| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3471115 | 24 (0.260) | 8 (0.090) | 8/168 | NT | 19.6% | coding (215/1185 nt) | tufA | translation elongation factor EF‑Tu 1 |
| ? | NC_000913 | 4176196 = | 43 (0.500) | coding (253/1185 nt) | tufB | translation elongation factor EF‑Tu 2 | |||||
AAGAAAAAGCTCGTGGTATCACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTG > NC_000913/4176107‑4176295 | aacaaataGCTCGTGGTATCACCACCAACAGGTCTCACGTTTAATACCACACCCCGACCCGTCACGACGCACTCGTAGACTGCCCGGGGCACGCCg < 1:2209535/93‑1 (MQ=1) cacTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTgcg < 1:1168279/100‑1 (MQ=11) cTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACACACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCa > 1:1593762/1‑100 (MQ=17) ttCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAg < 1:934467/100‑1 (MQ=32) ctcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGAt < 2:1417928/100‑1 (MQ=33) ctcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGAt > 2:704939/1‑100 (MQ=33) ctcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGCGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGAt > 1:1352817/1‑100 (MQ=17) aCGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGa > 1:393139/1‑100 (MQ=33) cGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGAc < 2:1835676/100‑1 (MQ=33) cGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGAc > 2:1191285/1‑100 (MQ=32) cGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGAc > 1:165834/1‑100 (MQ=33) tGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGgc < 2:1607296/100‑1 (MQ=33) aaTACGACACCCCGCCCCGTCACTACGCACCCCTAGACTGCCCGGGGCCCGCCGACTCTGTTAACAACATGATCACCGGTGCGGCGCAGATGGACgg > 1:70629/1‑97 (MQ=11) ggcgtgccccgggcagtctacgtgtgcgtagtgacgggtcggggCACGCCGACTATGTTAAAAACATCATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGgcgc > 1:956144‑M2/45‑97 (MQ=255) aCGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGAt > 1:2346460/1‑100 (MQ=32) aCGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGAt < 2:1848894/100‑1 (MQ=33) gcgtgccccgggcagtctacgtgtgcgtagggacgggacggggCACGCCGACTATCTGAAAAACATGAGCACCGGTGCTCCGCAGATGGACGGCCCGATc > 1:1389442‑M2/44‑100 (MQ=255) cGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATc > 2:2279183/1‑100 (MQ=33) acacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCt < 2:2511535/100‑1 (MQ=33) acacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCt < 1:291477/100‑1 (MQ=33) tgccccgggcagtctacgtgtgcgtagtgacgggtcggggCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTg > 1:337805‑M2/41‑100 (MQ=255) cacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTg > 2:2336216/1‑100 (MQ=33) cacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTg < 1:1751204/100‑1 (MQ=33) acCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTgg < 2:1274210/100‑1 (MQ=32) acCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTgg < 2:223367/100‑1 (MQ=33) acCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTgg < 2:1308753/100‑1 (MQ=33) acCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTgg > 2:1976855/1‑100 (MQ=32) ccccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTgg < 1:1893821/99‑1 (MQ=33) gccccgggcagtctacgtgtgcgtagactgcccggggCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGTTa > 1:762117‑M2/38‑100 (MQ=255) cgtgccccgggcagtctacgtgtgcgtagtgacggggCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGt > 2:1942436‑M2/38‑99 (MQ=255) gACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGtt < 1:2349222/100‑1 (MQ=32) ggcagtctacgtgtgcgtagactgcccggggCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgc > 1:2068424‑M2/32‑99 (MQ=255) gTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgctgc > 1:2185143/1‑100 (MQ=33) gTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgctgc < 1:264594/100‑1 (MQ=33) cagtctacgtgtgcgtagactgcccggggCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgctgc > 2:1386432‑M2/30‑100 (MQ=255) cACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCCCCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGa > 1:977598/1‑100 (MQ=18) cACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGa > 1:871739/1‑100 (MQ=33) aCTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGAc < 1:1286436/100‑1 (MQ=33) cTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCCCCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACt > 1:1968104/1‑100 (MQ=17) cTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACt > 1:363200/1‑100 (MQ=33) cTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACt < 1:1570139/100‑1 (MQ=32) aCGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGa > 2:1937067/1‑100 (MQ=33) tgtgcgtagtgacgggtcggggCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGAc > 2:801060‑M2/23‑100 (MQ=255) cGCACACTTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCGGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGAc < 1:1389748/100‑1 (MQ=16) cGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGAc < 2:660109/100‑1 (MQ=33) gCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACg < 2:1586305/100‑1 (MQ=33) acacGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGc < 2:824229/100‑1 (MQ=33) ccgatctcTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAATAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCTACTCACGGccc < 1:1361612/93‑1 (MQ=11) acGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGccc < 1:2016970/100‑1 (MQ=33) gTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGa > 1:1681489/1‑100 (MQ=33) gACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGc < 1:1654677/100‑1 (MQ=33) gACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGc < 1:525131/100‑1 (MQ=33) cTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCg > 1:773661/1‑100 (MQ=33) cTGCCCGCGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGcccagatcgg > 2:1361620/1‑93 (MQ=255) gCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGc < 1:1082080/99‑1 (MQ=33) gCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCa > 2:910684/1‑100 (MQ=33) gccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAg > 1:1024190/2‑100 (MQ=17) cccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCa > 1:698175/1‑99 (MQ=33) ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGa > 2:2010687/1‑100 (MQ=33) ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGa > 2:2339704/1‑100 (MQ=33) ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGa > 1:2189531/1‑100 (MQ=33) ggCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGGGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACACg < 1:2458861‑M2/98‑1 (MQ=255) ggCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCg < 1:704936‑M2/98‑1 (MQ=255) gCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGt < 2:1397661‑M2/99‑1 (MQ=255) gCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGt > 2:67369‑M2/2‑100 (MQ=255) cACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTg < 1:1480324/100‑1 (MQ=33) | AAGAAAAAGCTCGTGGTATCACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTG > NC_000913/4176107‑4176295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |