| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2539608 = | NA (NA) | 8 (0.080) | 6/166 | NT | NA | noncoding (2/36 nt) | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 2539638 = | NA (NA) | noncoding (32/36 nt) | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ACTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCA > NC_000913/2539509‑2539707 | ctctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagac < 2:1296827‑M1/1‑1 (MQ=255)ctctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagac < 2:1099974‑M1/1‑1 (MQ=255) tctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagacc > 1:2454904‑M1/99‑100 (MQ=255) tctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagacc > 2:1231647‑M1/99‑100 (MQ=255) tctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagacc < 2:1067305‑M1/2‑1 (MQ=255) tctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaagggttgtaacctgtagacc < 1:1329763‑M1/2‑1 (MQ=255) cTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGcc < 2:2131878/100‑1 (MQ=255) cTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGcc < 1:2034795/100‑1 (MQ=255) cTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGcc < 1:2854751/100‑1 (MQ=255) ctcgcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCt > 2:2831455‑M1/98‑100 (MQ=255) ccGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACTTGGTGTTGCCTGa < 2:1846939/100‑1 (MQ=255) ccGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGa > 2:158029/1‑100 (MQ=255) gcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGAt < 2:531680‑M1/6‑1 (MQ=255) gcacaaagcgcctgataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGAt > 1:2349653‑M1/95‑100 (MQ=255) gcacaaagcgcctcataggttgagtgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaccagat < 2:1975550‑M1/6‑5 (MQ=255) gTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATg < 1:2837475/100‑1 (MQ=255) gTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATg < 1:2750895/100‑1 (MQ=255) gTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATg > 2:74065/1‑100 (MQ=255) gTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATg < 1:2362738/100‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGc < 2:1797046/100‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGc < 2:1797045/100‑1 (MQ=255) ggCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACg < 1:2566485/98‑1 (MQ=255) tCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTc < 1:1848227/100‑1 (MQ=255) gCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCtt < 2:1916175/100‑1 (MQ=255) cTGCCACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATTCATACGTGGTGTTGCCTGATGCTACGCTTGCGCGTCTTa < 1:711804/100‑1 (MQ=255) gCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATc > 2:2393101/1‑100 (MQ=255) tgaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATAAGACGCTTGCGCGTCTTATCAgg > 1:35880‑M1/71‑100 (MQ=255) aCTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTTTAGTGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAgg < 2:2044731/100‑1 (MQ=255) cTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGt > 1:1540276/1‑100 (MQ=255) aatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTc > 1:1613601‑M1/69‑100 (MQ=255) tCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCt < 2:2404793/100‑1 (MQ=255) atgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccggtctttttaattgcaaggtttgcaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCt > 2:279372‑M1/68‑100 (MQ=255) aCCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTAc > 2:244289/1‑100 (MQ=255) ccAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTTCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACa < 1:118954/100‑1 (MQ=255) tGCCTATTGTTTGTTCTATTGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAAcc < 1:1405505/99‑1 (MQ=255) tGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCt > 1:409737/1‑100 (MQ=255) tgtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCAtt > 1:1291283/1‑100 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa > 1:1714338/1‑100 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa < 1:2260734/100‑1 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa > 2:1437465/1‑100 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa > 1:897923/1‑100 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTACCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa < 1:295159/100‑1 (MQ=255) tttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGAAGCTTGCGCGTATTATCAGGTCTACAGGTTACACACCTTGCCAtt > 1:1837637/1‑98 (MQ=255) gttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTaaaaa > 1:99345/1‑100 (MQ=255) gttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGATAAAAACATTGCAATTaccac > 2:2717514/1‑96 (MQ=37) cTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCC > 1:1633486‑M1/1‑100 (MQ=255) tAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAACAGCCC > 1:719516‑M1/1‑100 (MQ=255) tAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCC < 2:823495‑M1/100‑1 (MQ=255) aaTGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCG < 1:2628516‑M1/100‑1 (MQ=255) aaTGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCG > 1:1115502‑M1/1‑100 (MQ=255) aaTGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCG < 1:208103‑M1/100‑1 (MQ=255) aaTGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATT‑AAAAGCCCGG > 1:1327552‑M1/1‑100 (MQ=255) tctacTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGA < 2:1498904‑M1/98‑1 (MQ=255) tGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGA > 1:867807‑M1/1‑100 (MQ=255) tGTACTCACGAGCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACTCTTGCGCGTCTTATCAGGTCGACAGGTTACAAACCTGGCCATTAAAAAGCCCGGA > 2:859167‑M1/1‑100 (MQ=255) cTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgc > 2:531276/1‑100 (MQ=255) cTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgc > 2:431500/1‑100 (MQ=255) cTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcg < 2:1540280/99‑1 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGTGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg > 2:352655/1‑100 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACACAGCTTGCCCTTAAAAAGCCCGGGTcgc > 1:422813/1‑98 (MQ=37) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgcgn < 1:108825/100‑2 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg < 2:2172268/100‑1 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg > 1:1010223/1‑100 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg > 2:1175817/1‑100 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg > 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tggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGttt < 2:2651516/100‑1 (MQ=255) tggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGttt > 1:1296825/1‑100 (MQ=255) ggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggcttttt < 1:12472‑M1/100‑27 (MQ=255) gtgtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTaa < 2:2479984/100‑1 (MQ=255) tgtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAAc < 2:1714343/100‑1 (MQ=255) tgtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTAAAGGTTACAAACATTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTaa > 1:2557857/1‑99 (MQ=255) tctGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACa < 1:2287587/98‑1 (MQ=255) gtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggctttttaat < 2:2074806‑M1/100‑30 (MQ=255) gtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACa < 2:390113/100‑1 (MQ=255) gtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACa > 2:1721999/1‑100 (MQ=255) gtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACa > 2:1613441/1‑100 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggctttttaatgg < 1:2447034‑M1/100‑32 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACAtt > 1:808975/1‑100 (MQ=255) CCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGGTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCa < 2:1362252‑M1/100‑1 (MQ=255) | ACTGCCGTTATCCGGCCCCATTCGCTGCAACTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCA > NC_000913/2539509‑2539707 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |