| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 2151691 | NA (NA) | noncoding (18/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAA > NC_000913/2151584‑2151782 | cTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAt > 1:597354/1‑100 (MQ=255) cTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAt < 1:1255894/100‑1 (MQ=255) tttATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAtt < 2:2350727/100‑1 (MQ=255) ttATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGCAttg > 1:749567/1‑100 (MQ=255) ttATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAttg > 1:1059397/1‑100 (MQ=255) tATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAttgt > 2:2301824/1‑100 (MQ=255) ggTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATtgttgta > 1:1027109/1‑99 (MQ=255) tCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCtt < 2:1346884‑M2/100‑3 (MQ=255) cACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCttc < 2:378810‑M2/100‑4 (MQ=255) cACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCttc < 2:1616501‑M2/100‑4 (MQ=255) cTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGAAAAATTAGTTGGCTGAGCAGCCGTTATAGTTATTGTTTAAGCTGGCGGTTGGATTGTTGTCTTCatc < 1:2358696/100‑3 (MQ=255) tagccAAAAGAAGAAGCGGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGACGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTc < 1:534358/93‑1 (MQ=255) tATCCAAAAAAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCttcaacc > 2:486186‑M2/1‑93 (MQ=255) aTCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAgacaacaattcaaccg < 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cAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTGATTGATTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCttcaaccgcca < 2:53441‑M2/100‑12 (MQ=255) cAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGATCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAgacaacaattcaaccgcca < 2:2469186‑M1/100‑20 (MQ=255) aaaGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATg < 1:1526622/100‑1 (MQ=255) aaaGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTGCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAgacaacaattcaaccgccagt < 1:690760‑M1/100‑22 (MQ=255) agaagaagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAgacaacaattcaaccgccagttt < 1:26402‑M1/100‑24 (MQ=255) gaagaagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATgaga > 2:335673/1‑100 (MQ=255) agaagCCGACGATCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAgacaacaattcaaccgccagtttaaa < 1:1443820‑M1/100‑27 (MQ=255) agaagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGaaa > 1:2392277/1‑100 (MQ=255) gaagCCGACGAGCTAATAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAgacaacaattcaaccgccagtttaaac < 1:353738‑M1/100‑28 (MQ=255) aagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAact > 1:695008/1‑100 (MQ=255) gCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACGGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAactc < 1:27379/99‑1 (MQ=255) ccGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAactcac > 2:1649796/1‑100 (MQ=255) gacgaGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAactcactc < 1:310991/100‑1 (MQ=255) aGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAACTCACTCTGcc > 2:1965485/1‑100 (MQ=255) aGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAACTCACTCTGcc < 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |