| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3313257 = | NA (NA) | 7 (0.080) | 4/166 | NT | NA | noncoding (6/77 nt) | REP242 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP242 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 3313287 = | NA (NA) | noncoding (36/77 nt) | REP242 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP242 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTAC > NC_000913/3313158‑3313355 | tcgaagtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgc > 2:1270889‑M1/100‑100 (MQ=255) cgaagtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgcc > 2:1891994‑M1/99‑100 (MQ=255) cGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAGAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGAcc < 1:528810/100‑1 (MQ=255) tccgatctcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCt > 2:172460‑M1/98‑100 (MQ=255) gaagtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCt < 2:1724089‑M1/3‑1 (MQ=255) ccAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGa > 2:1465207/1‑100 (MQ=255) agtattcgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGa > 2:1308939‑M1/96‑100 (MQ=255) cAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGAt > 1:255647/1‑100 (MQ=255) cAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGAt < 2:189516/100‑1 (MQ=255) cAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGAt > 1:546694/1‑100 (MQ=255) cAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGAt > 2:2542405/1‑100 (MQ=255) aaTTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATaa < 1:2563289/100‑1 (MQ=255) aTTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAg > 2:668018/1‑100 (MQ=255) tCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAc < 1:1249843/100‑1 (MQ=255) cgaaatcatcgagatccaacgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgcctagatcgga < 1:172459‑M1/11‑9 (MQ=255) cTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAcg < 1:1077457/100‑1 (MQ=255) cTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAcg < 1:1807147/100‑1 (MQ=255) gCCATAATAAATTCTTCTGAAAAAAAAGAGGCTATTAGCCCCTTTGTAATATTAATTTCAGGTGGAAGGTCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAAgcgc > 1:581544/1‑98 (MQ=255) cATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGc < 2:292286/100‑1 (MQ=255) ataataAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCATGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCg < 2:157710/100‑1 (MQ=255) aataaATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTAAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACACGCCCGCGt > 1:2143961/1‑99 (MQ=255) aataaATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCATTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTc > 2:1667691/1‑100 (MQ=255) aaaTTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca < 2:742793/100‑1 (MQ=255) aaTTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACAt < 1:163451/100‑1 (MQ=255) tctcCTGAC‑AAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAgg < 2:661010/100‑1 (MQ=255) acgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGATGTGACGCGCCAGCGTCACATCAg > 2:1969809‑M1/72‑100 (MQ=255) acgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGATGTGACGCGCCAGCGTCACATCAg > 1:386921‑M1/72‑100 (MQ=255) acgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCa > 1:126119‑M1/72‑99 (MQ=255) cgtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAgg > 1:1685951‑M1/71‑100 (MQ=255) attaattttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAgg > 2:2588236/10‑100 (MQ=37) ttaattttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAAATAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGGGTCACATCa > 1:1385118/9‑97 (MQ=25) tcCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc < 2:1676201/100‑1 (MQ=255) tcCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc < 1:1039698/100‑1 (MQ=255) tcCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc < 1:2400257/100‑1 (MQ=255) gtatcattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc > 1:762754‑M1/70‑100 (MQ=255) gtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc > 2:1901174‑M1/70‑100 (MQ=255) gtaccattgcttaaggtttttagggttccatgcgggataaggcgtttacgctgcatccggcatggattgCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc > 2:1011659‑M1/70‑100 (MQ=255) ccTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCa < 1:99023/100‑1 (MQ=255) tGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCa > 1:783018/1‑98 (MQ=255) tGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAAt < 2:2048781/100‑1 (MQ=255) tGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAAt > 1:2086355/1‑100 (MQ=255) attttaaaaaGGGGCTAACAGCCCTTTTTTAAAATTAATTTCAGGAGGAAGGGCTCTTCACGTTGACCTAATACGACGCGACAGGGTCACTTCAGGc > 1:1274174/6‑97 (MQ=19) attttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAAt > 2:1492088/6‑100 (MQ=38) attttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAAt > 1:653208/6‑100 (MQ=38) ttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTGACCTCAGGCAATc > 1:1275020/3‑98 (MQ=38) ttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 2:1959473/3‑100 (MQ=38) ttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 2:1426571/3‑100 (MQ=38) cAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 1:1191675/1‑100 (MQ=255) cAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 2:1851355/1‑100 (MQ=255) aaaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATg < 1:2190931/100‑1 (MQ=255) aaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATg > 2:1457827/1‑100 (MQ=39) aaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGc > 1:882841/1‑100 (MQ=38) aGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCgg < 1:1343657/100‑1 (MQ=255) ggggCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGa < 2:1112449/100‑1 (MQ=255) ggggCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATAAGGCAATCCATGACGGa > 1:1287095/1‑100 (MQ=255) gCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGc < 1:363086/100‑1 (MQ=255) gCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGc > 2:1185926/1‑100 (MQ=255) cTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAAGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCa > 2:1824807/1‑100 (MQ=255) 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1:2406473/100‑1 (MQ=255) ttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCt < 2:362120/100‑1 (MQ=255) tttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCtt < 1:452980/100‑1 (MQ=255) tAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTAt > 1:1312726/1‑100 (MQ=255) aaaaTTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATc > 1:718013/1‑100 (MQ=255) aattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCAt < 2:2360718/100‑1 (MQ=255) aattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCAt < 1:2354794/100‑1 (MQ=255) tttCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATgg < 1:2130124/100‑1 (MQ=255) 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2:567543/100‑1 (MQ=255) ttGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATgg > 1:871727/1‑100 (MQ=255) ttGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATgg < 2:1388910/100‑1 (MQ=255) gACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTa < 2:444918/100‑1 (MQ=255) aCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTAc < 1:734554/100‑1 (MQ=255) | GCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTAC > NC_000913/3313158‑3313355 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |