| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 3754890 = | NA (NA) | noncoding (31/82 nt) | REP270 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP270 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATAAGACGCGTAAGCGTCGCATCAGGCAATGAATACCCAATGCGACCAGCTTCTTATATCAGAACAGCCC > NC_000913/3754791‑3754984 | ttGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGcc < 2:525210/100‑1 (MQ=255)cgcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGcc > 1:1165686‑M1/70‑100 (MQ=255)cgcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGcc > 2:703637‑M1/70‑100 (MQ=255) tGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCt < 1:174170/100‑1 (MQ=255) ggcgtAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTa > 2:166011‑M2/6‑100 (MQ=255) ggcgtAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTa > 2:216628‑M2/6‑100 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cTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAgg > 1:231853/1‑100 (MQ=255) cTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAgg < 1:1425366/100‑1 (MQ=255) tGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGt > 2:2243016/1‑100 (MQ=255) tGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGt < 2:2132477/100‑1 (MQ=255) gggTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGtt > 2:627686/1‑100 (MQ=255) gggTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGtt > 1:899236/1‑100 (MQ=255) gggTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGtt > 2:484256/1‑100 (MQ=255) gggTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGtt > 2:1553731/1‑100 (MQ=255) ggTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGTCCTAC‑GGTCAGGTTc > 1:2316115/1‑100 (MQ=255) ggTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTc > 1:860242/1‑100 (MQ=255) gTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTcc < 1:725505/100‑1 (MQ=255) gTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTcc < 1:1146999/100‑1 (MQ=255) gTTATTGCGCACGTAGATTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTcc > 1:605071/1‑100 (MQ=255) ttATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTccc > 1:115716/1‑100 (MQ=255) aTTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑Gt < 1:481548/100‑1 (MQ=255) tGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAg < 1:1038150/100‑1 (MQ=255) tGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAg > 1:202319/1‑100 (MQ=255) cgcACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGc < 1:126438/100‑1 (MQ=255) cgcACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGc > 1:1384166/1‑100 (MQ=255) cgcACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGc > 2:1165058/1‑100 (MQ=255) gcACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCa < 2:2135354/100‑1 (MQ=255) gcACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCa < 1:1533017/100‑1 (MQ=255) aCGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATg < 1:1846306/100‑1 (MQ=255) cGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGa < 1:886832/100‑1 (MQ=255) tAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATa > 1:1785181/1‑100 (MQ=255) naGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATa > 2:2291282/2‑100 (MQ=255) aGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATaa > 1:138353/1‑100 (MQ=255) ttAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATAAGAcg < 1:2168676/100‑1 (MQ=255) ttAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATAAGAcg > 2:55743/1‑100 (MQ=255) tAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATAAGACGCGTAAGCg > 2:1291623/1‑100 (MQ=255) tAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATAAGACGCGTAAGCg < 2:1223441/100‑1 (MQ=255) tAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATAAGACGCGTAAGCg > 1:342436/1‑100 (MQ=255) aTTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATAAGACGCGTAAGCGTCg > 2:1339634/1‑100 (MQ=255) gTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATAAGACGCGTAAGCGTCGc > 2:898303/1‑98 (MQ=255) tAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTATGCATGATAAGACGCGTAAGCGTCGCATc < 1:1109684/100‑1 (MQ=255) tAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCCC‑‑GTAGGCATGATAAGACGCGTAAGCGTCGCATc < 2:691560/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |