| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | DH1 | 1703700 = | 228 (0.460) | noncoding (1205/1205 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
Only 100 of 523 total aligned reads displayed.
GCGGAAGAAATTAAAGAGTTGTGTCAGAATCATAATATTCCTGTTGAATTAATCCAGTGTCGGGTTAATGAAATAGAAACCTATATGGATGGTGTGCATTTGATATGCACCACTGCCAAAGTGGATCGTAGTTTTGGCGATATTCCGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTA > DH1/1702350‑1702649 | ggAAGAAATTAAAGAGTTGTGTCAGAATCATAATATTCCTGTTGAATTAATCCAGTGTCGGGTTAATGAAATAGAAACCTATATGGATGGTGTGCATTTGATATGCACCACTGCCAAAGTGGATCGTAGTTTTGGCGATATTCCGTTAGtt < 2:1535750‑M1/151‑3 (MQ=255) ggAAGAAATTAAAGAGTTGTGTCAGAATCATAATATTCCTGTTGAATTAATCCAGTGTCGGGTTAATGAAATAGAAACCTATATGGATGGTGTGCATTTGATATGCACCACTGCCAAAGTGGATCGTAGTTTTGGCGATATTCCGTTAGtt < 7:953184‑M1/151‑3 (MQ=255) ggAAGAAATTAAAGAGTTGTGTCAGAATCATAATATTCCTGTTGAATTAATCCAGTGTCGGGTTAATGAAATAGAAAACTAAATGGATGGTGTGCATTTCATATGCACAACTGCCAAAGTGGATAGTAGTTTTGGAGATATTCCATTAGtt > 2:1419721‑M1/1‑149 (MQ=255) 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tatTCCGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATccc > 8:1108304/1‑151 (MQ=33) atTCCGTTAGttcacggcatgccttttatttctggtatcggtatcgaagcattacaaaataaaattctgactatcttacaggggtgacctatgttttcagaagtcatgcgttatattctcgacctcggccctacggtgatgctgccgattg < 3:305836‑M1/151‑142 (MQ=255) atTCCGTTAGttcacggcatgccttttatttctggtatcggtatcgaagcattacaaaataaaattctgactatcttacaggggtgacctatgttttcagaagtcatgcgttatattctcgacctcggccctacggtgatgctgccgatt < 1:1446500‑M1/150‑141 (MQ=255) atTCCGTTAGttcacggcatgccttttatttctggtatcggtatcgaagcattacaaaataaaattctgactatcttacaggggtgacctatgttttcagaagtcatgcgttatattctcgacctcggccctacggtgatgctgccgatt < 6:1725260‑M1/150‑141 (MQ=255) atTCCGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAATTGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATcccc < 3:934482/151‑1 (MQ=18) 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aGttcacggcatgccttttatttctggtatcggtatcgaagcattacaaaataaaattctgactatcttacaggggtgacctatgttttcagaagtcatgcgttatattctcgacctcggccctacggtgatgctgccgattgtcatcat < 8:526645‑M1/150‑149 (MQ=255) gttcacggcatgccttttatttctggtatcggtatcgaagcattacaaaataaaattctgactatcttacaggggtgacctatgttttcagaagtcatgcgttatattctcgacctcggccctacggtgatgctgccgattgtcatcatt > 1:258029‑M1/1‑1 (MQ=255) | GCGGAAGAAATTAAAGAGTTGTGTCAGAATCATAATATTCCTGTTGAATTAATCCAGTGTCGGGTTAATGAAATAGAAACCTATATGGATGGTGTGCATTTGATATGCACCACTGCCAAAGTGGATCGTAGTTTTGGCGATATTCCGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTA > DH1/1702350‑1702649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |