| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 2151691 | NA (NA) | noncoding (18/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAA > NC_000913/2151584‑2151782 | ccTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAA > 1:1370461‑M1/1‑100 (MQ=255)ccTTTATCGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAA > 2:1387680‑M1/1‑100 (MQ=255)aagcagtttttgtccagcccggcggtaaacgagcgtacggatgatgataaaacgttggcactggcgctgtgggcagagtgagtttctcaTGGCGGTTGaa < 1:374026‑M1/11‑1 (MQ=255) ttATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAttg < 1:1658345/100‑1 (MQ=255) ttATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAttg > 2:765314/1‑100 (MQ=255) ttATTGGTCACCTAGCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTCTATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAttg > 2:529778/1‑100 (MQ=255) 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cAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCttcaaccgcca < 1:65788‑M2/100‑12 (MQ=255) cAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCttcaaccgcca < 2:1797909‑M2/100‑12 (MQ=255) cAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCttcaaccgcca < 2:374024‑M2/100‑12 (MQ=255) aaaaGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCAt > 2:347499/1‑100 (MQ=255) aaaGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGTCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATg < 2:46444/100‑1 (MQ=255) aaaGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATg < 1:1938728/100‑1 (MQ=255) aaaGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTAGTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATg < 1:90587/100‑1 (MQ=255) agaagaagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATgag < 1:818772/100‑1 (MQ=255) aagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAgacaacaattcaaccgccagtttaaac < 1:448927‑M1/99‑28 (MQ=255) aagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAac < 1:636292/99‑1 (MQ=255) agCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAactc < 1:1250751/100‑1 (MQ=255) agCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAactc < 2:2371657/100‑1 (MQ=255) gCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAactca > 1:1655117/1‑100 (MQ=255) gCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAactca < 1:467887/100‑1 (MQ=255) ccGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAactcac > 1:1534029/1‑100 (MQ=255) 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NC_000913/2151584‑2151782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |