New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1977295 = | 0 (0.000) | 85 (0.530) | 60/150 | 1.8 | 100% | intergenic (‑56/‑482) | insA5/yecG | IS1 protein InsA/putative regulator |
? | NC_000913 | = 2100969 | NA (NA) | coding (443/474 nt) coding (443/444 nt) |
b4529 yefJ |
hypothetical protein putative glycosyl transferase |
TTGCTAGCGTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1977367‑1977295 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCAT < NC_000913/2100969‑2100896 TTGCTAGCGTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTA < 1:4271776/76‑1 TAGCGTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGA > 1:558335/1‑76 TAGCGTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGA > 1:1338060/1‑76 TAGCGTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAG < 1:5263968/74‑1 TAGCGTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAG > 2:5263967/1‑74 AGCGTAGCGAAAACCTTTTTAACAGACTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAA < 1:5141966/76‑1 AGCGTAGCGAAAAACTTTTTNNCAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAA > 1:1994381/1‑76 GCGTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAG < 2:3751068/76‑1 CGTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGG > 2:5500680/1‑76 CGTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGG > 1:3652662/1‑76 GTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGT > 1:649734/1‑76 TAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTG > 2:5336666/1‑76 GCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCG > 2:4340945/1‑76 GCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCG > 1:803190/1‑76 CGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGA > 1:3707387/1‑76 CGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGA > 1:1829363/1‑76 GAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAA > 2:1989933/1‑76 GAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAA < 1:1931081/76‑1 AAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAAC < 1:475706/76‑1 AAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACA > 2:3876247/1‑76 AAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAA > 1:5585653/1‑76 AAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAG < 2:4129244/66‑1 AAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAG > 1:4129245/1‑66 ACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGT > 2:1270128/1‑76 ACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACATATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGc > 2:859105/1‑75 CTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTC < 1:310750/76‑1 TTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCC > 2:4701113/1‑76 TTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCC > 1:5086156/1‑76 TTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCC < 1:3541866/76‑1 TTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCC < 2:3224865/76‑1 TTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTG < 1:930170/76‑1 AACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGAT > 2:551749/1‑76 AACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGCGCGAACAAGTCCCTGAT > 2:2945837/1‑76 ACAGATTGAAATACACCCAAAACAGAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATA < 1:4041929/76‑1 ACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATA > 2:2770524/1‑76 CAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATAT > 1:3875616/1‑76 GATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTGTACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGA < 2:591416/76‑1 GATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGA < 2:4528261/76‑1 TTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGA > 2:3571056/1‑76 TGAAATATACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACAGTTATGGTAAGGAAGGGGCGAACAAGTCCCTGATATGAGAT > 1:5253165/1‑76 GAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATC > 2:5194693/1‑76 GAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATC < 1:5700689/76‑1 GAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATC > 1:2913983/1‑76 GAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATC > 1:2792224/1‑76 GAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATC > 1:889583/1‑76 GAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATC < 1:2677377/76‑1 ACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTACGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTT > 2:5364259/1‑76 ACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTT > 1:5356767/1‑76 ACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTT > 2:2464510/1‑76 ACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTT > 2:239193/1‑76 CCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGT > 1:400800/1‑76 CCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTC > 2:1051385/1‑76 CAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCA < 1:1046154/76‑1 CAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCA < 1:1270128/76‑1 AAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCAT > 2:2834427/1‑76 AAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCAT > 2:2847170/1‑76 ACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTG > 1:259799/1‑76 ACAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTG < 2:2089038/76‑1 CAAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGG < 1:2770524/76‑1 AAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGA < 1:512781/76‑1 AAAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGA > 1:4486383/1‑76 AAAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAG < 2:3948156/76‑1 AAGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGC > 2:1133306/1‑76 AGTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCC < 1:184623/76‑1 GTATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCA < 2:801228/76‑1 TATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCAT > 1:4554573/1‑76 TATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCAT < 2:400800/76‑1 TATGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCAT > 2:2541319/1‑76 TGACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAG > 2:4267619/1‑76 GACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGA > 2:2612571/1‑76 GACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGA > 1:4583628/1‑76 ACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAA < 1:2651867/76‑1 ACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAA > 1:672957/1‑76 ACTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAA < 1:4328150/76‑1 CTTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAAC < 2:4271715/76‑1 TTATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACA > 2:2995376/1‑76 TATACATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAG > 2:3967793/1‑76 CATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTT > 1:3075569/1‑76 CATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTT < 1:3269360/76‑1 CATTTATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCAGAGAACAGGGTT > 2:3064227/1‑76 TTTATGTTAAGGAGGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGAGCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCA > 2:82254/1‑76 TATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATC < 1:252593/76‑1 TATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATC < 1:2612571/76‑1 TATGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATC > 1:2463263/1‑76 TGTTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCAT < 1:4251075/76‑1 TTGCTAGCGTAGCGAAAAACTTTTTAACAGATTGAAATACACCCAAAACAAAAGTATGACTTATACATTTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1977367‑1977295 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCAT < NC_000913/2100969‑2100896 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |