| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3344992 = | 81 (0.880) | 13 (0.160) | 7/158 | NT | 16.5% | coding (276/1434 nt) | rpoN | RNA polymerase, sigma 54 (sigma N) factor |
| ? | NC_000913 | 3345024 = | 60 (0.740) | coding (308/1434 nt) | rpoN | RNA polymerase, sigma 54 (sigma N) factor | |||||
AACCTGCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3345100‑3344992‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accagcggtgACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTTTCCG > NC_000913/3345024‑3345119 AACCTGCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTA < 1:2319704/100‑1 ACCTGCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTAC > 2:239749/1‑100 CCTGCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTATTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACC < 2:1573860/100‑1 CCTGCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACC < 2:2070013/100‑1 CCTGCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACC < 2:327714/100‑1 CTGCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCA > 2:1456678/1‑100 TGCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAG > 1:1227376/1‑100 TGCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAG > 1:1227251/1‑100 GCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGC < 1:1292360/100‑1 CCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCG < 1:550495/100‑1 CACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGG < 2:1890054/100‑1 CACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGG > 2:586139/1‑100 ACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGT < 1:698486/100‑1 CATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTG < 1:1579473/100‑1 GTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTAGATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTGGC > 1:2573028/1‑100 GTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGA > 2:771088/1‑100 TCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGAT < 1:771085/100‑1 CACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATG > 1:1841679/1‑100 CACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATG > 2:2120488/1‑100 CACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATG > 1:3080/1‑100 CCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTG > 1:397550/1‑100 CCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTG > 2:84133/1‑100 CCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTG > 1:2096506/1‑100 CCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTG > 2:14322/1‑100 GCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGC > 1:187030/1‑100 GCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGC > 2:1081786/1‑100 GCCGGATGGTGTACCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTG > 1:2431259/1‑100 ggccCCAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACAC < 1:2128635/96‑1 CAGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTT < 1:129217/100‑1 AGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTTT > 2:1531970/1‑100 AGCGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTTT > 1:1400659/1‑100 CGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTTTCC < 2:1281218/100‑1 CGGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAAGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTTTCC > 1:660674/1‑100 GGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTTTCCG > 2:1451294/1‑100 GGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTTTCCG > 2:1451293/1‑100 GGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTTTCCG < 2:1679961/100‑1 GGTGACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTTTCCG > 2:726786/1‑100 AACCTGCCACATCAGGTAATCCTGCAAGGTCTGCGTCGTTTCGCCCTGGTAGACCGGCAGCTCGTCGTCAATGTAGTCACCGCTGGTGCCGGATGGTGTACCAGCGGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3345100‑3344992‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accagcggtgACTACATTGACGACGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGGTTGAGCTGACACCGTTTTCCG > NC_000913/3345024‑3345119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |