| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| JC JC | NC_000913 | 295,082 | IS5 (–) +4 bp | intergenic (‑283/+54) | yagM ← / ← yagN | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 275149 | NA (NA) | 442 (1.050) | 225/300 | 0.0 | 95.8% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 295082 = | 19 (0.050) | intergenic (‑283/+57) | yagM/yagN | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; uncharacterized protein | |||||
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CAGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTTCG > NC_000913/294935‑295235 | aGAAAATGTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAg > 5:549310‑M2/1‑150 (MQ=255) gacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACt > 5:425828‑M2/146‑151 (MQ=255) acaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACTc < 5:309296‑M2/7‑1 (MQ=255) gTATCTATAAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAggaaggt > 7:584134‑M2/1‑143 (MQ=255) aaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACTCAGCTGt > 3:701236‑M2/139‑151 (MQ=255) aatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACTCAGCTGtt < 1:907298‑M2/14‑1 (MQ=255) ataAAATCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAggaaggtgcga > 7:936985‑M2/1‑137 (MQ=255) aaaaTCGAGGACATCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAggaaggtgcgaataa > 1:1017329‑M2/1‑135 (MQ=255) 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aTCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattct < 8:147556‑M2/151‑29 (MQ=255) aTCTTTACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattct < 2:279036‑M2/151‑29 (MQ=255) ttACGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctc < 8:1115912‑M2/151‑33 (MQ=255) cGTAACCAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggc > 8:430493‑M2/1‑116 (MQ=255) tactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTa < 6:1112606‑M2/38‑1 (MQ=255) 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ccAGTAATGGCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgact > 7:155643‑M2/1‑111 (MQ=255) attcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGttt < 6:530433‑M2/49‑1 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAAt > 6:974153‑M2/99‑151 (MQ=255) cATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcattt < 4:1225229‑M2/151‑55 (MQ=255) cATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGACCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattattctcggctgactcagtcatttcattt < 1:833433‑M2/151‑55 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |