467‑M2/1‑98 (MQ=255) gcTTCCTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgct > 2:1376633‑M2/1‑97 (MQ=255) gcTTCCTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgct < 2:711454‑M2/100‑4 (MQ=255) ttCCTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgt > 2:808093‑M2/1‑95 (MQ=255) ttCCTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgt < 1:200332‑M2/100‑6 (MQ=255) cactccgtagtgatctttgaaccagcggttaacttgtcgcaaaggactgtctccttctgccggttgaaatcACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTggg > 1:2612387‑M1/72‑100 (MQ=255) cTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgtggg > 2:2059595‑M2/1‑92 (MQ=255) cTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgtggg < 2:3112652‑M2/100‑9 (MQ=255) cTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGAGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgtgg < 1:661746‑M2/99‑8 (MQ=255) actccgtagtgatctttgaaccagcggttaacttttcgcaatgtactgtctccttctgccggttgaaatcACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGt > 1:1197412‑M1/71‑100 (MQ=255) ctccgtagtgatctttgaaccagcggttaacttgtcgcaaaggactgtctccttctgccggttgaaatcACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTg > 1:3425111‑M1/70‑100 (MQ=255) aCCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCTGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGAt < 1:3329929/100‑1 (MQ=255) aCCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGAt < 2:1575935/100‑1 (MQ=255) cgtagtgatctttgaaccagcgtttaacttgtcgtaaaggactgtctccttctgccggttgaaatcACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGAt > 1:1303494‑M1/67‑99 (MQ=255) tattgatctttgaaccagcggttaacttttcgcaaagtactgtctccttctgtcggttgaaatcACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGAt > 2:2530926‑M1/65‑97 (MQ=255) ggTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGACTGTGGGTGATTTCa < 1:2550795/100‑1 (MQ=255) agtgatctttgaaccagcggttaacttgtcgcaaaggactgtctccttctgccggttgaaatcACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCa > 2:19154‑M1/64‑100 (MQ=255) gTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCaa < 1:3661475/100‑1 (MQ=255) tGGAAAGGGGAAGCTGGAATTTTGCTAGGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAATCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGAttt < 2:304390/96‑1 (MQ=255) tGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGTGCTGTGTGTGATTTCAAc > 1:3704013/1‑100 (MQ=255) tGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAAc < 1:3251282/100‑1 (MQ=255) ggAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAAcc < 1:311211/100‑1 (MQ=255) ggAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAAcc > 2:2832723/1‑100 (MQ=255) ggAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAAcc < 1:3381538/100‑1 (MQ=255) ggAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAAACCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAAcc > 2:1527870/1‑100 (MQ=255) aaaaGCGCAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCgg > 2:746130/1‑100 (MQ=255) aaaaGCGAAGGTGGAATATTGCAATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCg < 2:3308901/99‑1 (MQ=255) aaaGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGc < 1:2497160/100‑1 (MQ=255) aaaGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAAGATACCAGGGGACAGGGAAATTGTAACGCACAGCTGTGCAGAGTGGGCTGTGGGGGAGTTCAACCg > 2:3272771/1‑98 (MQ=255) gCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGa > 1:447461/1‑100 (MQ=255) cGAAGTTTGAATATTGCTATGCAATGAATATACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCGACAGATTTGAAGAGTGGACTGTGGATGATTTGAACCGGCAGaa > 2:1529811/1‑100 (MQ=255) cGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGaa > 1:2059133/1‑100 (MQ=255) ggTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGgag < 1:3154442/100‑1 (MQ=255) ggTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGga > 1:3489336/1‑99 (MQ=255) atatTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTc > 1:2231059/1‑100 (MQ=255) ttcctattgaGTTAATGTTCCAGGTGACAGGTAAATTTTAACCCACGGCTTTGCTGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAATCGGCAGAAGGAGACAGTcc < 2:3648150/89‑1 (MQ=255) cTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCAGAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGc < 2:2582219/100‑1 (MQ=255) cTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGc < 2:762335/100‑1 (MQ=255) cTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGc < 2:3013052/100‑1 (MQ=255) tATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAATCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCg < 1:1448826/100‑1 (MQ=255) aTGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGa > 2:396209/1‑100 (MQ=255) aTGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGa > 1:3246610/1‑100 (MQ=255) aGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCATAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAg < 2:368544/100‑1 (MQ=255) aGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAg > 2:2754609/1‑100 (MQ=255) tACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGc > 2:1288713/1‑100 (MQ=255) aCCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCt > 2:930074/1‑100 (MQ=255) ccAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTg > 1:1828724/1‑100 (MQ=255) tGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCa > 1:3882345/1‑100 (MQ=255) gACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGAAAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGATCaa > 2:3470894/1‑100 (MQ=255) cAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGTTTTGGCTGTGGGTTATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAg < 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ggAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATc < 1:3159408/100‑1 (MQ=255) gAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTTATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCa < 1:1086820/100‑1 (MQ=255) gAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCa < 2:200327/100‑1 (MQ=255) gAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCa < 2:2301389/100‑1 (MQ=255) gAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCa > 2:3453307/1‑100 (MQ=255) aaaTTGTAACTCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTTATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCAc < 1:569053/100‑1 (MQ=255) aaaTTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgtgggttacactttccctgtcacctggtacattcactgcatagcaatattccaccttcgcttttccac < 1:1562104‑M2/100‑72 (MQ=255) aaaTTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgtgggttacaatttccctgtcacctggtacattcactgcatagcaatattccaccttcgcttttccac < 1:2744344‑M2/100‑72 (MQ=255) aaaTTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgtgggttacaatttccctgtcacctggtacattcactgcatagcaatattccaccttcgcttttccac < 2:2468593‑M2/100‑72 (MQ=255) aaaTTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCAc < 1:861629/100‑1 (MQ=255) aTTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgtgggttacaatttccctgtcacctggtacattcactgcatagcaatattccaccttcgcttttccaccc < 2:1058955‑M2/100‑74 (MQ=255) gTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACgg < 1:2689664/100‑1 (MQ=255) aaCCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgtgggttacaatttccctgtcacctggtacattcactgcatagcaatattccaccttcgcttttccacccggtac < 1:271984‑M2/100‑79 (MQ=255) aCCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgtgggttacaatttccctgtcacctggtacattcactgcatagcaatattccaccttcgcttttccacccggtaca < 1:592253‑M2/100‑80 (MQ=255) aCCCACAGCTTTGCAGAGTGGgctgtgggttacaatttccctgtcacctggtacattcactgcatagcaatattccaccttcgcttttccacccggtaca < 2:2434285‑M2/100‑80 (MQ=255) 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GCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTc > 1:847053‑M1/1‑100 (MQ=255) GCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTc < 1:1449334‑M1/100‑1 (MQ=255) CTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCa > 1:1015261‑M1/1‑100 (MQ=255) tttGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGTGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCag < 1:2596036/100‑1 (MQ=255) tttGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTTGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCag < 2:1516927/100‑1 (MQ=255) tttGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCag > 1:3817042/1‑100 (MQ=255) tttGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCag < 2:1516908/100‑1 (MQ=255) agagTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCa < 1:3328844/100‑1 (MQ=255) gagTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTctt < 1:2658575/100‑3 (MQ=255) gagTGGGCTGTGGGTGATTCCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCCACAAGCTAACCGCTGGTTCAAAGATCCCTACGGAGTGCCCGTCAGAGCCAt > 2:3554546/1‑100 (MQ=255) agTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCAtt < 1:2953186/100‑1 (MQ=255) agTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCAtt > 2:227131/1‑100 (MQ=255) gagggCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTc > 1:3638546/3‑100 (MQ=255) | GCGCTTCCTGTACCGGGTGGAAAAGCGAAGGTGGAATATTGCTATGCAGTGAATGTACCAGGTGACAGGGAAATTGTAACCCACAGCTTTGCAGAGTGGGCTGTGGGTGATTTCAACCGGCAGAAGGAGACAGTCCTTTGCGACAAGTTAACCGCTGGTTCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTT > NC_000913/1203864‑1204061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |