| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2001919 = | NA (NA) | 4 (0.050) | 7/164 | NT | NA | intergenic (‑130/+191) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| ? | NC_000913 | 2001936 = | NA (NA) | intergenic (‑147/+174) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) | |||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAAC > NC_000913/2001837‑2002035 | cTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGa > 2:499571/1‑100 (MQ=255)cTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGa > 1:529507/1‑100 (MQ=255) gCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAg > 1:1875132/1‑100 (MQ=255) cAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGTTGGCGGGGAAGc < 1:1563543/100‑1 (MQ=255) cAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGc > 2:44761/1‑100 (MQ=255) cAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGc > 2:1231823/1‑100 (MQ=255) atttgcacatttttgtaggccggataaggcgtttacgccgcatccggcaacataaagcgcaatttgtcagcaacgtgcttccccgccggtggcggggAAg < 1:328094‑M2/3‑1 (MQ=255) agttgcacatttttgtaggccggataaggcgtttacgccgcatccggcaacataaagcgcaatttgtcagcaacgtgcttccccgccggtggcggggAAg < 2:357052‑M2/3‑1 (MQ=255) tttgcacatttttgtaggccggataaggcgtttacgccgcatccggcaacataaagcgcaatttgtcagcaacgtgcttccccgccggtggcggggAAGc < 1:2062375‑M2/4‑1 (MQ=255) aGGGTTTTTAATCGGTCGATTAGTGGGTGAAATGAGAGGTTATTTGGGGATTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAg < 2:2069619/98‑1 (MQ=255) aGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCa > 1:661940/1‑100 (MQ=255) gggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGc < 2:1264282/98‑1 (MQ=255) gggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc > 1:2041021/1‑100 (MQ=255) tttttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGtt > 2:247302/1‑100 (MQ=255) catttttgtaggccggataaggcgtttacgccgcatccggcaacataaagcgcaatttgtcagcaacgtgcttccccgccggtggcggggAAGCACGTTg < 1:1869802‑M2/10‑1 (MQ=255) atttttgtaggccggataaggcgtttacgccgcatccggcaacataaagcgcaatttgtcagcaacgtgcttccccgccggtggcggggAAGCACGTTGc < 1:1052470‑M2/11‑1 (MQ=255) tAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTg > 1:223017/1‑100 (MQ=255) aaTCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGa > 1:1202381/1‑100 (MQ=255) aTCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGAc < 1:1655238/100‑1 (MQ=255) aTCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGAc > 1:805102/1‑100 (MQ=255) tCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACa < 1:488976/100‑1 (MQ=255) tCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACa > 1:2251654/1‑100 (MQ=255) cGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaa > 1:712538/1‑100 (MQ=255) ggACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:1856972/1‑100 (MQ=255) aGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCtt > 1:1520022/1‑100 (MQ=255) aGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCtt > 2:180533/1‑100 (MQ=255) gTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt > 1:874635/1‑100 (MQ=255) gggTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTAt > 1:862185/1‑100 (MQ=255) gggTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTAt > 1:1137883/1‑100 (MQ=255) ggTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATg > 1:1795274/1‑100 (MQ=255) gTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGt < 1:2308092/100‑1 (MQ=255) gTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGt > 1:362441/1‑100 (MQ=255) gAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTG > 2:1945832‑M1/1‑100 (MQ=255) aaTGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCC < 2:1903526‑M1/100‑1 (MQ=255) aTGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGtc < 1:1613951‑M1/100‑3 (MQ=255) aTGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCG < 1:1680263‑M1/100‑1 (MQ=255) tGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGAGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGG > 2:1116138‑M1/1‑100 (MQ=255) aGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGAT > 1:982195‑M1/1‑100 (MQ=255) ggggTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 1:1714336/1‑100 (MQ=255) gggTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc > 2:986457/1‑100 (MQ=255) gTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcgg > 2:338074/1‑100 (MQ=255) ttATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggc < 1:499573/100‑1 (MQ=255) tATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggcg < 1:1053420/100‑1 (MQ=255) tttGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACCCATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTa > 1:949131/1‑100 (MQ=255) ttGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATaaggcgttt < 2:267687‑M1/100‑10 (MQ=255) ttGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTa < 1:2077689/99‑1 (MQ=255) tGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACCAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaaa > 1:588220/1‑100 (MQ=255) tGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaaa > 1:659727/1‑100 (MQ=255) gggggTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc < 1:1889986/100‑1 (MQ=255) ttACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt < 1:2357392/100‑1 (MQ=255) ttACAGGTAAATTCCAGACAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt < 2:1356332/100‑1 (MQ=255) tACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGAGGCGTAAACGCCtt > 1:433086/1‑99 (MQ=255) aGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTatcc < 2:1303717‑M2/100‑5 (MQ=255) ggTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTatccg < 1:2123586‑M2/100‑6 (MQ=255) ggTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTatccg < 1:2043301‑M2/100‑6 (MQ=255) gTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATaaggcgtttacgccgcatccgg < 1:276067‑M1/100‑23 (MQ=255) tAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTatccggc > 2:1327303‑M2/1‑93 (MQ=255) 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cccGCCGGTGTCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATaaggcgtttacgccgcatccggcaacataaagcgcaatttgtcag < 1:1534527‑M1/100‑46 (MQ=255) CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAAt < 1:602286‑M1/100‑1 (MQ=255) CGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATa < 1:2236853‑M1/100‑1 (MQ=255) CGCCGGTCGCGGGGAAGCGCGTTGCTGACAAGTTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATTCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAAt > 2:1538443‑M1/1‑99 (MQ=255) CGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAt > 1:191969‑M1/1‑100 (MQ=255) ggTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAtt < 1:805652/100‑1 (MQ=255) ggTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAtt < 1:962073/100‑1 (MQ=255) gTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAtt > 1:1479627/1‑99 (MQ=255) ggcggggAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCa > 1:1446492‑M2/8‑100 (MQ=255) ggcggggAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCa > 1:423817‑M2/8‑100 (MQ=255) cggggAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAAt > 1:996182‑M2/6‑100 (MQ=255) ggggAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAAtt < 2:862183‑M2/96‑1 (MQ=255) gggAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc < 2:1875117‑M2/97‑1 (MQ=255) gggAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 1:1124766‑M2/4‑100 (MQ=255) | CTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAG‑AAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAAC > NC_000913/2001837‑2002035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |