| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | DH1 | 225,117 | Δ1 bp :: repeat_region (–) +9 bp :: Δ4 bp | coding (273‑281/528 nt) | gadE ← | transcriptional regulator GadE |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | 225117 = | 1 (0.000) | 406 (1.080) | 209/300 | 0.0 | 99.7% | coding (281/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | 299568 = | NA (NA) | noncoding (5/773 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
| * | ? | DH1 | = 225125 | 1 (0.000) | 443 (1.180) | 221/300 | 0.0 | 99.8% | coding (273/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | = 300335 | NA (NA) | noncoding (772/773 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
Only 100 of 842 total aligned reads displayed.
TGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCTTTTAGTTTACTGATGTGATAAGGTGCCAAAACAATAATTCTCTCGGCATCTAATTTCTCCAGAAATTTAATCGCTTCTTCATCAAGGATATGATTGTGATAGGTATCAATG > DH1/224967‑225266 | gaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccct < 6:934598‑M1/2‑1 (MQ=255) gAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATActtt > 3:679850/1‑151 (MQ=255) ttgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccctttc < 1:1351515‑M1/5‑1 (MQ=255) 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atTGAGCGTCGACGTTATCTTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATActttcttt < 8:816253/150‑1 (MQ=255) tGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGgg > 8:885984‑M1/1‑149 (MQ=255) tGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGgg > 2:1187353‑M1/1‑149 (MQ=255) ataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattagcCTTTCTTTGCGGCt < 7:948068‑M1/14‑1 (MQ=255) acctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTAAc > 4:160829‑M1/135‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |