| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4325861 = | 106 (0.970) | 184 (2.230) | 91/150 | 0.0 | 67.9% | noncoding (60/583 nt) | REP325 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP325 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 4374507 | 94 (1.140) | noncoding (10/99 nt) | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
TGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATG > NC_000913/4374409‑4374606 | gCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAATGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGTTCTTGCCGGATGCAgc < 2:418224‑M2/100‑3 (MQ=255) gCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgc > 1:2140328‑M2/1‑98 (MQ=255) cATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcg < 2:65003‑M2/100‑4 (MQ=255) tatGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgta > 1:2492170‑M2/1‑95 (MQ=255) tatGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgta < 2:2638157‑M2/100‑6 (MQ=255) atGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaa < 2:1261825‑M2/100‑7 (MQ=255) tGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaa < 1:1843353‑M2/100‑8 (MQ=255) tGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaa < 2:1698482‑M2/100‑8 (MQ=255) gAATAATTAAAGGTTATGTAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaac < 2:778360‑M2/100‑9 (MQ=255) aataatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacg > 1:1537055‑M2/1‑91 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgcc < 2:1582191‑M2/100‑12 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgcc > 2:771748‑M2/1‑89 (MQ=255) atTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgcctt < 1:2145225‑M2/100‑14 (MQ=255) ggTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccgg < 1:1128035‑M2/100‑20 (MQ=255) ggTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccgg < 2:2095144‑M2/100‑20 (MQ=255) gTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggc > 1:40975‑M2/1‑80 (MQ=255) ttATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcc > 2:1555111‑M2/1‑79 (MQ=255) ttATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcc > 2:2324948‑M2/1‑79 (MQ=255) ttATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcc > 1:832711‑M2/1‑79 (MQ=255) ttATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcc > 1:232269‑M2/1‑79 (MQ=255) tATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcct > 1:865988‑M2/1‑78 (MQ=255) tATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcct > 1:617631‑M2/1‑78 (MQ=255) tGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctac > 1:230337‑M2/1‑76 (MQ=255) tGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTAGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctac < 2:1764339‑M2/100‑25 (MQ=255) cAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacgg > 2:1931306‑M2/1‑74 (MQ=255) cAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacgg > 1:435382‑M2/1‑74 (MQ=255) cAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacgg < 2:1992690‑M2/100‑27 (MQ=255) aaCGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacgga > 2:697286‑M2/1‑73 (MQ=255) gggCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGAAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGtt < 2:553195/98‑1 (MQ=255) ggCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggt < 1:1456348‑M2/100‑32 (MQ=255) gCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtg < 1:2554070‑M2/100‑33 (MQ=255) aaaGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGc < 1:1900939/100‑1 (MQ=255) aaaGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGc < 2:222370/100‑1 (MQ=255) gATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcggga < 1:2002931‑M2/100‑38 (MQ=255) aTTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAAt > 1:1288088/1‑100 (MQ=255) ttAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATc > 1:2375795/1‑100 (MQ=255) tAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatt > 1:2398330‑M2/1‑60 (MQ=255) aaaCTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaattt < 2:1136708‑M2/100‑42 (MQ=255) aaCTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttg > 1:755851‑M2/1‑58 (MQ=255) cTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgta < 1:1763272‑M2/100‑45 (MQ=255) cTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgta > 1:38726‑M2/1‑56 (MQ=255) cTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttc < 1:998159/100‑1 (MQ=255) ttCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtag > 1:1814627‑M2/1‑55 (MQ=255) tCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtagg > 1:1668247‑M2/1‑54 (MQ=255) tCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtagg > 2:277202‑M2/1‑54 (MQ=255) tCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtagg > 2:1843338‑M2/1‑54 (MQ=255) cccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaat < 2:913196/100‑1 (MQ=255) cccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaat > 1:650656/1‑100 (MQ=255) ccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcc < 2:15037‑M2/100‑49 (MQ=255) ccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcc > 2:2287769‑M2/1‑52 (MQ=255) ccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGACGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatt > 2:2065671/1‑100 (MQ=255) cAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcct < 2:368472‑M2/100‑50 (MQ=255) gTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgagatcggaa < 2:1445500‑M2/100‑52 (MQ=255) tttAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgat > 2:2492189‑M2/1‑48 (MQ=255) tAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATg > 2:1293277/1‑100 (MQ=255) aaTGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGc > 2:2572584/1‑100 (MQ=255) 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ttGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgataagacgcgcaag < 2:2726293‑M2/100‑65 (MQ=255) gCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgataagacgcgcaagcg > 1:1922604‑M2/1‑34 (MQ=255) cTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgataagacgcgcaagcgt < 1:279966‑M2/100‑68 (MQ=255) cTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGcc < 1:2561666/100‑1 (MQ=255) cTGTACTTGCGGTTGTTGCTCTGGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGcc < 1:1195591/100‑1 (MQ=255) gTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgataagacgcgcaagcgtcg < 1:2104399‑M2/100‑70 (MQ=255) gTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgataagacgcgcaagcgtcg > 1:1778360‑M2/1‑31 (MQ=255) 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< 1:358104/100‑1 (MQ=255) cttttGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCg < 2:348241/98‑1 (MQ=255) cGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgataagacgcgcaagcgtcgcatcagg < 1:1380565‑M2/100‑77 (MQ=255) cGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgataagacgcgcaagcgtcgcatcagg > 1:1707743‑M2/1‑24 (MQ=255) cGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgataagacgcgcaagcgtcgcatcagg > 2:469543‑M2/1‑24 (MQ=255) gTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgataagacgcgcgagcgtcgcatcaggc < 2:1353858‑M2/100‑78 (MQ=255) gTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAgcgtaaacgccttatccggcctacggagggtgcgggaatttgtaggcctgataagacgcgcaagcgtcgcatcaggc > 1:1612991‑M2/1‑23 (MQ=255) tttGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTa > 1:669801/1‑100 (MQ=255) 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aGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATg < 1:1250173/100‑1 (MQ=255) | TGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATG > NC_000913/4374409‑4374606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |