| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1571288 | NA (NA) | 14 (0.160) | 8/172 | NT | 20.3% | coding (758/1401 nt) | gadB | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
| ? | NC_000913 | = 1571318 | 57 (0.620) | coding (728/1401 nt) | gadB | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent | |||||
ATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACG > NC_000913/1571221‑1571416 | aTGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGT < 1:1958221‑M2/98‑1 (MQ=255) gATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTtcgtcgccccggatatc < 2:2256297‑M2/100‑18 (MQ=255) cgcgGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCACCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttcc < 1:779436‑M2/100‑31 (MQ=255) ggCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCgg > 2:1155855/1‑100 (MQ=33) ggCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCgg < 1:1565196/100‑1 (MQ=32) cAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGcc > 2:2336360/1‑100 (MQ=33) ggCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTg < 1:1473715/100‑1 (MQ=33) ggCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTg > 1:2442007/1‑100 (MQ=33) ggCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTg < 2:1341538/100‑1 (MQ=33) ggCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTg > 1:441346/1‑100 (MQ=32) gCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTgg < 2:949597/100‑1 (MQ=33) cGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGa > 2:62266/1‑100 (MQ=33) ggAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGaa > 2:1970479/1‑100 (MQ=33) gAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAAt < 2:1221486/100‑1 (MQ=33) aaGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAAtt < 2:2499003/100‑1 (MQ=33) aGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAAttt < 2:670853/100‑1 (MQ=33) aGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAAttt > 1:2496863/1‑100 (MQ=33) gTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTa > 1:1231010/1‑100 (MQ=32) cccAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATc > 1:729338/1‑100 (MQ=33) cccAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATc > 1:58278/1‑100 (MQ=33) cccAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATc > 2:2093172/1‑100 (MQ=33) ccAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATcc < 2:1419582/100‑1 (MQ=33) ccAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATcc < 1:2011756/100‑1 (MQ=33) ccAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGGATCGGCCTGGAATTTATcc < 1:2490785/100‑1 (MQ=17) aGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAg < 1:1957320/100‑1 (MQ=33) aGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAg > 1:428931/1‑100 (MQ=32) gACGATAACCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgc < 2:1679997/100‑1 (MQ=17) cGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgcgc > 1:2542878/1‑100 (MQ=32) gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttc < 1:1718132‑M2/100‑62 (MQ=255) cgacgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCgg < 1:2107558/100‑1 (MQ=33) nacgaaCGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgtaatcgatcagtgcttcaggc < 1:259635‑M2/99‑66 (MQ=255) acggacggTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGt < 1:699188/99‑1 (MQ=17) acgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggcc < 1:1692284‑M2/100‑67 (MQ=255) acgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggcc < 2:1613213‑M2/100‑67 (MQ=255) cgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCgg > 1:1326729/1‑97 (MQ=33) gaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCAGGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTtg < 2:1371231/99‑1 (MQ=18) aaCGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccata < 2:2589912‑M2/100‑70 (MQ=255) aaCGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccata < 1:1873431‑M2/100‑70 (MQ=255) aaCGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCACCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccata < 1:1041535‑M2/100‑70 (MQ=255) aaCGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCACCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccata < 2:1536759‑M2/100‑70 (MQ=255) aCGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGTGGTTGTgg < 1:410755/100‑1 (MQ=17) aCGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCACCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccata < 2:1150503‑M2/99‑70 (MQ=255) cGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTggg < 2:1917267/100‑1 (MQ=33) ggTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGa > 2:1723414/1‑100 (MQ=33) ggTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCACCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccataaat < 2:2168980‑M2/100‑73 (MQ=255) gTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCACCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccataaatt < 1:2555542‑M2/100‑74 (MQ=255) gTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCACCGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccataaat < 1:2114988‑M2/99‑73 (MQ=255) tGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAAc < 1:1723405/100‑1 (MQ=33) tGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAAc < 1:1744425/100‑1 (MQ=33) gCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACt < 2:150777/100‑1 (MQ=33) ccAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTc > 2:1848687/1‑100 (MQ=33) cAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCa > 2:1476087/1‑100 (MQ=33) cAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCa > 1:2241994/1‑100 (MQ=33) aGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCAt < 2:1470542/100‑1 (MQ=33) gAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAg < 1:469713/100‑1 (MQ=33) gAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCAGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAg < 2:2021984/100‑1 (MQ=17) aGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGtt < 1:759431/100‑1 (MQ=33) aGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGt < 1:971692/99‑1 (MQ=33) cACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTAcc > 1:623277/1‑100 (MQ=32) cACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTAcc < 1:1339989/100‑1 (MQ=32) ccGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAg < 1:753039/100‑1 (MQ=35) ccGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAg < 1:2372184/100‑1 (MQ=35) ccGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAg < 1:1848677/100‑1 (MQ=35) cTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGTTGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCTCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAgtn < 1:1591956/99‑2 (MQ=255) cTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAgtgt < 2:322288/100‑1 (MQ=38) tGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGGATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTa > 1:1934496/1‑100 (MQ=25) ggCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAg < 1:1222439/100‑1 (MQ=38) ggCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGGCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTa < 2:2440000/99‑1 (MQ=255) gCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAgg < 2:2119470/100‑1 (MQ=38) gCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAgg < 1:1784016/100‑1 (MQ=38) gCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAg > 2:1840914/1‑99 (MQ=38) gCAGCGTCGATGGGCATGTCGATGGCGATGCCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAgtgt < 1:565452/97‑1 (MQ=255) agtgTCGATGTGCATGTCGTTGTCGATACTGGTATCGTCCTGGAATTTATTCAGTGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAgg < 1:782263/95‑1 (MQ=11) aGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTc > 1:1159288/1‑100 (MQ=35) aGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTc < 1:181007/100‑1 (MQ=38) aGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTc < 1:82793/100‑1 (MQ=38) gCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCa > 1:531519/1‑100 (MQ=38) cGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccataaattcggtctggctccgctgggctgcgg > 1:1709947‑M2/1‑3 (MQ=255) cGTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccataaattcggtctggctccgctgggctgcgg > 1:1915418‑M2/1‑3 (MQ=255) cGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGTCCTGGAATGGATCCAGCGCATCTTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGGAGGTCAc > 1:860042/1‑100 (MQ=11) cGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCa > 1:692991/1‑99 (MQ=35) gTtcgtcgccccggatatcgtctgggacttccgcctgccgcgtgtgaaatcgatcagtgcttcaggccataaattcggtctggctccgctgggctgcggc > 1:162599‑M2/1‑2 (MQ=255) gTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACg < 1:662855/100‑1 (MQ=38) | ATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACG > NC_000913/1571221‑1571416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |