| Predicted mutation | ||||||
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| JC JC | NC_000913 | 1,199,869 | IS3 (+) +3 bp | coding (936‑938/1128 nt) | intE ← | e14 prophage; putative integrase |
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| * | ? | NC_000913 | = 1095502 | NA (NA) | 420 (1.000) | 218/298 | 0.0 | 96.7% | noncoding (1/1258 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 1199871 | 14 (0.030) | coding (936/1128 nt) | intE | e14 prophage; putative integrase | |||||
Only 100 of 792 total aligned reads displayed.
GATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGTATTGGCTTTAACCTGCGCTCCGCGCTCTGCTTGTGAAGTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGTTAATCGCAT > NC_000913/1199720‑1200019 | gggaaatactgccggcaacggtgtttaattatatcgaatgtgattacaatcggtggcggcggcactgttggtgtggcggcctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaGc < 4:60589‑M2/2‑1 (MQ=255) aaataatgcgggcaacggtgtttaattatatcgaatgtgattacaatcggtggcggcggcacagttggtgtggcggcctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaGCttt > 5:1580770‑M2/147‑151 (MQ=255) aaCGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTtg < 6:1031720‑M2/151‑3 (MQ=255) 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gaatgtgattacaatcggtggcggcggcacagttggtgtggcggcctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGTATTGGCTTTaa < 7:1379492‑M2/37‑1 (MQ=255) agtagtTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaa > 1:1494443‑M2/1‑117 (MQ=255) agtTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtg < 6:1703672‑M2/151‑38 (MQ=255) agtTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 2:836822‑M2/1‑114 (MQ=255) gtgattacaatcggtggcggcggcacagttggtgtggcggcctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGTATTGGCTTTAACCt < 3:872827‑M2/40‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |