| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | = 2478888 | 224 (0.390) | 313 (0.570) | 187/290 | 1.9 | 56.0% | noncoding (5/1204 nt) | repeat_region | repeat region |
| ? | DH1 | 2480088 = | 276 (0.500) | intergenic (‑73/‑63) | insH1/fnr | transposase/fumarate and nitrate reduction regulatory protein | |||||
Only 100 of 605 total aligned reads displayed.
GGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTGCAGCATCAGCCAGCTTTGCA > DH1/2479938‑2480238 | gACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGac < 8:547048/151‑1 (MQ=31) cAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGactt < 5:1007528/151‑1 (MQ=32) aaaaTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGacttactt < 1:1054430/151‑1 (MQ=35) tttgctgtaaacattaaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagacttac < 3:699033‑M2/6‑1 (MQ=255) tttgctgtaaacattaaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTg < 8:163426‑M2/9‑1 (MQ=255) ttgctgtaaacattaaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGc < 7:21037‑M2/10‑1 (MQ=255) ttttCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCAATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCt > 6:2237904/1‑150 (MQ=255) tttCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTccc < 3:1901435/148‑1 (MQ=40) cattaaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTaaaaa > 4:206035‑M2/131‑150 (MQ=255) ggTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTaaaaa < 7:304406/149‑1 (MQ=255) attaaacaatttgagccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGa < 8:1290669‑M2/22‑1 (MQ=255) taaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATg > 6:970882‑M2/128‑151 (MQ=255) gACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGACGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGAGCTCATATCAGGGACTTGTGCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTa < 2:1936628/151‑1 (MQ=255) gACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTC‑‑‑ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTaaa < 6:1364162/150‑1 (MQ=255) caatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttaccctaaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTaa < 3:1042091‑M2/28‑1 (MQ=255) cGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGTCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTaaa < 6:840980/151‑1 (MQ=255) aatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTaa > 8:1011577‑M2/123‑150 (MQ=255) ggCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTaaaa < 3:2144645/151‑1 (MQ=255) 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gttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCaa < 3:146333‑M2/44‑1 (MQ=255) aaTTCACTTTCGGCTTAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCaa < 1:447154/151‑1 (MQ=255) aaTTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCaa < 8:218553/151‑1 (MQ=255) aTTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAAt < 4:729013/151‑1 (MQ=255) ttCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAAtt > 4:1758583/1‑151 (MQ=255) aCTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACg < 4:1542735/151‑1 (MQ=255) acttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACgg < 7:233613‑M2/50‑1 (MQ=255) tCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCtt > 1:1818863/1‑151 (MQ=255) ttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCtt < 8:1138859‑M2/53‑1 (MQ=255) cGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTg < 2:1344635/151‑1 (MQ=255) cGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGc > 5:1903662/1‑151 (MQ=255) cGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGc > 7:1830018/1‑151 (MQ=255) gtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCa < 6:913998‑M2/58‑1 (MQ=255) taaagttacccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGAAAAATATCAATTACGGCTTGAGc > 4:888508‑M2/93‑149 (MQ=255) aaGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAg < 5:1805158/151‑1 (MQ=255) 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aaGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCt < 1:263035/150‑1 (MQ=255) gTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATg < 5:2126944/151‑1 (MQ=255) cccttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGa < 8:1822459‑M2/67‑1 (MQ=255) cttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATc > 4:512318‑M2/83‑151 (MQ=255) ttaacaacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagATTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATcc > 6:1607566‑M2/82‑151 (MQ=255) caacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCgg > 6:593529‑M2/78‑150 (MQ=255) aacttaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGaa < 2:243399‑M2/75‑1 (MQ=255) cATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAACCATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGaa > 6:1771953/1‑150 (MQ=255) attaagggttttcaaatagatagacatatatttacatctaatatcggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGaaaa < 3:409525‑M2/77‑1 (MQ=255) tgatgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGaaa > 6:798356/1‑149 (MQ=255) 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cATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTa < 3:856451/146‑1 (MQ=255) cATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATcc < 7:1402461/149‑1 (MQ=255) cggaattctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCAt < 1:1962‑M2/120‑1 (MQ=255) atCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGc < 6:526188/151‑1 (MQ=255) cAGTGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCa < 1:1671315/151‑1 (MQ=255) attctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGcc > 6:1992110‑M2/27‑150 (MQ=255) attctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCa < 2:1407991‑M2/125‑1 (MQ=255) ggACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAgg > 8:1494157/1‑150 (MQ=255) ctctgctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGATATCCATTGCCAgg > 2:760029‑M2/24‑150 (MQ=255) aCTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGCTCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGAtt > 1:86705/1‑151 (MQ=255) aCTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGAtt < 4:2172689/151‑1 (MQ=255) gctgttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTgc < 5:762235‑M2/132‑1 (MQ=255) tGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTgc > 7:1966771/1‑150 (MQ=255) gTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTgca < 3:565741/150‑1 (MQ=255) ttaaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTgcagc > 4:370894‑M2/16‑150 (MQ=255) cGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTgcagca < 4:135190/150‑1 (MQ=255) aaggtttgcttagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTGCAGCATc < 3:1564916‑M2/138‑1 (MQ=255) aCCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTGCAGCATc > 4:1117120/1‑149 (MQ=255) ccttccttAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTGCAGCATcagc > 7:441454/1‑151 (MQ=255) tccttAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTGCAGCATcagcc < 4:2002315/149‑1 (MQ=255) tagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTGCAGCATCAGCCAGCttt > 1:2199202‑M2/4‑151 (MQ=255) tagACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTGCAGCATCAGCCAGCtt < 2:851576‑M2/147‑1 (MQ=255) | GGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGACTTACTTGCTCCCTAAAAAGATGTTAAAATTGACAAATATCAATTACGGCTTGAGCAGACCTATGATCCCGGAAAAGCGAATTATACGGCGCATTCAGTCTGGCGGTTGTGCTATCCATTGCCAGGATTGCAGCATCAGCCAGCTTTGCA > DH1/2479938‑2480238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |