| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | = 3970042 | 510 (1.210) | 34 (0.090) | 31/282 | 36.2 | 6.6% | intergenic (‑128/‑86) | fimA/ECDH1_RS19620 | type‑1 fimbrial protein, A chain/hypothetical protein |
| ? | DH1 | = 3970338 | 476 (1.200) | intergenic (+22/+58) | ECDH1_RS19620/fimE | hypothetical protein/tyrosine recombinase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 498 total aligned reads displayed.
AGAAACGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCAC > DH1/3970188‑3970488 | gAAACGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGttt < 4:363212/151‑1 (MQ=255) aaaCTTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGttt < 6:477959/150‑1 (MQ=255) aCGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGc > 2:1373203/1‑151 (MQ=255) cGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGcc < 4:1603357/151‑1 (MQ=255) tAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGcccc > 8:780439/1‑150 (MQ=255) aGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCa < 5:1016508/150‑1 (MQ=255) gCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAAt < 4:516008/151‑1 (MQ=255) ttACATATAGCGGATGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAAtt < 6:190251/149‑1 (MQ=255) ttACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAAtt < 8:1227371/149‑1 (MQ=255) tACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGtg > 8:615172/1‑150 (MQ=255) tACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGt < 3:484659/150‑1 (MQ=255) tACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTAAGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGt < 3:887586/150‑1 (MQ=255) aCATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCt < 3:245398/151‑1 (MQ=255) cATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCATTTTTCt > 5:977191/1‑151 (MQ=255) ataGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCTAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATAATTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGt < 2:1170288/150‑1 (MQ=255) ataGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGt < 1:1393341/150‑1 (MQ=255) ataGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGt < 5:430433/150‑1 (MQ=255) gCGGAGCTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACCTATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGtattt < 4:915295/151‑1 (MQ=255) cGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TCTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGtattta < 6:1621942/151‑1 (MQ=255) ggAGGGGTTGTGAAATTAACTTACACTAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTTGATGCTTTTTGTCGTTTTTAAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGtatttat < 2:294408/151‑1 (MQ=255) gAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGtatttatt > 5:906308/1‑151 (MQ=255) gAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGtatttatt < 5:288566/151‑1 (MQ=255) aGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTatttattt > 7:1297392/1‑151 (MQ=255) ggTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTatttatttt > 8:306107/1‑150 (MQ=255) aaaTTAATTTAGAATAGAATTAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGGTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGAGAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTa < 1:344428/150‑1 (MQ=255) aattaattTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAAc > 7:750873/1‑151 (MQ=255) ttaattTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCCTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGCCGCCAATTGTGATGTATTTAATTGttttttttagtt > 5:1503747/1‑146 (MQ=255) taattTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATTATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACtt < 6:1293121/150‑1 (MQ=255) aattTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACttt > 4:871966/1‑150 (MQ=255) ttACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTttattt > 7:2118/1‑150 (MQ=255) ttACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTttatt > 6:1463172/1‑150 (MQ=255) ttACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTttatt > 5:768045/1‑150 (MQ=255) tACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTttatta < 2:1081594/150‑1 (MQ=255) aCAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATc < 3:361076/151‑1 (MQ=255) aaTAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCa > 7:455783/1‑150 (MQ=255) aGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATaa < 2:943784/151‑1 (MQ=255) aGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATa < 8:48559/150‑1 (MQ=255) aaaTAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGt < 6:890183/151‑1 (MQ=255) ataa‑tTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGtt > 1:1098023/1‑150 (MQ=255) ataa‑tTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGtt > 6:74968/1‑150 (MQ=255) taa‑tTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTa > 7:1097695/1‑150 (MQ=255) aa‑tTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTaa < 7:632313/150‑1 (MQ=255) tACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCa > 4:638529/1‑150 (MQ=255) tACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCa > 5:1602346/1‑150 (MQ=255) aCATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCaaa < 4:1249946/151‑1 (MQ=255) cATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAAc > 5:137121/1‑151 (MQ=255) atCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACctc < 5:1316999/151‑1 (MQ=255) atCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATAAATAAGTTAAATCAAACctc > 3:1313640/1‑151 (MQ=255) 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tttttAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATga < 1:1544014/150‑1 (MQ=255) ttttAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATg > 2:57440/1‑148 (MQ=255) tAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGatt > 4:1168851/1‑150 (MQ=255) atTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTAtttc < 5:568203/151‑1 (MQ=255) tttATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTAtttctt < 8:100220/150‑1 (MQ=255) 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tatttatGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCAt > 7:1450790/1‑151 (MQ=255) tatGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACt > 1:1275418/1‑151 (MQ=255) atGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACt < 4:699975/150‑1 (MQ=255) tGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGTGCAGCATTACTgg > 1:234312/1‑151 (MQ=255) tGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTAATATCAATAACTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCAGGCAAAACGAGCAGCATTACTgg > 1:55713/1‑151 (MQ=255) 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aGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACg > 3:120637/1‑151 (MQ=255) aGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACg < 5:1186060/151‑1 (MQ=255) | AGAAACGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAA‑TTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCAC > DH1/3970188‑3970488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |