| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3217434 = | NA (NA) | 3 (0.030) | 3/164 | NT | NA | noncoding (1/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 3217467 = | NA (NA) | noncoding (34/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGT > NC_000913/3217368‑3217565 | ggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGcc > 1:1194463‑M1/67‑100 (MQ=255) ccGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCt > 1:2303504/1‑100 (MQ=255) cgcgCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGcc < 2:1808531/98‑1 (MQ=255) gcgcCGATTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCt < 2:19003/98‑1 (MQ=255) cgccgcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTaca > 1:1805658/1‑100 (MQ=255) ccgcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTa < 2:1760471/96‑1 (MQ=255) cTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGc < 2:1216636/100‑1 (MQ=255) ttttGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCt > 2:1340060/1‑100 (MQ=255) ttttGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCt > 1:2108966/1‑100 (MQ=255) ttttGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCt > 2:611277/1‑100 (MQ=255) tttGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTa < 1:1429289/100‑1 (MQ=255) tttGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTa < 2:315096/100‑1 (MQ=255) tGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCTAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTaca < 1:2106230/100‑1 (MQ=255) tGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTaca < 2:1058176/100‑1 (MQ=255) tGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACACGCTaca > 2:591082/1‑100 (MQ=255) gATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTacac > 2:74530/1‑100 (MQ=255) gATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTacac < 2:113559/100‑1 (MQ=255) gATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTacac < 2:1298690/100‑1 (MQ=255) atTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACAcc < 1:1750009/100‑1 (MQ=255) gCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCa < 1:2200708/100‑1 (MQ=255) tcttGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTGGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAgg < 1:395539/97‑1 (MQ=255) aaCTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAgg < 2:2199179/100‑1 (MQ=255) aaCTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAgg < 1:2260927/100‑1 (MQ=255) tctagtAATCGCCGCATCCGGCAGTGTCGCGGTGTAATTTCCGAAGGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCt < 2:491922/95‑1 (MQ=37) ggATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGTCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTg < 2:372282/100‑1 (MQ=255) ggATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTg < 2:1905315/100‑1 (MQ=255) ggATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTg < 1:718000/100‑1 (MQ=255) gATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGa > 2:1917294/1‑100 (MQ=255) aTTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGAt < 1:1258882/100‑1 (MQ=255) aTTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGAt > 2:756085/1‑100 (MQ=255) ttAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATAAGGACTAAAACAACTACACACACCGCAGGCCTGATa > 1:733278/1‑100 (MQ=18) ttAAGCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATa < 2:1565882/100‑1 (MQ=255) tAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGGTGGGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATaa < 2:1860102/100‑1 (MQ=255) tAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCAGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATaa > 1:90430/1‑100 (MQ=255) aaTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAg > 2:652040/1‑100 (MQ=255) aTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGa > 1:2075892/1‑100 (MQ=255) aTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGa > 2:652697/1‑100 (MQ=255) aTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGa > 2:2328720/1‑100 (MQ=255) tCGCCGCATCCGCCAGTGGCGGGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGa < 2:2618379/99‑1 (MQ=255) tCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGAt > 2:1856085/1‑100 (MQ=255) gccgcATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTTACGCGCCTTATCCGACCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGa > 1:785432/1‑97 (MQ=255) gccgcATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCAGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATgc > 1:505601/1‑100 (MQ=255) gccgcATCCGCCAGTGGCCCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACAACCACTACACACACCGCAGGCCTGATAAGAtac > 1:335170/1‑98 (MQ=21) cgcATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATgcgc > 1:91890/1‑100 (MQ=255) cGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcat > 1:2541999/1‑100 (MQ=255) gCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatc > 1:1173207/1‑100 (MQ=255) gCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatc < 1:166716/100‑1 (MQ=255) gCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatc < 1:30473/100‑1 (MQ=255) gCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCAGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatc > 1:730133/1‑100 (MQ=255) ccAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatcg < 1:528201/100‑1 (MQ=255) cgcgGTGCAATTGCCGGATGTGACGCTTGACTCGCCTTATCGGGCCTAAACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAgg < 1:1251503/100‑1 (MQ=38) cgcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAgg < 1:2094535/100‑1 (MQ=255) gcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGc < 2:1173196/100‑1 (MQ=255) cgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCa < 1:2211843/100‑1 (MQ=255) gTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCAtt < 2:105098/100‑1 (MQ=255) gCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATtgt < 2:1905645/100‑1 (MQ=255) aaTTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGc < 1:1297125/100‑1 (MQ=255) aTTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCt < 1:1666685/100‑1 (MQ=255) ttGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTc < 1:460987/100‑1 (MQ=255) aggccgggtaaggcgcgtcaagcgtcgcaaccggcCTACACACGCTACACACCCCGCAAGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATtgt > 2:55980‑M2/36‑96 (MQ=255) tGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTcc < 1:2605073/100‑1 (MQ=255) ggccggataaggcgcgtcaagcgtcgcatccggcCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTcc > 1:1194463‑M2/35‑100 (MQ=255) GCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACTCCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTATGCTCCa < 2:1422587‑M1/100‑1 (MQ=255) GCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCa > 2:1209006‑M1/1‑100 (MQ=255) CCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCaa > 1:1372566‑M1/1‑100 (MQ=255) CCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCaa < 1:2459747‑M1/100‑1 (MQ=255) cGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTAGCCTGCCTACACCCGCTACACACCCCGCATGCCTGTTAAGATGCGTCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCa < 2:2211176/98‑1 (MQ=37) ggataaggcgcgtcaagcgtcgcatccggcCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAc > 2:481383‑M2/31‑99 (MQ=255) TGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTTATAAGATGCTCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAacgc < 1:1759148‑M1/99‑1 (MQ=255) TGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAccgcc > 1:1181557‑M1/1‑100 (MQ=255) TGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAccgcc < 1:1777737‑M1/100‑1 (MQ=255) gCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAccgccg < 2:2635289/100‑1 (MQ=255) gCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGAGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAccgccg > 1:1858881/1‑100 (MQ=255) cGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCgg 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1:947727/100‑1 (MQ=255) tccggcCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAAt > 2:1170639‑M2/7‑100 (MQ=255) tccggcCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAAt > 2:1232860‑M2/7‑100 (MQ=255) ccggcCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATg > 2:2056910‑M2/6‑100 (MQ=255) ccggcCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCGCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTaa > 2:1643053‑M2/6‑98 (MQ=255) cggcCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGc < 2:474457‑M2/96‑1 (MQ=255) cggcCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGc < 2:2307052‑M2/96‑1 (MQ=255) cggcCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATACGGCATACCGATTAAt > 2:2080034‑M2/5‑98 (MQ=255) cggcCTACACCCGCTAAACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGAATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGc > 2:480563‑M2/5‑100 (MQ=255) ggcCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCa < 2:308317‑M2/97‑1 (MQ=255) cCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAg < 2:2303476‑M2/98‑1 (MQ=255) cCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGt > 1:790176‑M2/2‑100 (MQ=255) | ACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGT > NC_000913/3217368‑3217565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |