| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | DH1 | 225,117 | Δ1 bp :: repeat_region (–) +9 bp :: Δ4 bp | coding (273‑281/528 nt) | gadE ← | transcriptional regulator GadE |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | 225117 = | 1 (0.000) | 406 (1.080) | 209/300 | 0.0 | 99.7% | coding (281/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | 299568 = | NA (NA) | noncoding (5/773 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
| * | ? | DH1 | = 225125 | 1 (0.000) | 443 (1.180) | 221/300 | 0.0 | 99.8% | coding (273/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | = 300335 | NA (NA) | noncoding (772/773 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
Only 100 of 844 total aligned reads displayed.
ATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCTTTTAGTTTACTGATGTGATAAGGTGCCAAAACAATAATTCTCTCGGCATCTAATTTCTCCAGAAATTTAATCGCTTCTTCATCAAGGATATGATTGTGATAGGTATCAATGATAACCTTG > DH1/224975‑225275 | gcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTg > 3:1119786‑M1/143‑151 (MQ=255) ggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCg > 8:401694‑M1/141‑151 (MQ=255) gAGCGTAGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGgg < 6:895326‑M1/150‑3 (MQ=255) ataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCt < 1:320148‑M1/14‑1 (MQ=255) ataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCt > 3:525986‑M1/138‑151 (MQ=255) gTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGggtgatg < 6:1387903‑M1/151‑8 (MQ=255) aacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTa < 1:420680‑M1/15‑1 (MQ=255) cGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGggtgatgc < 5:821740‑M1/150‑9 (MQ=255) aCGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGggtgatgctgc > 3:989971‑M1/1‑140 (MQ=255) gaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTAACaaa < 4:355844‑M1/20‑1 (MQ=255) gATATTGCTTTCATTTTTATTTTTAAGAATCAGTTGCATAATTTTGAAATGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATCGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATATCAAGAAGATTTTTGATACTTTATTTGggtgatgatgacaa > 7:722946‑M1/1‑136 (MQ=255) ctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactataaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTAACAaaataa < 2:1447016‑M1/24‑1 (MQ=255) atatTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGggtgatgctgccaact > 1:613760‑M1/1‑135 (MQ=255) gaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTAACAaaata > 8:468166‑M1/125‑147 (MQ=255) atTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGggtgatgctgccaactt > 2:117556‑M1/1‑133 (MQ=255) ttGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGCGGCTAACAaaataaat > 8:306339/1‑149 (MQ=255) gcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGgc > 8:152116‑M1/122‑151 (MQ=255) gCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGggtgatgctgccaacttactg > 1:1073950‑M1/1‑130 (MQ=255) 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tggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTAACTAAATAAATAGGCGCTTTAGc < 2:507666‑M1/38‑1 (MQ=255) tttatttttCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGggtgatgctgccaacttactgatttagtg < 2:1074131‑M1/150‑30 (MQ=255) ggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCt < 7:508847‑M1/39‑1 (MQ=255) gcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCtt > 1:101943‑M1/112‑151 (MQ=255) gcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCtt > 2:920493‑M1/112‑151 (MQ=255) tttCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat < 1:843486‑M1/150‑36 (MQ=255) tttCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 2:1229146‑M1/1‑115 (MQ=255) ttCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatgg > 7:1347899‑M1/1‑114 (MQ=255) tgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCTGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCTTTTAGttt < 6:1302925‑M1/47‑1 (MQ=255) tgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCTTTTAGttt < 4:540889‑M1/47‑1 (MQ=255) 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gggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctg < 5:1379721‑M1/151‑151 (MQ=255) gCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCTTTTAGTTTACTGATGTGATAAGGTGCCAAAACAATAATTCTCTCGGCATCTAATTTCTCCAGAAATTTAATCGCTTCTTCATCAAGGATATGATTGTGATAGGTATCAATGATAACCTTg > 5:659355/1‑151 (MQ=255) | ATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCTTTTAGTTTACTGATGTGATAAGGTGCCAAAACAATAATTCTCTCGGCATCTAATTTCTCCAGAAATTTAATCGCTTCTTCATCAAGGATATGATTGTGATAGGTATCAATGATAACCTTG > DH1/224975‑225275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |