| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2539608 = | NA (NA) | 8 (0.080) | 6/166 | NT | NA | noncoding (2/36 nt) | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 2539638 = | NA (NA) | noncoding (32/36 nt) | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP175 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGCGAGAGC > NC_000913/2539539‑2539737 | gaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaagttttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGt > 1:1614292‑M1/70‑100 (MQ=255)gaatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGt > 1:2811028‑M1/70‑100 (MQ=255)cTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGt > 1:1540276/1‑100 (MQ=255) ttCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTc > 2:2407508/1‑100 (MQ=255) aatgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccgggctttttaatggcaaggtttgtaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTc > 1:1613601‑M1/69‑100 (MQ=255) tCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCt < 2:2404793/100‑1 (MQ=255) atgttaaacgcccggaggcgcttcccgcgatccggtctttttaattgcaaggtttgcaacctgtagaCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCt > 2:279372‑M1/68‑100 (MQ=255) ggCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTa < 1:1125255/100‑1 (MQ=255) cGTCTTGCCTTTTGTTTGTTCTCAGGTACGCCCCATCCCTCTCCATACGTGGTGTCGCCTAATGCGACGCTTGCGCGTCTTTTCACTTCTACAGGTTAc < 1:1791556/99‑1 (MQ=255) cGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACa < 1:1262403/100‑1 (MQ=255) tGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCt > 1:409737/1‑100 (MQ=255) gCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCtt > 1:711875/1‑100 (MQ=255) tATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGcc < 2:1990040/100‑1 (MQ=255) tgtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCAtt > 1:823493/1‑100 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACATGTTACAAACCTTGCCATTa < 2:1449276/100‑1 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa > 2:1437465/1‑100 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa > 1:1714338/1‑100 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa > 1:897923/1‑100 (MQ=255) gtttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa < 1:2260734/100‑1 (MQ=255) gatctttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTa < 1:987495/95‑1 (MQ=255) tttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGAAGCTTGCGCGTATTATCAGGTCTACAGGTTACACACCTTGCCAtt > 1:1837637/1‑98 (MQ=255) ttgttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTaaa > 2:2901845/1‑100 (MQ=255) gttCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTaaaaa > 1:99345/1‑100 (MQ=255) tCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGC < 1:1318614‑M1/100‑1 (MQ=255) tAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCC < 2:823495‑M1/100‑1 (MQ=255) aaTGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCG < 1:208103‑M1/100‑1 (MQ=255) tGTACTCACGAGCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACTCTTGCGCGTCTTATCAGGTCGACAGGTTACAAACCTGGCCATTAAAAAGCCCGGA > 2:859167‑M1/1‑100 (MQ=255) aCTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcg > 1:874233/1‑100 (MQ=255) cTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgc > 2:2144092/1‑100 (MQ=255) cTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcg < 2:1540280/99‑1 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGTGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg > 2:352655/1‑100 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACACAGCTTGCCCTTAAAAAGCCCGGGTcgc > 1:422813/1‑98 (MQ=37) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATcgcgn < 1:108825/100‑2 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg > 1:1010223/1‑100 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg < 2:2172268/100‑1 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg > 2:1175817/1‑100 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg < 1:2711502/100‑1 (MQ=255) cACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCgg > 1:2651505/1‑100 (MQ=255) tctcTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAgc > 1:1410028/1‑100 (MQ=255) ctctATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAgcg < 2:1338772/100‑1 (MQ=255) ctATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGcc < 2:429121/100‑1 (MQ=255) ctATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGcc > 1:2147362/1‑100 (MQ=255) ccATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCtccg < 2:172308‑M2/100‑5 (MQ=255) cATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCtccgg < 2:431965‑M2/100‑6 (MQ=255) aTACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCtccggg > 2:2651023‑M2/1‑94 (MQ=255) tACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAACGCGGGAAGCGCCtccggg < 1:1058088‑M2/99‑7 (MQ=255) tACGTGGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggc < 1:262201‑M1/100‑22 (MQ=255) aCGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggct < 1:872310‑M1/100‑23 (MQ=255) gtggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGtt < 1:615083/100‑1 (MQ=255) gtggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGtt < 2:2859787/100‑1 (MQ=255) tggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggctttt < 2:1590842‑M1/100‑26 (MQ=255) tggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggctttt < 1:1350077‑M1/100‑26 (MQ=255) tggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGttt > 1:1296825/1‑100 (MQ=255) tggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGttt < 2:2651516/100‑1 (MQ=255) ggtgTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggcttttt < 1:12472‑M1/100‑27 (MQ=255) gtgtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTaa < 2:2479984/100‑1 (MQ=255) tgtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAAc < 2:1714343/100‑1 (MQ=255) tgtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTAAAGGTTACAAACATTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTaa > 1:2557857/1‑99 (MQ=255) tctGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACa < 1:2287587/98‑1 (MQ=255) gtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggctttttaat < 2:2074806‑M1/100‑30 (MQ=255) gtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACa < 2:390113/100‑1 (MQ=255) gtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACa > 2:1613441/1‑100 (MQ=255) gtTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACa > 2:1721999/1‑100 (MQ=255) tcgccTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGAggcgcttcccgcgatccgggctttttaatg < 2:355398‑M1/98‑31 (MQ=255) agacctgataagacgcgcaagcgtcgcatcaggTCTACAGGTTGCAAACCTTGCAATTAAAAAGACCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACAt > 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1:892393/100‑1 (MQ=255) atctggTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATGAGGCGCTTTGTGc < 2:1975550‑M2/94‑1 (MQ=255) atcaggTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGc < 2:531680‑M2/94‑1 (MQ=255) atcaggTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGc > 1:2349653‑M2/7‑100 (MQ=255) atcaggTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGc < 1:2682729‑M2/94‑1 (MQ=255) caggTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGCga > 2:1805469‑M2/5‑100 (MQ=255) aggTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGCGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGAGCTTTGTGCgag > 2:610269‑M2/4‑100 (MQ=255) ggTCTACAGGTTACAACCCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGCgaga < 1:1329763‑M2/98‑1 (MQ=255) ggTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTtgtgcagat > 1:1975542‑M2/3‑96 (MQ=255) ggTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGCgaga > 1:2454904‑M2/3‑100 (MQ=255) ggTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGCgaga < 2:1067305‑M2/98‑1 (MQ=255) gTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGCGagag < 2:1296827‑M2/99‑1 (MQ=255) gTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGCGagag < 2:1099974‑M2/99‑1 (MQ=255) tCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGCGAGAGc > 1:1679866/1‑100 (MQ=255) | CTTCACCAGAGGCGTATTGCCTATTGTTTGTTCTAATGTACTCACGATCTCTATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCTTGCCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAACCTATCAGGCGCTTTGTGCGAGAGC > NC_000913/2539539‑2539737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |